质量控制|样本和总体|有限总体和无限总体|样本空间与变量空间|总体变异性|
摘要:如何理解质量控制? Fig. 2 illustrates these chance and assignable causes of variation. From the Fig. 2, it is seen that until time t1, the process shown in thi
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基因共线性
摘要:共线性又称同线性,是一个物种的基因组中相互连锁的基因,在另一物种的基因组中也是连锁关系, 而且在两个物种的遗传图上的位置也是相同的 。
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q检验|新复极差法|LSD|二因素方差分析
摘要:生物统计与实验设计 放大程度q检验:精度较高>新复极差法:各种错误比较平均>LSD 其中,LSD不随M的变化而变化,但是SSR和q-test会随M变化而变化。 第一步代表了方差分析的核心思想 第二步F检验与t检验同理 第三步只知道一组因素是否有差异,而不知道何种水平有差异,需要多重比较。 打星号表示
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Tript协议|伯尔尼公约|著作权|立法宗旨|自动保护|著作权集体管理|
摘要:知识产权 国际条约: Tript协议是国际性公约,《与贸易有关的知识产权协定》(英文:Agreement on Trade-Related Aspects of Intellectual Property Rights),中文文献通常简称TRIPS或TRIPS协议。协定是世界贸易组织法律框架的组成部
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两块式开头样板
摘要:谋篇布局采用总分总结构。可采用现象,即题目转述提出立场,利用同近义词替换、词性替换(adj--n--v)、适当概括题干中有举例的方法,用于扩大词数可以使用他人立场,比如有专家认为。 两块式开头样板:问题转述中点出大原因,这个这个原因可以是概括的主题词eg:advantage ,或者是主题词拆分eg:
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三块式开头样板
摘要:三块式开头样板:背景引入+转述+立场 When it comes 题目内容 ,there are multiple ways .one of them is to题目本身 ,which I believe is 立场. When it comes 题目内容 ,people tend to choos
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listening-conversation|信息简写|Generally|回答|矛盾
摘要:听力可以刷分,但是要求高。听力流程是听、笔记、读题和确定答案,不能回看。Conversation快速且不完整。素材内容主要是生命科学,社科(人类学;考古学),艺术,自然科学(地质)。 难点分析: 词汇需要掌握基础词汇,包括高中、四级和托福词汇。掌握学术词汇,有list。 语速、语音、长难句。 听音概
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Listening-lecture|主旨题|术语解释|举例原则|Crash course 哔哩哔哩
摘要:Listening-lecture: Major topic: SP1 detail detail detail SP2 detail detail detail Crash course 哔哩哔哩 主旨题GIST QUESTION,考查目的(Purpose)or 概括性内容(mainly)。 开头
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Do jobs|permanent|secure job|Move|Look after|provide sb with sth|Move|Enjoy a good time|Learn about|Be fond of|Have a clearer idea|String quarter|Be subject to|A has little with B|Pigment
摘要:Do jobs|work jobs Long-terms|permanent Gain jobs/secure job Move|go to |stay in |live in|settle down|leave for|migrate| Look after|take care of|care f
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万用
摘要:切入点: 万能理由: Relax/let out of stress Enhance relationship with sb./enlarge one’s social network/teamwork money(常用) reduce the burden of family acquire a
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今昔对比题|绝对词类|因果关系类题|三选一题
摘要:今昔对比题干中有时间&比较词 思路: 1.科技方面,可以写网络/app/WeChat、交通工具比如高铁,医疗技术比如HPV (宫颈癌cervical cancer)。 2.政策方面,生育政策中的计划生育,二胎(two child)。教育政策,九年义务教育(compulsory education),
