苑黎 - 博客园

关于生物信息学与R的相关资料和网站

摘要：生物信息学的相关论坛：http://www.omicshare.com/forum/ 糗世界：http://qiubio.com:8080/ 统计之都网站绘制QQ图和曼哈顿图：http://www.omicshare.com/forum/thread-1039-1-12.html 阅读全文

posted @ 2016-07-14 10:37 苑黎阅读(227) 评论(0) 推荐(0) 编辑

perl的基本代码

摘要：一：字符串的比较操作符：小于 lt 大于 gt 小于或等于 le 大于或等于 ge <STDIN>：获取用户输入（一行读入知道遇到末尾的换行符为止） chomp():去掉每行字符串中换行符循环结构用while undef值没有赋值的一个标量。（undef作为数字时被视为0，作为字符为空字符） d 阅读全文

posted @ 2016-06-28 22:19 苑黎阅读(497) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R中的一些空值

摘要： 1， NA: 缺失数据NaN: 无意义的数，比如sqrt(-2)Inf: 正无穷大-Inf: 负无穷大 R语言中还有一种Null对象，一般被用在函数参数中，表示该参数没有被赋予任何值，或者某些函数返回值为Null。 NA值是占取一个数据的位置，NULL值是一个空值。 2，判断一个数值是否是以上值阅读全文

posted @ 2016-05-27 17:33 苑黎阅读(1916) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R 指定产生一些数据的函数

摘要：产生一些有顺序的数据的函数seq(), rep(),sample() 1，seq(from = 1, to = 1, by = ((to - from)/(length.out - 1)), length.out = NULL, along.with = NULL, ...) > seq(1,20, 阅读全文

posted @ 2016-05-27 16:58 苑黎阅读(199) 评论(0) 推荐(0) 编辑

正则表达式（2）

摘要：一，提取文本信息 egrep是返回的是匹配的位置，而不是匹配字符串本身。egrep返回在检查正则表达式之前会把换行符给去掉如果是匹配一些与元字符相同的字符，但是要使他没有特殊意义，则要用"\"放在这些字符的前面，才能表示一般含义 ^pepple --表示匹配以people行开头的 $people 阅读全文

posted @ 2016-05-14 20:48 苑黎阅读(176) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R随笔

摘要：最近处理了一些数据发现了写代码过程中值得注意的地方，特别是写循环的时候 1， trait_data<-numeric() for(i in 0:(indi_num-1)){ trait_eve<-traitdata[(3*i+1):(3*(i+1))] trait_data<-rbind(trai 阅读全文

posted @ 2016-05-12 22:12 苑黎阅读(167) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R文本处理

摘要：最近写了一些代码，用R处理文本格式。就写一些我最近用的一些处理字符串的函数 value=FALSE表示的是grep()返回的是所匹配字符串的位置 value=TRUE返回是所要找的字符串。perl=TRUE代表可以用适合perl的正则表达式 fixed=TRUE表示pattern is a stri 阅读全文

posted @ 2016-05-10 20:56 苑黎阅读(222) 评论(0) 推荐(0) 编辑

正则表达式

摘要：转载于：版本：v2.31 (2009-4-11) 作者：deerchao 转载请注明来源目录跳过目录本文目标 30分钟内让你明白正则表达式是什么，并对它有一些基本的了解，让你可以在自己的程序或网页里使用它。如何使用本教程最重要的是——请给我30分钟，如果你没有使用正则表达式的经验，请不要阅读全文

posted @ 2016-05-06 20:15 苑黎阅读(186) 评论(0) 推荐(0) 编辑

用R读取外部的excel文件

摘要：今天找了好多包来快速读取数量量比较大的excel包，但是总是出现OutOfMemoryError (Java): GC overhead limit exceeded，内存溢出报错。找到了两个R包可以解决该问题目前找到三个包可以读取excel数据。 1 ，读取excel文件的包：xlsx包只能读阅读全文

posted @ 2016-04-22 16:07 苑黎阅读(2357) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R中的ggplot2包

摘要： qplot()函数是一个快速作图函数用数据diamands head(diamonds) carat cut color clarity depth table price0.23 Ideal E SI2 61.5 55 326 0.21 Premium E SI1 59.8 61 326 0.2 阅读全文

posted @ 2016-04-19 22:12 苑黎阅读(1197) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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