HGP|VCG|UK10K|中科院职业人群队列研究计划|药物基因组学
摘要:全球性计划:表观组计划;肝计划 测1000人的变异level HGP计划三个阶段,范围逐步扩大和深化。 Pilot:deep sequence low coverage Phase 1 Phase 2 data分析: discovered SNP Y chromosome不稳定不准,所以测X chr
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OA|DOAJ|Highwire press|Springeropen|Plos journal|电子印本|中国科技论文在线|arxiv|chinaxiv|MIT机构知识库|中科院机构知识库|Email alert|Citeseer|RSS|F1000 prime
摘要:信息检索 OA:open access开放获取 金色OA:出版社主导, 开放出版,全部都可以下载。 开放论文:只有部分可以下载。 绿色OA:作者主导,发表后放在机构知识库中,排版不同,但是内容一致。Eg:仅对中科院内部开放获取。 公共经费支付的研究开放获取,比如自然基金委支持的研究开放获取。 期刊论
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CAR-T|Single cell plan|Extracellular RNA|
摘要:生物医疗大数据 安吉丽娜朱莉发现抑癌基因事件,BRCA突变与乳腺癌关联。 个体化测序商品23 and me 多组学数据研究:eg:太空和地球双胞胎发现生化指标差不多。 研究模式和工业模式相结合。 研究模式: 工业模式: 热点:量子计算其实没有研究成果。 未来方向: 传染病预警的技术,eg:flu t
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Physicoochemical|CG content|
摘要:NCBI存在的问题: 数据用户的增长 软件开发受限 数据分析缺乏 有些传统束缚,仅用底层语言书写 Pangenome Open gene是随菌株数量增大而增大的gene,Closed gene是随菌株数量增大而趋于平滑的gene。 Mategenomics and longevity,例子:年轻人的
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IUBS|CODATA|Open Data in a Big Data World|National Genomics Data Center
摘要:生命组学: National Genomics Data Center中的section: LncRNA知识库+non-code加入RNA central GWAS Atlas基因组关联分析数据库 EWAS表观组关联分析数据库,大部分是人。Tissue/cell单细胞测序 Idog Rice gen
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PROOF|ADOBE READER
摘要:样稿PROOF,最后是印刷样张。 修改校样是最后一次修改错误。 每一版editor不一样,任务不同。 不能修改工作单位,但是可以加一个标注。 最好使用ADOBE READER中的COMMENT&MARKUP TOOLBAR 在PDF上直接修改,标准化。
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同行评审|keywords
摘要:审稿流程: 初审 直接被拒,editor开组会讨论的结果 论文水平低 不符合刊物宗旨和要求 同行评审: 单盲评审 双盲评审:限制审稿人倾向 公开评审PNAS Analyse search result:通过keywords选择审稿人,不要仅引用自己的文章。
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精准医疗|研发药物|Encode|roadmap|
摘要:生物医学大数据 精准医疗 研发药物:特异性靶点&过表达靶点 Encode &roadmap找组织特异性的表观遗传学标记、TF、DNA甲基化的动态变化等信息。 生物大数据的标准化与整合 降维分析 聚类和功能分析 多组学 结合临床病理分型 生物信息学可视化分析(描述&预测) Regulation net
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插入格式|分章节显示参考文献|修改参考文献格式
摘要:信息检索: 与online同步需要新建library 修改参考文献格式: 分章节显示参考文献: 转自:[穿越星空](http://blog.sciencenet.cn/blog-485-448980.html) 插入Chinese Std GBT7714 (author-year)及Chinese
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分章节显示参考文献
摘要:气味感知发育的关键期:分子机制和行为效应 发育关键期[1]是指发育过程中感官体验能够对神经连接和环路功能产生持续影响的时间窗口。在哺乳动物中,嗅觉系统是唯一能够在动物的整个生命过程中持续产生新神经元的神经系统。 分章节显示参考文献: 1. Asogwa, N.C., et al., Inter- a
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Est数据库
摘要:Est--编码序列,gene 片段且具有标签 其中,est数据库中是类似测序1、测序2、测序3这样的序列。实验室测得的序列是cDNA,通过上图方法拼接,电脑克隆(dbest)。如果有overlap则认为两个序列来自于同一个gene,overlap的碱基数目是40(不建议低于30,不建议高于40),过
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痢疾杆菌|SARS
摘要:病原微生物分析: Eg:痢疾杆菌 测序 比对(K12vs治病菌1vs治病菌2),发现: “毒力岛”:K12没有,两个治病菌有,缩小搜寻范围。 “黑洞”:K12有,但两个治病菌没有。 SARS: 构建系统发育树,发现由冠状病毒进化而来。 不同地区的SARS基因组比较,可溯源病毒传播 根据各SARS冠状
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基于序列数据的生物进化研究
摘要:四、基于序列数据的生物进化研究的挑战 解密后由表象进化到分子进化。 构建进化树的步骤: 序列相似性比较 序列同源性比较 构建系统进化树 稳定性检验,因为必须是保守序列。 序列相似性比较。就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较,用于确定该序列的生物属性,也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。