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HGNC
摘要:国际人类基因组组织(The Human Genome Organisation,简称HUGO)是一个参与绘制人类基因组图谱的人类基因组计划的国际非政府组织。人类基因组组织作为一国际组织成立于1989年。人类基因组组织基因命名委员会(HGNC)给每个基因一独特的基因名称和基因符号。
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LSD|SSR|q-test
摘要:生物统计与实验设计 在确定了处理有显著性差异之后,想要知道哪种水平影响,这就要多重分析,可使用LSD方法: 将不同类的方差换成处理内方差(MSE)。 以上是两两比较的方法,但是比较时还要考虑比较顺序,比如(factor(1)先和factor(2)还是factor(3)比较),有以下方法:1.标记字母
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orthologs|paralogs
摘要:从这里我们可以举例说明,例如人的S100A8基因与猪的S100A8基因即为orthologs。人的a球蛋白和b球蛋白基因即为paralogs。需要补充的是,人的a球蛋白和鼠的b球蛋白基因也为paralogs。
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非线性回归|
摘要:非线性回归 不是线性最好化为线性,因为线性方法多且可靠。
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回归分析|r^2|Se|变差|多重相关系数|决定系数|多重共线性|容忍度|VIF|forward selection|backward elimination|stepwise regression procedure|best-subset approach|回归方程的置信区间|预测区间|残差分析|虚拟变量
摘要:应用统计学-回归分析 拟合度使用r^2和Se来检验。 显著性检验中,对于线性model使用ANOVA,对于单独的回归系数使用t检验。 最小二乘法、贝叶斯和最大似然都可用于求回归参数,最小二乘法是最小化残差平方和。 基于model影响变差的因素有随机误差和自变量x。 因为R^2=SST/SSE,所以取
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医学信息学
摘要:生物医学大数据: 参考书: 信息学是研究数据生命周期的学科,所以生物信息学是研究生物数据生命周期的学科。 Data-information-knowledge-wisdom 37-37℃--fever--prediction or deal with (medicine) Descriptive|p
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扩增|feather evolution
摘要:Wool vs feather 扩增方法:1.Gene Duplication2.Genome Duplication3.Cluster 哺乳动物毛发和鸟类的羽毛,都来自于角蛋白。 羽毛进化图 DNA水平修饰或RNA水平修饰处于二维。 细胞内的感觉受体可改变RNA序列。
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多因素线性回归|adjusted R^2|膨胀系数|非线性回归|Second-order model with 1 independent variable|Interaction model with 2 independent variables|偏相关|fraction[a]|contribution
摘要:多因素线性回归 系数由最小二乘法得到 R^2;adjusted R^2:变量变多之后,r^2自然变大,但是这不是反应客观事实,所以引入了adjusted R^2 使用散点图看独立性,也可以使用软件,car package: 任何一个变量显著便使得整个模型(y)显著。 要保证各变量之间相互独立,否则一
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reviewer回信
摘要:收到reviewer回信之后的情况 Peer review其实是一个CA(质检)过程。文章投稿后的几种状态:Reject、resubmit和revise-and-resubmit。 收到回信之后,reviewer指出问题时要指出事实,而不是解释。两个review建议向相左时,不要用另一个review
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医学自然语言处理|数据驱动
摘要:生物医疗大数据 数据驱动的研究流程是先建立数据标准,再信息化建设,通过算法找到pattern identification,最后科学实验验证。在科研领域内也是通过信息化手段找到假设或者趋势,然后再做实验验证。医学信息化应用有建立医疗决策支持、建立国家大数据库、医疗数据二次应用和医疗信息服务。 比如,
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TPO4-1 Deer Populations of the Puget Sound
摘要:The causes of this population rebound are consequences of other human actions. First, the major predators of deer-wolves, cougar, and lynx-have been g
