苑黎 - 博客园

关联分析简要介绍

摘要：关联分析概念：关联分析该方法是以长期重组后保留下来的基因（位点）间连锁不平衡（LD）为基础，在获得群体表型数据和基因型数据之后，采用统计方法检测遗传多态性和性状可遗传变异之间的关联，目标是寻找性状变异的基因组功能型变异（基因位点和标记位点）关联分析是基于无亲缘关系的病例组和对照组在某一个遗传位阅读全文

posted @ 2017-02-14 20:15 苑黎阅读(2032) 评论(0) 推荐(0) 编辑

perl中常见的语法规则和函数

摘要：数值比较操作符字符串相等 == eq 不等 != ne 小于 < lt 大于 > gt 小于或等于 <= le 大于或等于>= ge "\="以什么样的方式读取； \=~seq 表示读取以~seq开头的数据阅读全文

posted @ 2016-12-20 16:32 苑黎阅读(271) 评论(0) 推荐(0) 编辑

关联分析

摘要： GWAS的QQ图的解释：http://blog.csdn.net/likelet/article/details/7377664 阅读全文

posted @ 2016-12-15 20:15 苑黎阅读(123) 评论(0) 推荐(0) 编辑

怎样用googleFQ

摘要：用下载的hosts替换电脑中C:\Windows\System32\Drivers\etc里面的hosts，可以百度搜“hosts替换文件的路径”，找到怎样操作。谷歌镜像：http://dir.scmor.com/google/ 谷歌FQ的网址说明： https://blog.my-eclipse 阅读全文

posted @ 2016-12-07 20:11 苑黎阅读(17) 评论(0) 推荐(0) 编辑

高通量测序的相关概念

摘要：什么是Read? 高通量测序平台产生的序列标签就称为reads。什么是Contig? 拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。de-novo组装是指在不依赖参考基因组的情况下，将有overlap的reads连接成一个更长的序列，经过不断的延伸，拼成一个阅读全文

posted @ 2016-11-01 15:56 苑黎阅读(1123) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R作图

摘要： R一般的散点图：plot() 折线图：plot() lines() 柱状图 barplot() 箱子图 boxplot() 直方图：hist() 热力图：heatmap 画地图的：拓展包 maps，sp包在一张画板上画多个散点图 par(mfrow=c(2,3)) 绘制的2行3列个图形图例的参数阅读全文

posted @ 2016-10-11 21:03 苑黎阅读(218) 评论(0) 推荐(0) 编辑

统计模型的检验

摘要：经常地，对一堆数据进行建模的时候，特别是分类和回归模型，我们有很多的变量可供使用，选择不同的变量组合可以得到不同的模型，例如我们有5个变量，2的5次方，我们将有32个变量组合，可以训练出32个模型。但是哪个模型更加的好呢？目前常用有如下方法：AIC=-2 ln(L) + 2 k 中文名字：赤池信息量阅读全文

posted @ 2016-10-05 16:02 苑黎阅读(786) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R常见的几种常见统计图

摘要： 1，向日葵散点图 2，热图（颜色越深，数值越大） 3，折线图（散点图），绘制散点图集用 paris(data.frame）阅读全文

posted @ 2016-09-27 18:52 苑黎阅读(1082) 评论(0) 推荐(0) 编辑

统计图

摘要：阅读全文

posted @ 2016-09-27 15:19 苑黎阅读(122) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R随笔（2）

摘要： 1,查看R中的变量模式（对象的数据类型）mode() 2,因子（factor）, table()可以获取多个因子的交叉表，可以知道每个因子出现的次数 > g<-c("f","m","m","m","f","f","m","f","m","f") > g<-factor(g) > a<-factor( 阅读全文

posted @ 2016-09-11 11:06 苑黎阅读(137) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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