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完整基因组的比较研究
摘要:三、完整基因组的比较研究 研究所有基因的排列,元件之间的相互关系。 人类的HOX gene是果蝇的HOX gene的4倍,说明演化过程中进行2次加倍。
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NGDC|BIGD
摘要:生命组学 生命起源经过复杂演化诞生了大量生物体及其基因组。 现今NCBI最大的基因组: 植物:糖松27.6G 动物:墨西哥蝾螈32.4G 大数据能做什么? 大数据时代如同大航海时代一样,需要具有与时代对应的能力。 用于应对人类挑战:eg:环境暴露组数据 现在的研究模式:知识挖掘 算法模型 数据整合
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独立t检验
摘要:方差相同个数相同的独立t检验 5、某饲料厂要比较A、B两种配合饲料在养猪生产中的效果,选取12头情况相似的猪,随机分成两组,分别饲喂两种配合饲料,其60天增重(单位:kg)见下表。 饲 料 60d增重 A 21.5 25.0 31.0 23.4 24.5 23.6 B 35.0 34.4 37.8
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零相关|回归|相关|相关系数|回归解释相关|r判断相关性|相关系数的区间估计|数据类型|非线性回归
摘要:零相关是什么? 零相关亦称“不相关”。相关的一种。两个变量的相关系数r=0时的相关。零相关表示两个变量非线性相关,这时两个变量可能相互独立,也可能曲线相关。对于正态变量,两个变量零相关与两个变量相互独立等价。对于一般情形,两个变量相互独立时一定零相关。 [1] 零相关即没有关系,变量x和y之间的关系
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双变量计量资料中的总体|协变关系|平行关系|负向协同变化|正向协同变化|因果关系|直线回归的假设检验|直线回归方程|直线回归数学模型|回归方程|回归平方和|离回归平方和|自变量|离回归标准差|回归估计标准误|剩余标准差|回归系数β检验方法|内插|外延|
摘要:直线相关与回归分析 双变量计量资料中的总体是什么? 是所有的变量,每一个变量是一个变量值组(a,b)。 协变关系是什么? 一个变量变化之后另外一个变量跟着变化。 平行关系在哪里? 散点图中的正向协同变化是什么?散点图中的负向协同变化是什么? 都是两个变量之间关系的定性描述: 定量描述是:相关和回归
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样本统计数|样本统计量|生物统计学|统计学|变量的性质|变异数|变量明显基本特征|特征|特征数|计数变量|标准误|标准差|独立|互斥|二项分布|方差齐性|离差|
摘要:修正: 样本统计数和样本统计量之间的关系是什么? 样本统计量是一个变量,而样本统计数是该变量对应的数值。样本统计量也是样本统计数,参数也是参量。 生物统计学和统计学都包含两部分是什么? 统计学的基本内容包括(统计描述)和(统计推断)两大部分。 生物统计学的基本内容包括(试验设计)和(统计分析)两大部
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卡方检验独立性检验
摘要:卡方检验独立性检验: 2、某生物药品厂制造一批新的疫苗,为检验其免疫力,用200只鸡进行试验,其中注射100只(经注射后患病的10只,不患病的90只),对照组(注射原疫苗组)100只(经注射后患病的15只,不患病的85只),试问新旧疫苗的免疫力是否有差异。 (已知;结果保留两位小数) 2、H0:发病
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盒式图|加置信椭圆的散点图|分组盒式图|分组散点图|马赛克图|
摘要:盒式图是什么? 箱形图(Box-plot)又称为盒须图、盒式图或箱线图,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。 加置信椭圆的散点图是什么? X,y轴分别是定量变量和定性变量用何图? 1.分组盒式图 2.分组散点图 二维变量都是定性变量使用何图? 马赛克图: 城区图:
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协方差分析|随机区组设计|样本单位|样本容量|变异系数|片面误差|抽样误差|真实性|精密度|重复性|精确程度|计数数据|区间变量|离散型变量|数值变量
摘要:平均数也是统计数据吗? 是的,统计资料——即统计数据,是通过统计工作所获得的能够说明现象总体某种特征的数据,是统计实践活动的成果。 什么是协方差分析? 在实验设计中,协变量是独立变量,实验者不能操纵,但仍影响实验结果。我想知道温度对于降水量的影响,但是海拔高度、经纬度、当地湿度等变量也会影响降水量。
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试验指标|试验单位|均方|随机模型|固定模型|字母标记法|LSR|q检验|LSD|重复值|弥补缺失数据|可加性|平方根转换|对数转换|反正弦转化
摘要:第五章 方差分析 试验指标是什么? 就是统计的测量值,eg:身高体重 试验单位( experimental unit )是什么? 实验载体,比如一只小白鼠 均方是什么? 就是方差 随机模型的τ有何特点? 标准正态分布 固定模型与随机模型的比较 最大的不同是固定模型研究均值;随机模型研究τ 方差分析结
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2×c列联表|多组比例简式|卡方检验|χ2检验与连续型资料假设检验
摘要:第四章 χ2检验 χ2检验与连续型资料假设检验的区别? 卡方检验的假设检验是什么? 理论值等于实际值 何条件下卡方检验的需要矫正?如何矫正? 卡方检验的自由度如何计算? Df=k-1而不是n-1 卡方检验的分类? 两组比例简式: 多组比例简式: 2 × 2列联表的χ2检验可利用以下简式而不必计算理论
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显著水平|区间估计|假设检验|显著性|第一类错误|Ⅱ类错误|β错误|t检验|连续性矫正|二项分布的假设检验|样本百分率|
