用Logseq记日报和管理文献
摘要:
优缺点浅评 Logseq是一款双链笔记软件,其优点结合使用场景概括来说包括 开箱即用的极简界面,非常适合用来写日报 灵活的双链,强大的PDF标注,适合构建文献库 使用markdown格式来本地存储笔记,随意备份 缺点 多端同步功能薄弱,我不知道有没有实现方法,反正很麻烦 没有了 然后就简单记录一下我
绝对荧光定量pcr结果计算
摘要:
绘制标准曲线 首先根据公式,计算出标准品曲线的x值(拷贝数),需要修改的数值是标准品质粒浓度(图上的321)和4565(基因片段长度),得出的结果单位是拷贝数/μl。 根据计算结果,可以列出表格,样品倍比稀释到-11稀释度时,拷贝数为0.27(取log),那么-10的时候,就是1.27,以此类推。
ML树构建简明教程
摘要:
数据准备 Teamviewer登录实验室服务器,访问http://172.17.128.86:8501/CleanData,按照页面对应的格式要求分别从NCBI和GISAID数据库下载数据,拖拽到对应的位置,点击GO即可。 Gisaid DNA Accession no.|DNA INSDC|Iso
批量上传序列到Gisaid数据库
摘要:
本文演示的是用Gisaid官网自带的Excel宏批量上传毒株信息和序列到Gisaid数据库,需要魔法。 1. 下载GISAID Batch Uploader 找到自己需要上传的病毒类型,我是Flu,在对应的选项卡下面找到Batch Upload,确认一下自己的Excel版本是否支持,然后点击右下角的
搭建本地NCBI病毒库用于Blast
摘要:
搭建本地NCBI病毒库用于Blast 目的:为了通过Blast剔除我数据集中所有与Human任意片段相似度超过97%的序列 日期:2022/11/17 1. Nt库下载 创建conda环境 conda create -n aspera conda activate aspera conda inst

使用Bioaider进行本地blast
摘要:
系统环境为windows11 1. 下载blast程序 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 双击安装,记住自己的安装目录 2. 在Bioaider里配置本地Blast程序路径 选择到bin目录,add即可,此时S