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CCS|ANSI|中华人民共和国标准化法|国标|ISO|IEC|Ieeexplore|
摘要:国家的标准的有效期,标龄是5年。强制性标准是是指为保障人体的健康、人身、财产安全的标准和法律、行政法规定强制执行的标准,如药品标准、食品卫生标准。 CCS:分类法简写图 国际标准,比如美国国家标准ANSI 中华人民共和国标准化法的实施时间: 3个国标: 中国标准服务网: 反过去查找: 军用: ISO
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IPC|同族专利|专利法|Soopat|专利之星|derwent innovations index|espacenet|j-piatpat|
摘要:信息检索: 同族专利是基于同一优先权文件,在不同国家或地区,以及地区间专利组织多次申请、多次公布或批准的内容相同或基本相同的一组专利文献。同族专利检索用于同一个专利在其他国家的申请情况,查看类似专利的法律状态避免申请时侵权,包括被动侵权,防止侵权和创造侵权。 专利局在知识产权局下面。1985年专利法
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科技报告|AD报告|DTIC|PB报告|STAR|ERA|NTIS|DTIC|DOE|EPA|NASA |JPL|
摘要:信息检索-科技报告是灰色文献获取渠道有限。 技术论文中因保密需要,会删除关键性技术。 AD报告也产生较早,1951年开始出版。现由美国国防技术情报中心(DTIC:Defence Technical Information Center)负责收集整理和出版。报告内容以国防部各个合同户的研究报告为主,其
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TPO3-2 Depletion of Ogallala Aquifer
摘要:Estimates indicate that the aquifer contains enough water to fill Lake Huron, but unfortunately, under the semiarid climatic conditions that presently
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Contig|scaffold|N50|L50|NG50|贪心算法|de bruiji graph|
摘要:生物信息学 Contig是reads拼成的连续的DNA片段,连续表达一个gene。通过双端测序的contig可确定contig之间的关系得到scaffold,Scaffold是reads拼成的有gap的DNA片段。理想情况下,一条染色体用同一个scaffold的表达。整个genome存在很多零碎片段
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TPO3-1 Architecture
摘要:6.In order for the structure to achieve the size and strength necessary to meet its purpose, architecture employs methods of support that, because the
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相关关系|相关系数|线性关系|
摘要:回归分析: 对于连续型变量使用回归分析,对于离散型变量使用方差分析。取均值之后误差便消失了,因为误差服从均值为零的正态分布。 确定性关系是指函数关系,而不确定性关系可以用函数+误差值的形式表达出来,相关关系是一种不确定关系。 相关系数可以用于去掉量纲。 只用来描述线性关系,如果原来数据不是线性关系,
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方差分析|残差|MSA/MSE|Completely randomized design|Randomized block design|LSD|主效应|intercept|多重比较|
摘要:符合方差分析的三个条件: 残差=实际值-预测值(其实是均值)。 在原假设下,MSA的期望会等于MSE的期望;在备选假设下,MSA的期望会大于MSE的期望,所以MSA/MSE的取值范围在(1,正无穷),所以是单侧检验。 这张图说明残差随机独立分布。 每组一个数就无法分析交互作用。 R提高但adjust
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Logarithmic transformation|Data transfer|MASS|Box-Cox
摘要:数据转换(Data transfer) 方差分析的前提是方差齐性,可以使用transfer改变方差使得方差变齐、不正态和outlier。 Logarithmic transformation使方差聚合。取平方使方差离散。二项分布使用反正弦转换。 注意:远远偏离0.5则不管用,在0.5附近则转不转都很
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非参数检验|Sign test|Wilcoxon signed rank test|Wilcoxon rank sum test|Bootstrapping