摘要:第三章 假设检验 区间估计与假设检验的基本区别? 上一章中讨论了置信区间的估计方法。它是利用样本数据,以抽样总体的分布为理论基础,用一定的概率保证来计算出原总体中未知参数的区间范围。特别值得注意的是:在作区间估计之前,我们对所要估计的参数是一无所知的。 § 而在这一章中,我们所要做的工作是,先对要研
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估计量|估计值|矩估计|最大似然估计|无偏性|无偏化|有效性|置信区间|枢轴量|似然函数|伯努利大数定理|t分布|单侧置信区间|抽样函数|
摘要:第二章 置信区间估计 估计量和估计值的写法? 估计值希腊字母上边有一个hat 点估计中矩估计的原理? 用样本矩来估计总体矩,用样本矩的连续函数来估计总体矩的连续函数,这种估计法称为矩估计法。Eg:如果一阶矩则样本均值估计总体均值 公式化之后的表达: 其中的μ1的表达式: 矩估计和最大似然估计最终估计
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单因素方差分析
摘要:单因素方差分析: 5个不同品种猪的育肥试验,采用完全随机设计。后期30天增重(kg)如下表所示。试比较品种间增重有无差异。(若F检验差异显著或极显著,不进行多重比较;结果保留两位小数) 5个品种猪 ‘’30天增重 品种 增 重 (kg) B1 21.5 19.5 20.0 22.0 18.0 20.
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左偏|有偏|中心极限定理|卡方分布|
摘要:第二部分 概率论、基本分布 怎么判断左偏和有偏? 看尾巴的方向: 中心极限定理的两个要点? 最后的正态分布的均值和方差。 当样本极度大的时候可以忽略该样本是否来自正态分布。 三种常用抽样分布的共同特点? 分布走势仅与自由度有关 卡方分布的分母是自由度吗? 不是,卡方分布没有分母: 自由度是Z分布的个
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正交试验
摘要:正交试验 统计与几何集合在一起 实验次数少找代表性试验,3X3X3=27,有三个因素,每个因素三种水平。可以用9个实验代替。放在立方体内: 可以用9个点代替: 每条线上各有一个点 9个实验,3个水平,最多允许4个因素,该值可查表得到。 反复使用9个数据可以得到27个数据的信息。
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Insulator|enhancer|LCR|EKLF|CTCF|调控基因印记| A-USF|HATs|ChIP|Chip-seq|PAGE|
摘要:表观遗传学 转录因子 基本转录因子:TFIID、A、B、F、E、H、 Pol II… 基转录因子具有稳定作用 组织特异性转录因子:GATA、EKLF、Bcl11A… 特异性是在特定组织中的细胞中时与细胞发育有关,组织特异性可用于制药 其它:FOG、CTCF、USF、Actin… TATA box:A
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SRS|Stratified sampling|系统抽样|Cluster sampling|multistage sampling|
摘要:生物统计学 总体和抽样 抽样方法: 简单随机抽样SRS:随机误差,系统误差 标准误,有效性,评价随机误差。 如果是样本容量是无穷个:则f趋近于0:,下方公式做变换,由 变为: Eg:1000个就可以用变换后的式子 如果是样本容量是有限个,则使用: Stratified sampling分层抽样 优势
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polyA|ribo-minus|differentiated cell|Genetic heterogeneity
摘要:转录组 测量单cell,可以认为是一种细胞。细胞株也认为来自同一个细胞。 使用两种方法,找mRNA(polyA)及rmRNA(ribo-minus),然后取交集。 转录组受实验影响,比如小片段没得到。 干细胞与诱导的干细胞序列相似的原因尚不清楚。 转录因子参与的转录过程,相同转录因子,老鼠可以转向干
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Cover letter
摘要:Cover letter意义和新意可以写的夸张一点没关系,写因存在竞争关系的不建议作为审稿人。不要推荐熟悉人(导师,导师的导师,有关系的人,co-authors)作为推荐审稿人,不要推荐非该领域内大牛,交付大牛实验室,大牛实验室的博后审查严格,可以找以前提问者作为审稿人,因为问题熟悉。 范文:ori
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Fractal Dimension|Relative Complexity|CG含量|重复序列|
摘要:生物信息学-序列拼接方法 物理学方法 Fractal Dimension of Exon and Intron Sequences CGCGGCGTGTGTTATA 数学方法:Relative Complexity in Exon, Intron and Flanks 序列复杂度依据不同组合出现的次
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endnote插入|管理文件|成组
摘要:信息检索 Endnote Filter(导入) library(管理) style(导出) 本地+网络数据库 点击research 在WOS上: 导入改文献: CNKI 导入PDF时选择PDF 导入PDF后直接有全文 导入文件夹 去重:Reference find duplication 增加小组:
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Promoter complex|转录组水平RNA的复杂度|
摘要:生命组学 Promoter complex Tata box识别位点 Enhancer加入之后增强转录 不确定性与确定性之间的关系,原因中存在这不确定性,但是结果表达又是确定的。因为promoter的突变率很高,所以人工不容易找到其位点。 神经细胞是平衡流,神经细胞认为不具有细胞周期。周期问题是可塑
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Popular generalized linear models|GLMM| Zero-truncated Models|Zero-Inflated Models|matched case–control studies|多重logistics回归|ordered logistics regression
