摘要:
生物医学大数据: 表观遗传学概念:1975 年,Robin Holliday 对表观遗传学提出比较系统的界定,即表观遗传学是研究在没有DNA 序列变化的情况下,可以经过有丝分裂和减数分裂等遗传方式在细胞和个体世代间传递,从而引起基因表达或表型改变的生命信息,它是不符合传统孟德尔遗传规律的核内遗传。 阅读全文
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生命组学 DNA序列改变的分子基础 变异来源 据研究对象,可分为两类mutation:个体上的变异和群体上的变异,群体上的变异是关联研究,eg喝酒人群vs非喝酒人群相比。 造成mutation的三类机制: 1.DNA复制:DNA复制酶错误 DNA复制 instrinsic polymerase er 阅读全文
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外界来审阅你的工作 首先确立Hypothesis、Inventory。Hypothesis:不一定是最后的假设。Inventory围绕核心问题,找unique,可以与本组相同但是与其他实验室不同。 选择Right journal,考虑impact factor|time to publish|top 阅读全文
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PCoA:主坐标轴分析 数值型变量使用各种距离公式,而分类变量看是否相同,比如, Aabbcc || Aaffff 其中,两个相同,4个不同,一组6个,则(6+6-2*2)=8。 PC0A与PCA区别在于PCoA有多种计算距离公式。 NMDS: 两者之差比两者之和,得到similarity得分,按分 阅读全文
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生物统计与实验设计 不能达到所有样本都是同一条件,所以假设检验条件严格。缺失值弥补,误差的平方和最小。 使得SE最小,令导数为零。但是不推荐使用,违背生物学原则。有一点必须明确,缺失数据估计并不能恢复原来的数据,只能是补足后不致于干扰其余数据,估计的数据并不能提出任何新的信息,因此,试验中应尽量避免 阅读全文
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科普文章 生物医学大讲堂:http://www.biols.cas.cn/xsjl/iBioChina/ 周虽旧邦,其命维新” 学位论文:可以从现在开始写综述,发表出去的paper比较有逻辑性,规范性让老师和自己都好改。学习相关软件。 基金写作流程: 留学回国人员启动资金: 阅读全文
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神经和肌肉只有细胞间期,转录时间长,但是大部分基因不能转录。该特性用于鉴定是否是神经及肌肉部位。 娃娃鱼的genome是人的十倍,这是多倍体化,基因变大但是基因组变小。 可塑性,鸟和人都有很强的可塑性,行为smart。鸟类的研究还有朱鹮保护动物。 在20bp一段进行拆分,比较稳定。 为什么植物基因组 阅读全文
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PCA:主成分分析 相关矩阵,找特征值,找每个特征值对应特征向量,即组成主组成式子: 每个式子指向一个结果y,找一条线将这些y分开。有11个变量就有11个新坐标轴,通过点到直线距离来区分。 信息必须集中在前几个主成分上。比如PC1表示3个变异。 主成分分析的前提是原始数据不能不同x指向同一个y。 主 阅读全文
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聚类算法: 对于数值变量,k-means eg:k=4,则选出不在原数据中的4个点,计算图形中每个点到这四个点之间的距离,距离最近的便是属于那一类。标准化之后便没有单位差异了,就可以相互比较。 对于分类变量,k-mode: 对于数值和分类变量:k-prototype 连续变量与分类变量的权重,K=1 阅读全文
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知识产权 复制件由原件所有人享有 创作作品的公民是作者 如无相反证据,由其他组织主持的法人作品,法人可视为作者。国外没有法人作品。 相反证明:作品上有署名。 行政领导由他人执笔,但是是报告&讲座人,他们是负责人。著作权是属于行政领导。 对于自传体,有约定则按照约定,没有则属于该特定人物。 演绎作品, 阅读全文