摘要:非参数检验条件没有参数,因此就没有分布,利用数据等级之间的差距,依次赋值之后再用参数方法测试。将连续型变量转化为离散型变量,即顺序变量。与参数检验相比,正态分布较弱(p值有可能不显著,浪费信息,比如最大值不管是多大都设定为10,所以很好的抵消outlier影响),非正态分布用参数检验就是错误的,但是
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TPO1-3 Timberline Vegetation on Mountains
摘要:Wind velocity also increase with altitude and may cause serious stress for trees,as is made evident by the deformed shapes at high altitude. Wind velo
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段间逻辑连接词|末端加入假说|
摘要:题目中提到结论,吸引人眼球;包含研究对象 第一段和第二段指明研究对象。第三段用”in constrast to”表明作者反对之前的论点,同时列举之前的观点。第四段补充说明段。第五和第六段将不同研究对象比较研究。 第七段使用consistent with与上段很好的连接并详述。第八段对作者提出的假说进
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TPO1-2 The Origin of Theater
摘要:Another condition that contributes to the development of autonomous theater is the emergence of the aesthetic sense.For example,some early societies c
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TPO1-1 Groundwater
摘要:If the pores are large,the water in them will exist as drops too heavy for surface tension to hold,and it will drain away;but if the pores are small e
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背单词|新单词|旧单词
摘要:背单词: 新单词:每天至少两个单元新单词,可以先背一个意思 旧单词: 阶段一:.每天复习4个单元旧单词; 阶段二:听单词音频; 阶段三:电脑写英文,嘴上说英文
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句子简化题|因果|条件|并列|补充|比较|否定|论证
摘要:句子简化题:the essential meaning 确定句子核心含义,注意简化不是改写。 核心要义是指句子逻辑和主要信息,其中句子逻辑是找到串联简单句的关系,这些关系包括因果、条件、并列、补充、比较、否定和论证,关键在于识别逻辑连接词;主要信息是指主谓宾三部分。 特别注意: topic sent
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Factual question|具体特殊
摘要:Factual question:答案一定出于文章,不是总结 流程:找定位词做连连看,找对定位词,先看此句,然后看选项回文对照。如果找不到找上下两句话。 为了缩小范围,定位词是具体特殊,不要抽象词,可以是特殊的时间、地点、人名特殊名称或者其他细节。
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Reading
摘要:Reading一共18min 需要背诵专业学科分类的词汇。 单词上,背四级词汇和托福词汇,达到约1w词汇。 句子上,练习速度和用词准确,其中准确包括含义准确和语序准确。
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利弊比较题
摘要:利弊比较题干中有比较含义的事物或词汇 Social activities: 同意: 方案一: 主体段一: Find out what you are really interested in Broaden one’s horizons 主体段二:不赞成Food:money¬ the only op
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利弊类
摘要:构思需要分题型: 利弊类是指题干中有Should|need |must|good||it is important| essential |prefer这些词汇。 解题策略:需要选择一边,写自边好处和对立面坏处,不能写两方面的相同点。 Take part-time jobs: 同意: Family:
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Integrated writing|Independent writing
摘要:Integrated writing R-L-W时间20min,字数150-225个词,写多不扣分。 Objective要求客观。 Academic topics主题是生物环境地理历史 Independent writing W only时间30min,字数350、400+和500+,最好写多。 s
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独立性检验|适应性检验|卡方检验|离散型数据|连续型数据