摘要:Popular generalized linear models 将不同类型的数据做数值转换,转换为线性模型。 连续型变量且正态分布选择 离散型变量且二项分布选择logistics 计数变量且负二项分布选择自然对数 負二項分布是統計學上一種描述在一系列独立同分布的伯努利试验中,失败次数到达指定次数
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Cover letter|review|Discussion
摘要:选择期刊考虑影响因子和载文量(流量) 分类:多学科eg:CNS 专业综合:eg:nature子刊;lancet;cell,jacs 细分:eg:CA-A 投完Cover letter后,根据审稿结果修改后录用稿件,对于editor的问题必须逐条回答,editor推荐的稿件适当引用,投别刊需要修改。
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非人举例
摘要:非人举例: 电影类题目 严肃片:熔炉|素媛|釜山行| 正面价值观:风雨哈佛路&Harrypotter 广告多为负面,可作批判夸张,eg汰渍|方便面广告 新能源相关话题要探索新能源,氦气(helium-3)
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举例解释
摘要:TS如果可以想出原因就解释,如果比较直白就举例子。举例可以举有共鸣的人,名人or 家人。关键在于细节围绕wh-(what,where,who,when,why) or how-(how many ,how many) Edison: People will highly likely become
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Methyl-SeqDNA的甲基化图谱|DNase I-Seq|ChIP-Seq|3C-Seq|
摘要:生物医学大数据 Methyl-SeqDNA的甲基化图谱 DNase I-Seq全基因组染色质DNA的开放程度、非基因编码区的调控元件的分布 DNase I高敏感位点:基因处于转录活性状态时,其染色质结构处于相对松散的状态,DNaseⅠ易于接触到染色体DNA,这个区域的DNA对DNase I敏感性就比
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连词词组|relax|brings about a rise in|Chance are (high)that|Have no clue|Be passionate about|Tedious|overwhelmed by piles of
摘要:efficient有效率的 effective有效果的 Make sb. Do Stuff没有复数 首先的三种表述:First off=To begin with=For starters 其次:Additionally 最后:Lastly boost the motivation激发参与 Loos
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body书写总框架
摘要:Body-reason 1:Topic sentence 2-n:解释or/and 举例 段内结构: 主题句+解释 主题句+举例 主题句+解释+举例:逐渐细化 不要每一段格式一致
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单个body|简单解释|复杂解释|反面解释
摘要:单个body有三种方法简单解释、复杂解释和反面解释 简单解释: Whether hold a small party is convenient 思路:办小party why 不操心以上三个方面 方便 First,to hold a small party is convenient Why? Wa
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TS写法
摘要:主题句常用句型: ...can/may... ...有助于/帮助.....,(定语从句) ...enable/allows sb. To do... By doing .....,...can..... By doing....,it is highly likely that... ....fun
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saturates|meteoric|enclose|marooned|predators|Pioneer community|salinization|condenser|embodied
摘要:saturates渗透 meteoric蒸汽 enclose包围 Pioneer community 先锋群落 Climax community顶级群落 cumulative积累 Rebound 回弹 Wolves狼 Lynx山猫 Logging 伐木 predators捕食者 marooned放逐
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否定事实信息题
摘要:否定事实信息题 否定事实信息题题干中有大写的NOT,EXCECP,找到唯一错误的选项。特点是选项简单直白,可以通过连连看得到。
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推断题
摘要:推断题题干中有Infer,imply, more likely, conclude 特点是定位区间松散,没有思路直接看选项 1.思路主要是找-读-推-选,与事实信息题相同做法。 2.注意一类题干中有时间点、事物趋势或对比的题目,重点考察句间关系,即时间点前后、事物趋势取非。对比取非,已知A特征,问B
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修辞目的题
摘要:修辞目的题 句间关系 识别句子间的关系--托物言志 问目的 读关键词所在的完整句子 问句子关系 判断首先找到的句子是什么功能,再找到目的 首先判断连连看找到的句子是什么功能,改句子参与解释论证的方式有举例、细节、类比、标点(A:B|A(B)|A-B)。 然后判断该句子与答案的关系,通常是强调:1.问
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相关|回归|非线性回归
摘要:相关,即二型回归,关系是双向的。 回归,即一型回归,关系是单向的。 非线性回归即是以直代曲,即用线性换成非线性,即将x做data transfer后呈线性。 Logistics回归 使用sigmoid曲线。 两种组合成非线性回归的思路: 对同一个函数做若干步数值转换 将多个线性模型拼接在一起 Eg:
