03 2020 档案

• tree
  摘要： 阅读全文
  posted @ 2020-03-30 17:24 YUANya 阅读(153) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• ^M
  摘要：删除行尾的^M：%s/\r//g 阅读全文
  posted @ 2020-03-23 17:32 YUANya 阅读(451) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 1-12
  摘要：首先在前句已经总领，将所要compare的对象先说出来了，two kind of water，然后还说了原因，是Pore size。长难句中反复出现的对象是two kind of water， two kind of pore size 和surface tension，题干考查实际上是这三者的逻辑 阅读全文
  posted @ 2020-03-22 23:30 YUANya 阅读(197) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 1-10
  摘要：这里，首先从paragraph6确定basalt是more solid，排除A和B，然后从paragraph7 确定是使用porosity还是permeable attantion：现在已经开始提及solid的沉积物了 阅读全文
  posted @ 2020-03-22 23:15 YUANya 阅读(157) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 1-6
  摘要：在这里一开始并不能找到题眼，但是后边有个“also”提示前面讲到到了一个答案，顺着这个回找，就可以找到drop，然后选项用同一句中的名词做一个迷惑，这个名词被发现是完全相反与题干所要求的信息的。 阅读全文
  posted @ 2020-03-22 23:05 YUANya 阅读(287) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 1-5
  摘要：考查插入语，插入语就是解释前面的名词，看到前面的名词是一些颗粒，就可以判断出来是D，同时明白glacier是冰川的意思。 阅读全文
  posted @ 2020-03-22 22:53 YUANya 阅读(356) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 1-4
  摘要：通过题干中的“found”企图迷惑做题者，另外中的They找回去也需要一些时间，而事实是后边才交代了water在哪些space里面 阅读全文
  posted @ 2020-03-22 22:48 YUANya 阅读(251) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 1-1
  摘要：实际上在考察是否知道incredible不是negative的意义 阅读全文
  posted @ 2020-03-22 22:39 YUANya 阅读(225) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Why is Blast useful?
  摘要：Why is Blast useful? With the use of BLAST, you can possibly correctly identify a species or find homologous species. This can be useful, for example, 阅读全文
  posted @ 2020-03-19 10:38 YUANya 阅读(120) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Sed里使用变量
  摘要：首先是Sed里使用变量的问题 网上有人总结了四种方案： 1. eval sed 's/$a/$b/' filename 2. sed "s/$a/$b/" filename 3. .sed 's/'$a'/'$b'/' filename 4. .sed s/$a/$b/ filename 阅读全文
  posted @ 2020-03-18 17:38 YUANya 阅读(4184) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• sed
  摘要：1,删除文件file 中第一行内容 命令：sed -i 1d file 阅读全文
  posted @ 2020-03-18 15:44 YUANya 阅读(101) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 在命令行中引入两个变量
  摘要：cat block/partial|while read a b ;do cat all-opsin.pep.genblast.tab|awk '$1=="'$a'"';done|les 阅读全文
  posted @ 2020-03-18 12:49 YUANya 阅读(214) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 输入分隔符
  摘要：$ awk -F ',' '{print $2, $3}' employee.txt 阅读全文
  posted @ 2020-03-17 14:55 YUANya 阅读(131) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• GO
  摘要：Whereas gene nomenclature focuses on gene and gene products, the Gene Ontology focuses on the function of the genes and gene products The Gene Ontolog 阅读全文
  posted @ 2020-03-16 10:14 YUANya 阅读(94) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• match|align|identify|cover_rate
  摘要：align是仅仅是存在而已，比如在第一个位置上，query是A,而subject上是T，也是align上了 而没有align是指并不存在，比如在第一个位置上，query是A,而subject上是没有，这就是没有align上 可见下图中粉色部分，粉色区域就是align上的部分 与align相对应的ra 阅读全文
  posted @ 2020-03-14 16:05 YUANya 阅读(280) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• KEGG
  摘要：KEGG数据库简介 KEGG，（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因与基因组百科全书）。是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库，旨在揭示生命现象的遗传与化学蓝图。它是由人工创建的一个知识库，是基于使用一种可计算的形式捕捉和组织实验得到的知识 阅读全文
  posted @ 2020-03-13 13:35 YUANya 阅读(909) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• InterProScan
  摘要：InterProScan是一个蛋白质功能数据库，输入蛋白质结构和位点可以预测蛋白质功能。 interproscan回答的问题是：I have a new protein sequence, and I don’t know anything about it. Is there some known 阅读全文
  posted @ 2020-03-13 09:50 YUANya 阅读(4750) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Functional annotation
  摘要：Functional annotation is defined as the process of collecting information about and describing a gene's biological identity—its various aliases, molec 阅读全文
  posted @ 2020-03-12 10:22 YUANya 阅读(381) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• GeneWise
  摘要：Predicts gene structure using similar protein sequences. GeneWise is heavily used by the Ensembl annotation system. It was developed from a principled 阅读全文
  posted @ 2020-03-09 17:51 YUANya 阅读(267) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• get middle lines