摘要:卡方检验 离散型数据使用卡方检验,连续型数据用方差分析 适应性检验 卡方检验:实际与观测值之间的差距 最小二乘法是平方,最小一乘法四绝对值,用平方可以放大差异 独立性检验:PAB=PAPB t检验也是比较两个总体参数之间的差距,但是误差比较大,如果有四组数据两两比较,则六次都是大概率事件,则每次0.
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双因子方差分析|adjusted R|强度|SSA|SSE|SST|
摘要:应用统计学 方差分析的基本假设: 组间组平均与总平均的不同是由treatment引发的。单个值与组平均的不同是由组内error引发的。 如果没有处理误差SSA=SSE,所以右尾假设如果F>1则处理效应更强 本质上样本方差,所以是总体方差的无偏估计。 描述强度: 增加n(维度),R变大,adjuste
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发明人|申请人|专利权人|完全民事能力|谁主张谁证明|新颖性|创造性|实用性|先申请制
摘要:知识产权: 发明包括产品和技术,实用新型仅指产品。 使用新型和外观设计都是对有立体形状的产品。 申请商标向国家工商管理局,没有商标局。著作权不用申请,一旦写完就具有著作权。 专利权主体:自然人或其他组织 三种角色:发明人、申请人和专利权人。 发明人&设计人必须是自然人,无论是否具备完全民事能力,是名
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方差分析|重复|指标|因素|处理效应|实验误差|实验设计可避免的误差|一般线性|广义线性
摘要:方差分析是均值检验的第四种。 指标是index,因素是factor。 重复是排除个体感受后认为是同一条件,eg:10个相同条件的人为10个重复,此时排除了这些人的个体感受。 方差是数据的离散程度,方差分析是研究造成差异性的原因,即造成数据离散的原因。 观测值差异可分为三部分,处理效应、实验误差和实验
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生命五流
摘要:生物学问题必须连成一个系统去思考: 生命五流: 信息流:遗传学与变演论 The Informational Track: Genetics and Evolution 基因组结构与变演 Genomics and Comparative Genomics 基因型与表型界定 Genotype -phen
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maxquant|
摘要:使用maxquant 设定修饰: 设定打分值: 设定有标定量方法:iBAQ,虽然是无标定量方法,但是设定该值后也会有相应有标定量方法的iBAQ值。 根据计算机性能设定线程数: 设定酶切位点 最后生成文件wps不能打开,需要将肽段定量和蛋白定量修改为xls文件 不足:没有中间数据
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HUPO|PSI|PeptideAtlas|TPP|Partial submission|Complete submission|proteomeXchange
摘要:蛋白质组实验数据提交 需要共享数据,共享要求: 质谱实验数据 HUPO Proteomics Standards Initiative (http://www.psidev.info/overview) PSI-MS标准词汇文件结构 蛋白质组实验数据库: PeptideAtlas具有独有的软件包TP
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dbSNP|n SwissVar|n CanProVar|CHPP|mutation assessor|
摘要:癌症蛋白质基因组学主要研究driver性质的突变,该突变有可能是转化为癌基因的突变、抑癌基因突变、药物位点突变和蛋白突变,可以使用mutation assessor 预测突变 突变导致疾病,修饰仅影响生物学功能 将序列库、图谱库、公共突变数据库和RNAseq组合起来构成组合数据库找突变。比如: db
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ESTScan|EORF|Augustus|nr|PSM|
摘要:生物信息学方法的目的有二:1.常规找鉴定已知蛋白2.鉴定新蛋白 控制数据库大小可以通过增多酶切使得大数据库灵敏性增高数据量变小: 分步搜索是对于经典方法使用后找不到的新蛋白进行补充挖掘,预测蛋白与高可靠蛋白混合,高可靠蛋白变少,新蛋白检出率低: NCBI使用的便是此方法。 nr是蛋白种类最多的数据库
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Ribosome profiling|N-terminomics|蛋白质基因组学
摘要:生物医学大数据-蛋白质基因组学:质谱注释 蛋白质组与其他组学的关系便是互为印证:蛋白质基因组学原本用于基因组注释,后面扩展到蛋白质与转录组或可变剪接之间关系,同时,蛋白质组依赖于基因组注释作为验证。许多研究未标明蛋白质基因组学,而是归属于对应的组学。 蛋白质基因组学现存问题: 基因组注释方法:1.D
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s检验|k-S检验|适应性检验|独立性检验|Cintinuity correction |Fisher‘s Exact Test|Likelihood Ratio|Person Chi-Square|φ系数|Cramer’s V|列联系数
