摘要：
使用maxquant 设定修饰： 设定打分值： 设定有标定量方法：iBAQ，虽然是无标定量方法，但是设定该值后也会有相应有标定量方法的iBAQ值。 根据计算机性能设定线程数： 设定酶切位点 最后生成文件wps不能打开，需要将肽段定量和蛋白定量修改为xls文件 不足：没有中间数据 阅读全文
摘要：
蛋白质组实验数据提交 需要共享数据，共享要求： 质谱实验数据 HUPO Proteomics Standards Initiative (http://www.psidev.info/overview) PSI-MS标准词汇文件结构 蛋白质组实验数据库： PeptideAtlas具有独有的软件包TP 阅读全文
摘要：
癌症蛋白质基因组学主要研究driver性质的突变，该突变有可能是转化为癌基因的突变、抑癌基因突变、药物位点突变和蛋白突变，可以使用mutation assessor 预测突变 突变导致疾病，修饰仅影响生物学功能 将序列库、图谱库、公共突变数据库和RNAseq组合起来构成组合数据库找突变。比如： db 阅读全文
摘要：
生物信息学方法的目的有二：1.常规找鉴定已知蛋白2.鉴定新蛋白 控制数据库大小可以通过增多酶切使得大数据库灵敏性增高数据量变小： 分步搜索是对于经典方法使用后找不到的新蛋白进行补充挖掘，预测蛋白与高可靠蛋白混合，高可靠蛋白变少，新蛋白检出率低: NCBI使用的便是此方法。 nr是蛋白种类最多的数据库 阅读全文
摘要：
生物医学大数据-蛋白质基因组学：质谱注释 蛋白质组与其他组学的关系便是互为印证：蛋白质基因组学原本用于基因组注释，后面扩展到蛋白质与转录组或可变剪接之间关系，同时，蛋白质组依赖于基因组注释作为验证。许多研究未标明蛋白质基因组学，而是归属于对应的组学。 蛋白质基因组学现存问题： 基因组注释方法：1.D 阅读全文
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应用统计学： s检验是检验否符合正态，而k-S检验是检验否符合一种分布。 已知分布便知道参数，知道参数不知道分布。 适应性检验 多项式分布的情况如下例： 二项分布是多项式分布一种情况，所以就是上式中只有两个概率 独立性检验：PAB=PAPB 其中，29.76由假设独立后比例算得。 格式： 是右尾检验 阅读全文
摘要：
应用统计学-方差分析 数值型数据使用线性回归来研究因素对因变量的影响。类别型数据使用方差分析来研究因素对因变量的影响。方差分析是使用方差比MSA/MSE来检验均值是否全相等，即相等是H0假设，而不全相等是H1假设。自变量是因素，而因素取值是水平。比如，降水量是因素，降水量大、中和小是因素的三个水平。 阅读全文