摘要： k-mer是指将reads分成包含k个碱基的字符串，一般长短为m的reads可以分成m-k+1个k-mers.举个例子吧，为了简化，有这么个reads（当然实际比这个长）：AACTGACTGA.如果k-mer的k为3的话，我们可以将其切割为AAC ACT CTG TGA GAC ACT CTG TG 阅读全文

摘要： （Evaluate）：检查reads，可使用比对软件：使用SOAPaligner重新排列；采用massively parallel next-generation sequencing technology，效果很好（因为覆盖率高，精度高） 重新做有何意义：此时不需要过高的测序深度，因为用原来的re 阅读全文

摘要： 建立二维数组方式二： 阅读全文

摘要： （测序方面）：测三只大熊猫；得到的insert size有150bp，500bp，2kb，5kb和10kb这四种，可测得序列长度和平均reads长度。 为什么average reads这么短？ 因为insert size是打断前的长度，打断之后便是reads，这里计算average reads长度。 阅读全文

摘要： （组装方面）：SOAPdenovo ，因为采用de Bruijn graph algorithm算法和stepwise strategy ，所以排错能力高，所以我们获得高质量数据。 de Bruijn graph algorithm算法？？？？ reads到contig ：多个reads比对，比对后 阅读全文

摘要： Needleman_Wunsch算法思路：1.建立二维数组2.建立评分模式load1：向右；-2load2：向下；-2load3：对角线；依据是否配得到匹配：+1不匹配：-13... 阅读全文

摘要： 1 小骆驼 第八章 用正则表达式进行匹配 2 3 #!/usr/bin/envperl 4 5 use strict; 6 use warnings; 7 8 $_ ="#adchbehnyhme3534f\nvdh5ejbnv _+IHG\n"; 9 10 if(m%(a)%){print "$1\n";}else{print "no m... 阅读全文

摘要： #!/bin/shles species_latinName_abbr.txt|grep -E 'Aptenodytes|Gavia|Phoenicopterus|Chlamy... 阅读全文

摘要： 小骆驼 第七章 漫游正则表达式王国#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;$_ = 'ab \ cde f ghijk10.x12ln'... 阅读全文

摘要： #!/usr/bin/perluse strict;use warnings;my %fruit;$fruit{'ap'.'ple'} = 1;$fruit{'banana'}... 阅读全文