摘要:应用统计学: s检验是检验否符合正态,而k-S检验是检验否符合一种分布。 已知分布便知道参数,知道参数不知道分布。 适应性检验 多项式分布的情况如下例: 二项分布是多项式分布一种情况,所以就是上式中只有两个概率 独立性检验:PAB=PAPB 其中,29.76由假设独立后比例算得。 格式: 是右尾检验
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方差分析||MSA/MSE|
摘要:应用统计学-方差分析 数值型数据使用线性回归来研究因素对因变量的影响。类别型数据使用方差分析来研究因素对因变量的影响。方差分析是使用方差比MSA/MSE来检验均值是否全相等,即相等是H0假设,而不全相等是H1假设。自变量是因素,而因素取值是水平。比如,降水量是因素,降水量大、中和小是因素的三个水平。
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专利|Pct||
摘要:专利:有些专利写的尽量模糊,为了不让别人检出,让别人能轻易侵犯专利权 优先权:在本国申请后,在他国也是同一个专利人申请,并也是同一个申请日。 发明20年;实用新型外观设计:20年 Pct:专利合作条约 三方专利:美日欧共同保护 发明人发明的如果是职务专利,则发明人不是专利人,该单位是专利人。 专利信
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会议信息|CNKI|AIAA|万方|AIP|CNKI|EI|CPCI|BP|INSPEC
摘要:会议论文: 学术文献的三大支柱是期刊、专利和学位论文。会议论文是新的所以发文章快,灰色的,有些只有摘要,所以不容易获取。 有以下二次文献数据库,仅有摘要: CPCI BP:生物医学类 INSPEC在Wos中: CNKI:国家二级会议以上 EI 全文数据库: 万方&CNKI&AIAA& AIP: 查询
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SCI|EI|ISTP|万方|istic|NSTL|CASTD|CNKI|nlc|ethesys|CALIS|CETD|proquest|NDLTD|中国科学院学位论文检索系统|学位论文
摘要:BD AC D 三大检索指的是:SCI(科学引文索引 )、EI(工程索引 )、ISTP(科技会议录索引 ) 即Science Citation Index、Engineering Index、Conference Proceedings Citation Index - Science(原名ISTP
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Robustness|Variability|Diversification|Complexity|自组装|
摘要:生命组学 进化方向有以下四个特性:Robustness:变稳定,比如杀虫剂最大浓度也有杀不死的虫子。Variability易变性与Diversification多样性,容易变多和变多。Complexity:变复杂,比如人的祖先是鱼。 生命起源可能是分子之间自组装,先有RNA与protein的组合,在
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discussion|局限性|解释|猜测|前作与同行
摘要:讨论是整篇论文的精华和灵魂,考查作者的文献积累量和对所研究内容的理解深度,作者需要阐述为什么结果是重要的,内容包括理论、应用、在其他其他领域的作用及应用,阐述时要求直接明确。 具体而言,首先概述最重要的结果,根据是否符合最后结果做出解释,对能解释的问题加以解释,对不能解决的问题提出猜测,实在不能解决
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图表|Line graphs|Bar graphs|Pie graphs|Scatter graphs|标目|标值|图解|图题|标值|
摘要:科研论文写作-图表 图像的特点是直观性高效,可用于描述非线性关系,将文字难以描述的内容表达出来。 Line graphs中有自变量和因变量,用于表示变化趋势。为了清晰简洁和易于辨认,所以其中的线条最好不超过5条,每条不低于0.6pt。要注明测量单位,不同变量使用不同符号容易区分。Bar graphs
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连续型矫正|成组和配对|百分率资料的显著性检验|非参数检验
摘要:生物统计与实验设计 成组t检验是将所有对象的数据随机分为两组,两组之间具有方差齐性,但是实际情况是不能能保证所有对象是一样的,所以可以采用配对t检验,即成组是所有对象有一组数据,而配对t检验有两组数据。但是配对t检验对样本量要求大,所以实际问题要结合实验设计。 百分率资料的显著性检验的关键在于将二项
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专利|早起公开,延迟审查|一次买断|投资入股|外观新型|外观设计|产品|方法|植物新品种条例|
摘要:知识产权 专利概述 专利有保护期20年,专利人具有垄断权,公司购买专利可选择一次交付或者投资入股,最常见的方式是投资入股,因为公司的目的是将智力成果转化为收益,而一次买断后可能专利无法给公司获利。专利不是物权而是智力成果或商誉,不是所有知识都能产生知识产权,比如重力加速度,专利与智力创造不直接相关。
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PP图|QQ图|正态性检验|K-S检验|S-W检验|
摘要:应用统计学: 物理条件一致时,有理由认为方差是一致的。配对检验可排除物理影响,使方差变小,但是自由度降低了,即样本数变小。二项分布均值假设检验的模型要依据前面的假设条件: PP图统计图要看中间的贴近情况 即先通过直方图得到PP-plot,通过散点图拟合一个线性直线,找该直线的截距和斜率,通过截距和斜
