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2019年7月26日

摘要: 7.1 Sampling Error; the Need for Sampling Distributions 样本均值的三种表达: Sampling distribution of the sample mean Distribution of the variable x¯ Distributi 阅读全文
posted @ 2019-07-26 09:19 YUANya 阅读(493) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 

2019年7月25日

摘要: Olfactory Bulb Ratio, ORs Gene Repertoire, and Olfactory Ability 1.Olfactory Bulb的生物学意义:a.生存 b.嗅觉能力 2.Olfactory Bulb Ratio与嗅觉能力成正比 基于以上table得到线性相关图: a 阅读全文
posted @ 2019-07-25 18:23 YUANya 阅读(131) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
摘要: OR Subgenomes Variation among Birds, Sea Turtle and Alligator 由 该图数据计算每种鸟的relative percentage,得到下图: 然后得到: (1)得到(总体): 1.The 48 avian genomes lacked OR1 阅读全文
posted @ 2019-07-25 16:52 YUANya 阅读(126) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
摘要: Enhanced Role of OR Gene Loss (Pseudogenization) in Birds 1.因为文献已经证明(a)基因缺失和得到对于进化有影响,(b)大的基因家族对进化影响更大(because of the broader range of evolutionary pr 阅读全文
posted @ 2019-07-25 16:04 YUANya 阅读(157) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
摘要: OR Gene Family Phylogeny 1.之前关于ORs基因构建系统生发树的研究中的不足:bootstrap support values在有些family中高,bootstrap support values在有些family中低。而我们现在的这个研究bootstrap support 阅读全文
posted @ 2019-07-25 14:23 YUANya 阅读(184) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 

2019年7月24日

摘要: Genome Coverage and the OR Subgenome 因为: 爬行类动物的的gene numbers比较大,而birds 的 gene numbers 处于(182-688) 其中: (1)gene 扩张和缩小(之后会详细说明) (2)chicken and zebra finc 阅读全文
posted @ 2019-07-24 18:33 YUANya 阅读(177) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
摘要: introduction: 1.Olfactory receptors (ORs)很重要 2.已知的ORs的分子结构,但仍存在没清楚的地方: Though the relationship between odors and ORs is not clear, it has been hypothe 阅读全文
posted @ 2019-07-24 17:21 YUANya 阅读(213) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
摘要: 6.4 Assessing Normality; Normal Probability Plots The normal probability plot is a graphical technique to identify substantive departures from normali 阅读全文
posted @ 2019-07-24 11:35 YUANya 阅读(453) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 

2019年7月23日

摘要: step1:grep data step2:build index Picard CreateSequenceDictionary creates .dict file and samtools faidx creates a .fai file. Both are needed for GATK 阅读全文
posted @ 2019-07-23 19:49 YUANya 阅读(209) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
摘要: reference:https://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM @SQ SN:contig1 LN:9401 (序列ID及长度) 参考序列名,这些参考序列决定了比对结果sort的顺序,SN是参考序列名;LN是参考序列长度;每个参考序列为一行。 阅读全文
posted @ 2019-07-23 16:02 YUANya 阅读(499) 评论(0) 推荐(0) 编辑
 
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