摘要： align是仅仅是存在而已，比如在第一个位置上，query是A,而subject上是T，也是align上了 而没有align是指并不存在，比如在第一个位置上，query是A,而subject上是没有，这就是没有align上 可见下图中粉色部分，粉色区域就是align上的部分 与align相对应的ra 阅读全文