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两类错误|β的变化|两个总体比较的假设检验|总体比例检验|一个总体比较的假设检验
摘要:应用统计学: 注意: 备择假设中不会有等号 就算是接受H0假设,也不能证明H0假设,此假设作用是拒绝H0假设从而接受H1假设,所以应该先写H1假设。 当真实值与估计值很相近时,β可以很大,图: 由上图推导可知n变大数据更集中于某值,则β也变小 假设检验整个过程就是:陈述H0H1假设,抽样后选择检验方
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线性相关|回归分析|
摘要:生物统计学 相关与回归 描述和预测统计之后,相关与回归预测变量之间的关系。 相关关系是变量间关系不能用函数精确表达,即不一一对应而是点分布在直线周围。 评价指标是相关系数,有总体相关系数和样本相关系数,协方差的正负性与相关系数的正负性同步,当相关系数为0时虽然无线性相关,但是可能存在其他非线性关系:
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重复测量的方差分析|Mauchly's Test of Sphericity|
摘要:生物统计学-重复测量的方差分析 之前的方差分析应用条件要求组之间是独立的,即某种因素下相同时段测量的结果数据,但4月与5月数据是有关系的,所以必须考虑某种因素下不同时段测量的结果数据,即使用重复测量的方差分析,即处理*基于时间因素的重复测量*同一时间下的重复测量。 这样的好处是克服时间效应,在样本数
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10X genomics|cell base|in-vivo based|model organisms|SBI|
摘要:生命组学-药物基因组学 精准医学的内容有个人全基因组测序,移动可穿戴设备,它可以实时监测,深度学习模型预测疾病,对疾病预测做到有效、安全和可控。 药物基因组学就是研究疾病、化合物和靶点之间的关系,关键是找到能控制疾病的蛋白质结合腔。 遗传性疾病可通过家系研究,非遗传性疾病可通过GWS找突变位点,基于
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密码子演化假说|凝固事件假说|立体化学假说|共进化假说|代谢途径相关性假说|四重兼并|假四重兼并|最小损伤原则|AU-rich|GC-rich|逐步进化假说|分子机制进化假说
摘要:生命组学 将密码子表重排后发现,嘌呤嘧啶含量不同,密码子的氨基酸种类由第一二位决定,同时第三位变化大却没有蛋白质层面上实质性的改变,这说明第三位氨基酸是用于维持氨基酸组成不发生变化同时保证蛋白质稳定性。 基于最小损伤原则,AU-rich半区为多样性半区,这里的氨基酸是必须的氨基酸且种类繁多。GC-r
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无标定量|有标定量|谱图计数|XIC|AMT数据库|RT对对齐|母离子|子离子|SILVER|SRM|iBAQ|APEX|差异蛋白筛选|MaxQuant|PANDA|C-HPP
摘要:生物医学大数据-蛋白质定量 现今肽段定量效率存在巨大差异。比如相同质量蛋白质,但是肽段和蛋白信号不均一,在物理条件一致时,仅有70%的重复率,并且当重复次数变多时,overlapping在变少。 无标定量法 方法一是针对二级色谱的谱图计数,即统计二级色谱的数量,数量越多则蛋白丰度越高,但相同丰度蛋白
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蛋白质修饰|phosphors|mascot+X|
摘要:生物医学大数据 重点:蛋白质定量 新蛋白可以是全新的蛋白质,也可以是知结构但未知功能的蛋白质,也可以是知道结构有新功能的蛋白质。 新蛋白鉴定可以使用以下方法。 基于基因组,可以基因组中的coding区数据库变成理论上的蛋白质数据库,利用密码子翻译出氨基酸,为准确可以有三种版本,可以敲除1个碱基,2个
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miRNA|housekeeping|RNAi|siRNA|Oncomirs|miRBase|PMRD|TargetScan|miRDeep|miRNA target|seed regions|
摘要:生物信息学-miRNA 转录组的分类: Noncoding RNA可分为负责Regulatory和housekeeping,housekeeping就是组织日常功能miRNA便是Regulatory RNA中的一种,长度18-22bp,具有短序列特异性,数量少于lncRNA,在相关物种中保守,20%
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期刊|二次文摘数据库
摘要:对于期刊的大型数据库来说,全文数据库很容易作为二次文摘数据库。
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ISBN|方正|超星|The national academies press|OECD|RSC|Springer Link|Knovel|Encyclopedia Britannica
摘要:图书使用图书分类号ISBN作为图书的ID 大英百科全书(Encyclopedia Britannica)可用于找寻关键词或关键词相关信息,便于构建准确的检索式: Knovel:可使用物理化学性质查找相对应的物质: Springer电子书中,使用国科大图书馆入口可以free download的电子书:
