云中道长

摘要： smooth.spline2 <- function(formula, data, ...) {mat <- model.frame(formula, data)smooth.spline(mat[, 2], mat[, 1])}predictdf.smooth.spline <- function... 阅读全文

摘要： 在对大量文件进行读写时，最好将文件存为gz文件，可以节约读写硬盘的时间，硬盘也不会那么卡。在写gz文件时，最好使用PerlIO::gzip模块。这个模块不用调用gzip命令，减少了程序占用的线程数量，可以有效的降低load。下面是一个例子。#! /usr/bin/env perluse strict... 阅读全文

摘要： 如果用四种碱基生成密码子表，用三个循环就够了。但是如果要生成7个motif的全组合表，甚至生成kmer，手动写组合就不够现实。下面是利用hash实现全组合的一种算法。my %dict_motif;my @element=("A","T","C","G");for(my $i=0;$i<7;$i++){ if($i==0){ foreach my $base(@element){ $dict_motif{$base}=1; } } else { foreach my $old(keys %dict_motif) 阅读全文

摘要： 近日笔者在写一个多线程perl脚本时，发现所有新建的线程都意外退出，错误提示如下：Thread 1 terminated abnormally: main=HASH(0x7f5438014a90) at ...对创建线程的子程序进行了测试，发现当子程序用open(I,"samtools depth $bam|")来读文件时，就会出现这样的报错，如果直接用<来读取文件就不会出现问题。同时笔者用另外一个小程序来测试时发现又不会出现问题，最终确定是脚本中使用了use autodie;模块导致的。 阅读全文

摘要： VLC2.0.0版本（从VLC 1.1.11开始）都没有解决WINDOWS操作系统下，播放时SRT中文字幕乱码（显示为方块）的问题。这里有一个临时解决方法：工具-》首选项-》字幕的默认编码为：GB18030，字体一定选择为繁体中文的字体，比如PMingLiU。 阅读全文

摘要： 2013-07-31T16:46:21fastq-dump.2.3.2err:namenotfoundwhileresolvingtreewithinvirtualfilesystemmodule-failedtoopen'SRR069755.sra'以上是报错的提示。在SEQ answers里面找到了解决的方法：将需要解压的sra文件的全路径加上就可以了 阅读全文

摘要： JS divergence是Kullback-Leibler divergence的一个变种，转换方式如下：J(P,Q)=1/2*(D(P∣∣R)+D(Q∣∣R))这里的R=1/2*(P+Q)D(P||R)就是KL divergenceflexmix是一个计算KL divergence的R包，manual地址如下：http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/flexmix/html/KLdiv.html 阅读全文

摘要： 新建站点，输入ipv6的地址，希望保存这个站点时，可能会弹出invalid port given. The port as to be a value 1 to 65535这样的错误。在ipv6地址两端用中括号[]括起来，可能可以解决这个问题。 阅读全文

摘要： 1、默认启用ibus，直接废掉fictx2、界面更为复杂，程序面板很难控制程序3、锁屏界面明显慢一拍4、gnome-terminal的透明效果被取消现在gnome的发展没有以简洁为目标，没有以用户为中心，也不考虑外围开发者的想法，这样下去，也不知道会怎么样。每升级一次gnome，都要大动干戈，如果不熟悉linux，根本无法使用。在这种环境下，开发软件真是不易，可以理解为什么ubuntu要自立门户搞自己的协议。顺便说一下强行删除ibus的指令：pacman-Rddibus 阅读全文

摘要： my $a="1234567895";while ($a=~/5/g) { my $p=pos($a); print "$p\n";} 阅读全文