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完全实验|不完全实验|
摘要:实验设计 统计学是线索和思路。在查阅大量文献,心中有因果的情况下,再用统计学验证。 随机误差是动物本身存在差异。系统误差(treatment)其次,自然环境如温度、 湿度、光照、通风等存在差异 第三,饲养管理条件存在差异,第四,试验人员操作技术上存在差异 完全实验是将矩阵填满才可以得到结论,而不将矩
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随机区组设计|拉丁方
摘要:生物统计与实验设计 随机区组设计 随机数字表示随机抽取。 单因素方差分析变为多因素方差分析,多了一个组的等级(比如家族),因为不可能找到条件完全相同的猪。多重比较只比较最初考查的那个因素(饲料),不是在分析过程中独创的因素(家族)。 拉丁方要求水平数相同,每行每列都有所有变量,对拉丁方先做随机化,行
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TPO2-3 Early Cinema
摘要:Edison was more interested in the sale of Kinetoscopes(for roughly $1,000 apiece)to these parlors than in the films that would be run in them (which c
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TPO2-1Desert Formation
摘要:The extreme seriousness of desertification results from the vast areas of land and the tremendous numbers of people affected, as well as from the grea
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TPO6-1 Powering the Industrial Revolution
摘要:By 1800 more than a thousand steam engines were in use in the British Isles, and Britain retained a virtual monopoly on steam engine production until
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TPO6-1Powering the Industrial Revolution
摘要:The source had long been known but not exploited. Early in the eighteenth century, a pump had come into use in which expanding steam raised a piston i
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TPO3-2Deletion of Ogallala Aquifer
摘要:In the face of the upcoming water supply crisis, a number of grandiose schemes have been developed to transport vast quantities of water by canal or p
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TPO3-2Depletion of Ogallala Aquifer
摘要:The vast grasslands of the High Plains in the central United States were settled by farmers and ranchers in the 1880s. This region has a semiarid clim
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TPO3-1Architecture
摘要:Much of the world's great architecture has been constructed of stone because of its beauty, permanence, and availability. In the past, whole cities gr
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TPO1-3Timberline Vegetation on Mountains
摘要:At the upper timberline the trees begin to become twisted and deformed. This is particularly true for trees in the middle and upper latitudes, which t
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TPO3-1 Architecture
摘要:Even development in architecture has been the result of major technological changes. Materials and methods of construction are integral parts of the d
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TPO1-3Timberline Vegetabtion on Mountain|have the advantage over
摘要:The upper timberline, like the snow line, is highest in the tropics and lowest in the Polar Regions. It ranges from sea level in the Polar Regions to
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Keywords|Result|Final check