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CSA|EI
摘要:信息检索 CSA是学科特色的包含相关学科的内容,其网址是https://search.proquest.com/ 可以使用命令行检索: 分类的限制检索: 寻找检索线索可使用百科全书 EI是工程领域最全的数据库,国科大可使用EI Engineering Village II,数据库中有期刊和会议和专利
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材料和方法|详略得当
摘要:科研论文写作--材料和方法 此部分主要描述怎样研究问题,即具体的操作步骤,需要达到可重复的标准,reviewer通常以此判断论文可信度。这部分主要内容有实验对象、材料、过程和统计学处理,其中过程必须详略得当,对于常规操作可略写,但创新点必须详细。
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撰写introduction|引用
摘要:科研论文写作-introduction Introduction主要是写研究的来龙去脉,即该研究的历史,包括以前存在问题及其评价,和现今研究创新点,这样引导读者便于理解,阐述的内容也是由背景、目的、方法和结果四部分组成,通常小于450字;2-4个自然段。就是摘要的扩写版,主要框架如下:第一部分,存在
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撰写摘要|关键词
摘要:科研论文写作-摘要 科研论文写作-摘要 摘要可按照背景、目的、方法、描述性结果,最后到意义这几个部分依次写出,其中背景可以从大范围到小范围步步深化,目的是解决的科学问题。需要注意的是,读者一般在读完摘要后如果想深入阅读才会读discussion,因此,摘要必须简练且引人入胜,减少不必要的废话,可以将
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方差分析|固定模型|随机模型|混合模型|SST|SST|SSE|LSD|SSR|单因素方差分析|双因素方差分析|无实验重复|有实验重复
摘要:方差分析 试验指标是观测值eg:降水量是试验因素,而降水量的多少是因素水平,试验处理必须是重复的,试验单位也应该是重复的。 固定模型是事先选择固定因素的固定水平;而随机模型是事先选择固定因素,但不确定因素水平,现在常用的是混合模型。 构架的数学关系是: 总体:观测数值=总体均值+处理效应+实验误差
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独立两样本|边际误差|实验容量
摘要:应用统计学 独立样本:清华女生vs国科大女生 后面小样本验证正态的方法: 大样本将样本方差就认为是总体方差,与t分布无关。 前提条件:小样本两个独立样本,且都是正态总体。 标准差相同时,自由度直接相加,因为形状相同。 标准差不同时,则图像不能直接调成一种分布,所以要再调权重: 以上,标准差不同在计算
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成组vs成对|H1是受保护的|U检验
摘要:生物统计与实验设计 样本均值的分布推导 概率密度曲线上每点x取值概率是不相等的。标准化是转化为无量纲的表面误差,该分布是误差分布,置信区间是可接受该误差是随机误差的误差区间。上面的部分是该估计参数与平均数的差,即表面差异,下边是标准差,标准差的量纲和表面差异量纲一致。 假设检验是支持H1假设的,H1
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SPSS|Data|Transfer|Analysis|Label|One sample test|Testval|Criables|
摘要:生物统计与实验设计-使用SPSS Data用于整合;Transfer用于预处理;Analysis用于数据的二维呈现;Label是在报表中呈现的名字; 给离散值编码: 对于离散值做数学计算: 均值比较用于假设检验,可以使用描述统计找原始数据的问题。可以通过以下指标:看均值,方差,min,max,来检查
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DIP|PCN|CoevDB|PID|Y2H|RosettaDock Serve|元基因组学|微生物多样性
摘要:生命组学: 比较真核生物有关呼吸链的gene是比较核外编码基因,因为与呼吸有关的功能在线粒体上,线粒体位于核外。想要查看两种基因是否具有相互作用,可以对不同物种的编码ATP6 和ATP8的直系同源基因构建共进化树;可以绘制热图观察其区块化现象;可以计算相关系数;可以绘制箱图,进行类别之间相互比较,可
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PEAKS|NovoHMM|Nover|DeepNovo|MAYUPercolator|UniprotKB|Swiss-prot|Mascot|SEQUEST|X!Tandem|pFind|MaxQuant|Msconvert|PEPMASS|LC|
摘要:质谱仪: 质谱分析法是先将大分子电离为带电粒子,按质核比分离,由质谱仪识别电信号得到质谱图。 Top-down直接得到结果是蛋白。 Bottom down使用shutgun方法得到结果是肽段。 由蛋白质混合物打断为肽段混合物,按特定时间分离为LC, 初次得到的谱图为一级谱,一级谱是串联质谱,其中一个
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