  摘要：cat all-opsin.pep|head -7|tail -6|wc 6 6 368 阅读全文
  posted @ 2020-03-08 17:17 YUANya 阅读(118) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• blast原理
  摘要：blast的原理就是将想要明确注释的sequence（这个sequence就是query）先打断，即一条sequence变成多条sub-sequence（sub-sequence也就是word），然后拿这些sub-sequence与数据库中的序列比较（数据库中的序列是已经注释过的），然后将这些wor 阅读全文
  posted @ 2020-03-08 16:09 YUANya 阅读(2396) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Masked genomes/sequence
  摘要：Masked genomes/sequence refer to genomic sequence that has been scanned for some type of internal sequence and then has those sequences converted to " 阅读全文
  posted @ 2020-03-06 16:08 YUANya 阅读(186) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• HSP
  摘要：HSP是高分片段 阅读全文
  posted @ 2020-03-06 14:01 YUANya 阅读(336) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• gapped alignment
  摘要：gapped alignment是考虑insertion和deletion情况的alignment 阅读全文
  posted @ 2020-03-06 13:50 YUANya 阅读(243) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• genBlastA
  摘要：BLAST is an extensively used local similarity search tool for identifying homologous sequences. When a gene sequence (either protein sequence or nucle 阅读全文
  posted @ 2020-03-06 13:42 YUANya 阅读(957) 评论(2) 推荐(0) 编辑
• 用blastall进行序列比对
  摘要：用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一，其功能非常强大，其下面有非常多的参数，但是一般使用的参数如：-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File) -e:(数学)期望值 阅读全文
  posted @ 2020-03-06 10:38 YUANya 阅读(1292) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• formatdb
  摘要：-i 输入需要格式化的源数据库名称 Optional -p 文件类型，是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库 T – protein F - nucleotide [T/F] Optional default = T -a 输入数据库的格式是ASN.1（否则是FASTA） T - True, F 阅读全文
  posted @ 2020-03-06 09:58 YUANya 阅读(176) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• download文件转为可执行格式
  摘要：chmod 755 software_name 阅读全文
  posted @ 2020-03-05 19:41 YUANya 阅读(240) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• if (-f $Db_file.".nhr")
  摘要：-f运算符测试其操作数是否是常规文件，而不是目录，符号链接或其他特殊文件。 所有以-开头的运算符都称为文件测试运算符，通常也可以在shell脚本语言中找到。它们是一元运算符（仅占一个操作数），如!或~是一元运算符。 -e 该“文件名”是否存在-f 该“文件名”是否为文件-d 该“文件名”是否为目录- 阅读全文
  posted @ 2020-03-05 18:24 YUANya 阅读(239) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 翻译my $Queue_para=(defined $Queue)?"-queue $Queue":'';
  摘要：#!/usr/bin/perl my $Queue_para=(defined $Queue)?"-queue $Queue":''; my $Q="";my $Q1;if (defined $Q){ $Q1="-queue $Q"; print "$Q1\n";}else{ $Q1="\n"; p 阅读全文
  posted @ 2020-03-05 16:24 YUANya 阅读(131) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• undef|defined
  摘要：1.undef undef是perl中变量未初始化时的默认值。当这个未初始化的变量被当做整型来使用时，那么undef就是0；当这个变量被当做字符串来使用时，那么undef就是空字符串。所以当在perl中使用一个未经过初始化的变量时，程序的运行是没有问题的。 例如： $sum += 1; #该语句第一 阅读全文
  posted @ 2020-03-05 15:56 YUANya 阅读(368) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• glob
  摘要：perl中通过文件操作符glob提供相当于shell中的指定多个文件的“通配符”语法功能，文件操作符glob将返回与所指定的glob文件模式相匹配的所有文件的list。 glob的用法--读取一个目录下的所有文件1. 比如要读取/home/globtest目录中的所有文件，可以这样写：@plFile 阅读全文
  posted @ 2020-03-05 13:40 YUANya 阅读(319) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 如果需要使用download一些东西需要上网
  摘要：如果需要使用download一些东西需要上网： 快捷方式：ssh.soft 阅读全文
  posted @ 2020-03-05 11:09 YUANya 阅读(107) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• unless 的简写模式
  摘要：#!/usr/bin/perl my $a='a'; print "right" unless ($a != 'a'); 阅读全文
  posted @ 2020-03-05 10:02 YUANya 阅读(164) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• qw
  摘要：定义和用法 qw()是用来指定了很多小单引号的句字是一个快速的方法。例如，qw(foo bar baz) 相当于 ('foo', 'bar', 'baz')。一些程序员认为，使用qw使Perl脚本更容易阅读。实际上，你可以使用任何分隔符，而不仅仅是括号组。 简单地，可以使用qw()准备一个数组，如以 阅读全文
  posted @ 2020-03-05 09:33 YUANya 阅读(784) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 文件压缩|MD5码
  摘要：MD5中的MD代表Message Digest，就是信息摘要的意思，不过这个信息摘要不是信息内容的缩写，而是根据公开的MD5算法对原信息进行数学变换后得到的一个128位(bit)的特征码。 所以一般认为MD5码可以唯一地代表原信息的特征，通常用于密码的加密存储，数字签名，文件完整性验证等。 ##mo 阅读全文
  posted @ 2020-03-04 09:01 YUANya 阅读(1534) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 多维数组排序
  摘要：依据第二列排序#!/usr/bin/python def takesecond(elem): return elem[1] random = [(3,2,2), (3,4,1), (4,1,0), (1, 3,-1),(5,7,89),(5,2,0),(2,100,90),(2,100,2),(2, 阅读全文
  posted @ 2020-03-03 20:31 YUANya 阅读(333) 评论(0) 推荐(0) 编辑