2019年7月23日

workflow

摘要： step1:grep data step2:build index Picard CreateSequenceDictionary creates .dict file and samtools faidx creates a .fai file. Both are needed for GATK 阅读全文

posted @ 2019-07-23 19:49 YUANya 阅读(209) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Sam format

摘要： reference：https://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM @SQ SN:contig1 LN:9401 （序列ID及长度）参考序列名，这些参考序列决定了比对结果sort的顺序，SN是参考序列名；LN是参考序列长度；每个参考序列为一行。阅读全文

posted @ 2019-07-23 16:02 YUANya 阅读(499) 评论(0) 推荐(0) 编辑

samtools faidx

摘要：第一列 NAME : 序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容；第二列 LENGTH: 序列的长度，单位为bp；第三列 OFFSET : 第一个碱基的偏移量，从0开始计数，换行符也统计进行；gff文件中的mRNA start那一列的值第四列 LINEBASES : 除了最后一行外，阅读全文

posted @ 2019-07-23 11:18 YUANya 阅读(204) 评论(0) 推荐(0) 编辑

bwa index|amb|ann|bwt|pac|sa

摘要：其中：参数-a用于指定建立索引的算法： bwtsw 适用于>10M is 适用于参考序列<2G (默认-a is) 可以不指定-a参数，bwa index会根据基因组大小来自动选择合适的索引方法 .amb is text file, to record appearance of N (or ot 阅读全文

posted @ 2019-07-23 11:07 YUANya 阅读(724) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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