摘要:科研论文写作 风格最好是excited,不要过于谦虚。 Reference不要过多引用自己的paper,可以多引用本刊物的paper。 Acknowledgement:感谢帮助input的人员,可以not a co-author,要考虑加入granting agencies、funding numb
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DNA methylation|Transcription factors|PTM|Chromosome conformation|表观遗传学测序技术
摘要:生物医疗大数据-DNA element functions and identification Genetic vs epigenetic GENETICS 遗传学 DNA Code: 64 triplets of nucleotides encode for 20 amino acids and
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广义线性模型|logistics|Odds ratio|最大似然函数|LR|AIC|
摘要:广义线性模型 y是分类变量 Link function:将分类变量和数值变量放在一起 使用得到结果0 or 1的概率值来评估选0 or1 函数关系: 正比例函数: logistics函数S型曲线: Odds ratio反应事件发生的倾向性 logistics函数与probit regression
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TPO5-3 The Cambrian Explosion
摘要:At one time, the animals present in these fossil beds were assigned to various modern animal groups, but most paleontologists now agree that all Tommo
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TPO5-2 The Origin of Pacific Island People
摘要:Contrary to the arguments of some (that much of the pacific was settled by Polynesians accidentally marooned after being lost and adrift), it seems re
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TPO5-1 Minerals and plants
摘要:Only recently have investigators considered using these plants to clean up soil and waste sites that have been contaminated by toxic levels of heavy m
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TPO4-2 Cave Art in Europe
摘要:Perhaps, like many contemporary peoples, Upper Paleolithic men and women believed that the drawing of a human image could cause death or injury, and i
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TPO1-3Timberline Vegetation on Mountains
摘要:The transition from forest to treeless tundra on a mountain slope is often a dramatic one. Within a vertical distance of just a few tens of meters, tr
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TPO1-2 The Origin of Theater
摘要:Stories (myths) may then grow up around a ritual. Frequently the myths include representatives of those supernatural forces that the rites celebrate o
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TPO1-1groundwater
摘要:Thus a proportion of the total volume of any sediment, loose or cemented, consists of empty space. Most crystalline rocks are much more solid; a commo
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Cell theory|Bulk RNA-seq|Cellar heterogeneity|Micromanipulation|Limiting dilution|LCM|FACS|MACS|Droplet|10X genomics|Human cell atlas|Spatially resolved transcriptomes|ST|Slide-seq|SeqFISH|MERFISH
摘要:生物信息学 Cell theory:7个要点 All known living things are made up of one or more cells. All living cells arise from pre-existing cells by division. The cell
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表观遗传学|
摘要:生物医学大数据: 表观遗传学概念:1975 年,Robin Holliday 对表观遗传学提出比较系统的界定,即表观遗传学是研究在没有DNA 序列变化的情况下,可以经过有丝分裂和减数分裂等遗传方式在细胞和个体世代间传递,从而引起基因表达或表型改变的生命信息,它是不符合传统孟德尔遗传规律的核内遗传。
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Mutation|DNM|
