nonrepetitive DNA|repetitive DNA|moderaly repetitive DNA|highly repetitive DNA|selfish gene|junk DNA
摘要：
5.5 真核生物基因组包含非重复DNA序列和重复DNA序列 依据重复序列的频数，可将真核生物DNA做如下分类： 1次即非重复DNA（nonrepetitive DNA，相应的也会更长，随着基因组扩大（进化？），会变得更加长，因为序列长代表着它的稳定性好，所以该种DNA作为编码mRNA的序列，所以外显 阅读全文
摘要：
5.4利用RFLP和SNP绘制遗传图 因为限制性标记可以确定那个分子水平上的突变（即已知基因座），但是无法和蛋白质功能相联系。所以我们采用限制性标记的多态性，即该限制酶识别的位点若发生突变，则大概率在该基因座附近，所以可以将这些位点和表型相联系。所以可以据此判断遗传病的突变位点（因为突变在靶基因附近 阅读全文
摘要：
5.3个体基因组呈现广泛变化 遗传多态性：一个基因座上存在多个等位基因（因为野生型不止一种基因）的现象，但是只有这多种等位基因满足：1.多个基因稳定存在2.基因在种群中数目大于1%时，认为该基因座多态，否则只认为该位置多态，不能够作为基因座（太少了，不具有研究意义）。 对于突变型来说，因为了比较不同 阅读全文
摘要：
（Panda, dog and human repeat comparison）：与其他动物比较重复序列 我们使用Repbase 库（重复序列库）+已知的转录原件序列+识别软件，评估出转录原件占比，并且与狗和人相比。用Repbase数据库（扩张度来自repeat base）分析熊猫基因中的转录原件的 阅读全文
摘要：
k-mer是指将reads分成包含k个碱基的字符串，一般长短为m的reads可以分成m-k+1个k-mers.举个例子吧，为了简化，有这么个reads（当然实际比这个长）：AACTGACTGA.如果k-mer的k为3的话，我们可以将其切割为AAC ACT CTG TGA GAC ACT CTG TG 阅读全文
摘要：
（Evaluate）：检查reads，可使用比对软件：使用SOAPaligner重新排列；采用massively parallel next-generation sequencing technology，效果很好（因为覆盖率高，精度高） 重新做有何意义：此时不需要过高的测序深度，因为用原来的re 阅读全文