摘要：
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5.11线粒体和叶绿体是通过内共生进化而来的 初始细胞俘获有功能的真细菌（eubacteria）进入细胞内，该细菌逐渐演化为细胞器，这种现象称为内共生（endosymbiosis），所以该细胞器携带细菌的所有基因。依据基因序列比对，可知线粒体与叶绿体来源于不同世系（lineage）的不同真细菌。因为 阅读全文
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5.10叶绿体基因组编码多种蛋白质和RNA 叶绿体和线粒体的共同点：叶绿体和线粒体的大小，功能（编码区）大体一致，但叶绿体拥有更多基因，所以在编码tRNA时，也有内含子作为被剪切片段。 因为在原核生物仅拥有非断裂基因的时候，那时候没有叶绿体，此时发生共生事件（endosymbiosis），即一个有叶 阅读全文
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5.9细胞器基因组是编码细胞器蛋白质的环状DNA分子 细胞器中除真核细胞线粒体DNA（mtDNA）是线性的外，都是环状分子，比如叶绿体DNA（ctDNA，cpDNA）。因为单个细胞器有几套不同拷贝的细胞器基因组，同一个细胞内有许多不同细胞器。所以，细胞器基因组可以认为是重复序列。 叶绿体基因组大，线 阅读全文
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5.8某些细胞器含有DNA 因为除细胞核内的染色体外，细胞质中的细胞器上也有遗传物质（这类遗传物质被称为核外基因（extranuclear gene），比如线粒体上的rRNA，这是因为细胞器基因组是独立于细胞核内遗传物质进行遗传的，拥有自身的一套规则，有如下区别：无论细胞器上的遗传物质是杂合（有来自 阅读全文
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基因 （鉴定DNA：可以直接利用DNA序列鉴别基因，但存在3个问题） 1.intron太长（使用用来连接的算法不可及） 2.因为通常功能基因的第一个oxen中有非编码区和启动子最后一个oxen中有终止子和非编码区，但是有些功能基因的第一个oxen或最后一个oxen只有非编码区，这样就很难识别 3.假 阅读全文
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5.6基于外显子的保守性鉴定真核生物编码蛋白质的基因 鉴定功能性基因的流程是：1.连锁分析找到该基因的染色体的特定区域；2.在这段序列中选择一条短序列，寻找满足两个条件的基因（条件一：因为功能性基因是可以编码出蛋白质的基因，所以它必须有可读框；条件二：因为功能性基因是保守的，所以它必须是种间同源的。 阅读全文