摘要:生命组学 DNA序列改变的分子基础 变异来源 据研究对象,可分为两类mutation:个体上的变异和群体上的变异,群体上的变异是关联研究,eg喝酒人群vs非喝酒人群相比。 造成mutation的三类机制: 1.DNA复制:DNA复制酶错误 DNA复制 instrinsic polymerase er
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Right journal|First-class paper|Mediocre paper|figure legend |Discussion|Introduction
摘要:外界来审阅你的工作 首先确立Hypothesis、Inventory。Hypothesis:不一定是最后的假设。Inventory围绕核心问题,找unique,可以与本组相同但是与其他实验室不同。 选择Right journal,考虑impact factor|time to publish|top
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PCoA|NMDS|STRESS|RDA |RA|Unimodal|CCA|Generalized Joint Attribute Modeling
摘要:PCoA:主坐标轴分析 数值型变量使用各种距离公式,而分类变量看是否相同,比如, Aabbcc || Aaffff 其中,两个相同,4个不同,一组6个,则(6+6-2*2)=8。 PC0A与PCA区别在于PCoA有多种计算距离公式。 NMDS: 两者之差比两者之和,得到similarity得分,按分
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缺失值|回归分析|协变关系|
摘要:生物统计与实验设计 不能达到所有样本都是同一条件,所以假设检验条件严格。缺失值弥补,误差的平方和最小。 使得SE最小,令导数为零。但是不推荐使用,违背生物学原则。有一点必须明确,缺失数据估计并不能恢复原来的数据,只能是补足后不致于干扰其余数据,估计的数据并不能提出任何新的信息,因此,试验中应尽量避免
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基金写作流程|留学回国人员启动资金
摘要:科普文章 生物医学大讲堂:http://www.biols.cas.cn/xsjl/iBioChina/ 周虽旧邦,其命维新” 学位论文:可以从现在开始写综述,发表出去的paper比较有逻辑性,规范性让老师和自己都好改。学习相关软件。 基金写作流程: 留学回国人员启动资金:
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植物基因组|动物基因组|
摘要:神经和肌肉只有细胞间期,转录时间长,但是大部分基因不能转录。该特性用于鉴定是否是神经及肌肉部位。 娃娃鱼的genome是人的十倍,这是多倍体化,基因变大但是基因组变小。 可塑性,鸟和人都有很强的可塑性,行为smart。鸟类的研究还有朱鹮保护动物。 在20bp一段进行拆分,比较稳定。 为什么植物基因组
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PCA|factor extraction|CA
摘要:PCA:主成分分析 相关矩阵,找特征值,找每个特征值对应特征向量,即组成主组成式子: 每个式子指向一个结果y,找一条线将这些y分开。有11个变量就有11个新坐标轴,通过点到直线距离来区分。 信息必须集中在前几个主成分上。比如PC1表示3个变异。 主成分分析的前提是原始数据不能不同x指向同一个y。 主
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k-means|k-mode|k-prototype|PAM|AGNES|DIANA|Hierarchical cluster|DA|VIF|
摘要:聚类算法: 对于数值变量,k-means eg:k=4,则选出不在原数据中的4个点,计算图形中每个点到这四个点之间的距离,距离最近的便是属于那一类。标准化之后便没有单位差异了,就可以相互比较。 对于分类变量,k-mode: 对于数值和分类变量:k-prototype 连续变量与分类变量的权重,K=1
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复制件|相反证明|行政领导|自传体|演绎作品|合作作者|影视作品|单位作品|婚姻共同财产|合理使用|法定许可|转让|出版|表演|录音录像|广播电台|侵权|赔偿金
摘要:知识产权 复制件由原件所有人享有 创作作品的公民是作者 如无相反证据,由其他组织主持的法人作品,法人可视为作者。国外没有法人作品。 相反证明:作品上有署名。 行政领导由他人执笔,但是是报告&讲座人,他们是负责人。著作权是属于行政领导。 对于自传体,有约定则按照约定,没有则属于该特定人物。 演绎作品,
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听力|美术史
摘要:Classical art:greece Sculpture:white marble statue Polychrome--monochrome彩色--黑白 pigment颜料 Contrapposto--counterpoise对立平衡 Elegant balance Middle ages:t
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口语
摘要:采分点: Delivery:overall impression|intonation&pron. 自然拼读:单词的长相、名字和发音,将音标单独或组合起来。 长音节单词:找元音 音准|ai|;|ei|;|au|;|i|;|æ|。 language use 名词动词冠词 Topic developme
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听力|术语解释原则|转折原则|提问原则|并列
摘要:术语解释原则,记录时使用利用辅音进行分层。 转折原则,但是存在的问题是转折前后有部分听不清,不是听不清转折前就是听不懂转折后,此时应该通过明确信息走向来判断未知信息。常见于重听题:Hugo is a brilliant writer,but/yet/however his work XXX isn’
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hybrid|Conform the norm of|Mollusk|uncanny|canny|Canvas|documentary
摘要:hybrid混合物 Conform the norm of 符合规范 Mollusk贝类 uncanny诡异的 canny精明的 Canvas帆布 documentary纪录片
