摘要： #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use Getopt::Long; my ($number,$in,$out); GetOptions( "number:i"=>\$number, "in:s"=>\$in, "out:s"=>\$out ); #my $all = $number +1;print $all; ... 阅读全文

摘要： I.11 Estimating Gene Frequencies 在小样本上计算基因A的概率PA，举例如下： 通过加大样本会将通过观察值得到的数趋近于真实数据，所以该问题转化为了统计学上利用大量观察值求真实值的问题，因此通过最大似然估计得到真实值. 为了理解多项式分布可以先以二项分布为例： 该二项分 阅读全文

摘要： $ basename /xxxx/test test $ dirname /xxxx/test /xxx $ dirname /xxx/test|while read p;do sp=$p"222";echo $sp;done /xxx222 $ ls /xxx/*.txt|while read p;do sp=$p"22222";printf "%s\n%s\n" \ $p\ $sp... 阅读全文

摘要： I.10 Other Measures of Linkage Disequilibrium 因为D的取值强烈地依赖于人为制定的等位基因频率（PA及PB），所以它不利于LD程度的比较。标准化的不平衡系数D'能够避免这种对等位基因频率的依赖。D'的计算方法如下： D'=D/Dmax 这样使得-1<D<1 阅读全文

摘要： I.9 Linkage INDEPENDENCE OF GENOTYPES AT TWO LOCI：若A,B是两个独立位点：PA是基因A的概率，PB是基因B的概率。因为基因A与基因B是相互独立的位点，所以基因型AABB的概率为PAABB=(PA)^2*(PB)^2 A RETROSPECTIVE D 阅读全文

摘要： I.8 Sex linkage 单倍体：性别决定基因（S\s）和与性别决定基因连锁的等位基因（A\a）存在于同一套遗传物质上，其配子结合和减数分裂图示如下： 如果性别是由染色体区域决定的，自然选择会避免在该性染色体区域发生重组（因为重组后会形成以前并不存在的性别），因此自然选择会让该区域的形式本质上 阅读全文

摘要： I.7 Different Gene Frequencies in the Two Sexes 假设存在一种基因仅在第一代亲代的不同性别之间的概率有区别，比如，A 在male中频率是Pm，a是（1-Pm）；A 在female中频率是Pf，a是（1-Pf） （第一代亲代，配子，第一代子代）情况如下： 阅读全文

摘要： I.6 Overlapping generations 世代被分离开，世代不重复一定满足哈代公式的条件，但是现实情况远没有这么简单（因为会世代重叠，即亲代死去同时一个亲代在不同时间都有可能产生子代，因为而哈代公式需要世代不重叠，即亲代只产生一次子代），所以，我们需要构造另一种模型来分析世代重叠。 因 阅读全文

摘要： 阅读全文

摘要： I.5 Multiple alleles. 由两个等位基因拓展到多个等位基因，可以得到更多种二倍体基因型： 所以单个等位基因的概率（用i代指某个基因，pi*是该基因的频率）是（以计数的方法表示） 所以，减数分裂后的配子概率是pi’,所以得到： 又因为基于哈代公式的情况下： 所以：依据基因型和基因之间 阅读全文