gatk遇到Too many open files错误的解决办法
摘要：
通过google大神解决了这个问题。主要有两个因素会导致这样的错误出现，一是设置的cpu数目太多，二是输入文件太多。如果吧-nt的数目减少可以解决这样的问题，但这是以付出更多时间为代价的。一个有效的解决办法如下：修改/etc/security/limits.conf（或/etc/limits.conf）加入* hard nofile 10000注意，这个”*“号不能少用普通用户重新登录，输入ulimit -n 10000这时可以用ulimit -a | grep open这个命令来查看是否正确的修改掉系统的限制，如果是open files (-n) 10000说明修改成功，... 阅读全文
posted @ 2012-12-01 20:38 云中道长 阅读(650) 评论(0) 推荐(0) 编辑