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听力-对比类比题
摘要:对比类比题,围绕两个对象,信号词出现在文章中,题干,选项中。 表对比的词汇Differ from |difference|distinction|contrast| 表类比的词汇similar to|similarity|resemblance比较|analogy类比|compare to|comp
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SaaS|PaaS|iaas|
摘要:生物医疗大数据:云物移大智 云计算的三种模式:SaaS|PaaS|iaas 互联网:计算机之间的网络 物联网:物品之间的网络 移动:5G的三个特点:快;密;稳 大数据:4v:volume数据量大;velocity速度大;variety种类多;veracity价值大 智慧医疗使用人工智能服务。
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gene cluster|DPG|拉马克主义变异|达尔文主义变异
摘要:生命组学 A gene cluster is part of a gene family. A gene cluster is a group of two or more genes found within an organism's DNA that encode for similar po
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transcription-coupled repair|Germ|HK|TS|Mutation|四类变异
摘要:生命组学-可遗传变异 GC content:碱基: GC content不同的植物对应的gene length,可看作上图的转置: 由GC content看出来碱基变异程度,可以找到对应碱基改变,所以gene expression也会相应改变,比如亲水到疏水。 转录偶联变异transcription
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EST
摘要:In genetics, an expressed sequence tag (EST) is a short sub-sequence of a cDNA sequence. ESTs may be used to identify gene transcripts, and are instru
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Jarque-Bera test|pp图|K-S检验|
摘要:Jarque-Bera test: 如何绘制pp图? 找该直线的截距和斜率,通过截距和斜率的值找到正态参数均值和方差,可对这些正态参数进行正态检验。 K-S检验的的特点? 并不是只针对正态分布,是针对某一分布。在大样本时针对正态分布。
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Tukey法
摘要:Tukey法 在介绍Tukey方法前,首先了解学生化极差分布。 在概率论和统计学中,学生化极差分布是极差的抽样分布。该分布是一种连续型概率分布,用于在样本量较小且总体标准差未知的情况下估计正态分布总体的极差。 假设要比较的组数为k,那么在零假设成立的条件下,下面的随机变量服从学生化极差分布。
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主效应|处理误差 |组间误差|处理效应|随机误差|组内误差|误差|效应分析|方差齐性检验|SSE|SSA|SST|MSE|MSA|F检验|关系系数|完全随机化设计|区组设计|析因分析
摘要:8 什么是只考虑主效应的方差分析? 就是不考虑交互效应的方差分析,即认为因素之间是不相互影响的,就是无重复的方差分析。 什么是处理误差 (treatment error)、组间误差(between-group error)、处理效应(treatment effect)? 这三者都是同一个东西。处理误
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第二类错误|检验统计量|左偏|右偏|P值
摘要:6 第二类错误在H0中的假设值差别越大时增大? 不对,第二类错误在H0中的假设值差别越大时变小。 检验统计量有哪些? 根据假设内容确定是左偏还是右偏? P值是在原假设为真的条件下,检验统计量大于或等于其观察值(样本)的概率? 对的,P值是以假设值为临界值时犯第一类错误的概率。P-值是在原假设为真的条
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估计量|估计值|置信度|置信水平|非正态的小样本|t分布|大样本抽样分布|总体方差|
摘要:5 估计量和估计值是什么? 估计量不是估计出来的量,是用于估计的量。 估计量:用于估计总体参数的随机变量,一般为样本统计量。如样本均值、样本比例、样本方差等。例如:样本均值就是总体均值的一个估计量。 估计值就是估计出来的数值。 可以在点估计上使用样本方差估计总体方差吗? 可以,是无偏的。 置信度与置
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参数|统计量|抽样分布|估计标准误差|标准误差|标准误|标准差|二项分布|泊松分布|中心极限定理|样本方差|
摘要:4 二项分布近似正态分布的条件? 参数和统计量的区别? 总体参数通常用希腊字母表示,样本统计量通常用小写英文字母来表示 抽样分布是一种理论分布吗? 抽样分布不是样本结果的分布,而是一种无法穷尽情况的分布,但是我们可以使用数学方法来求得进行这样抽取方法后的特统计量的分布。我们收取的样本点的统计量被认为
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比率(ratio)|帕雷托图|雷达图|轮廓图|条形图|茎叶图|直方图|线图|折线图|间隔数据|比例数据|标准分数|标准差系数|离散系数|平均差|异众比率|四分位差|切比雪夫|右偏分布|
摘要:比率是什么? 比率(ratio) :不同类别数值的比值 在中文里,比率这个词被用来代表两个数量的比值,这包括了两个相似却在用法上有所区分的概念:一个是比的值;另一是变化率,是一个数量相对于另一数量的变化量,例如,速率是物体的移动距离相对于时间的变化量,以每单位时间的移动距离来表示;心跳率是每分钟的心
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