fedora安装abyss的openmpi问题

configure时出现错误如下

checking mpi.h usability... no
checking mpi.h presence... no
checking for mpi.h... no
checking for MPI_Init in -lmpi... no

 

问题在于abyss需要同时指定lib和include文件夹，而这两个文件夹分散在不同的目录，且--with-mpi只能用一次，所以要将这两个文件夹合到一起。解决方法如下：

 

首先，安装openmpi-devel:

yum install openmpi-devel

 

其次，将复制一份include文件到openmpi主目录下：

cp -r /usr/include/openmpi-x86_64/ /usr/lib64/openmpi/include

 

最后，在configure后要加上--with-mpi=/usr/lib64/openmpi/：

./configure --prefix=/home/share/software/abyss/abyss-1.5.2-build --enable-maxk=96 --with-mpi=/usr/lib64/openmpi/

make; make install

 

当然，运行时，如果出现错误如下：

/home/share/software/abyss/abyss-1.5.2-build/bin/ABYSS-P: error while loading shared libraries: libmpi.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

 

需要手动加载一下库的路径：

export PATH=$PATH:/usr/lib64/openmpi/bin

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/openmpi/lib

或者：

module load mpi/openmpi-x86_64 ,用   module avail mpi   来看是否加载成功