index|substr
摘要：1 #!/usr/bin/perl 2 3 use strict; 4 use warnings; 5 6 $_ = 'duwanxkm,c.,df;oq123@#!@%$#^'; 7 my $d ='d';my $o = 'o';my $where =index($_,$o);print "$where\n"; 8 $where =index($_,$d,7);print ...
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摘要：1 #!/usr/bin/perl 2 3 use strict; 4 use warnings; 5 6 foreach my $arg(@ARGV) 7 { 8 print "one is $arg\n"; 9 } 10 11 # perl t.pl *.txt 12 # one is 1.txt 13 # one is 2.txt 14 15 my @al...
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摘要：TTY:终端是一种字符型设备，它有多种类型，通常使用tty 来简称各种类型的终端设备
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摘要：1 #!/usr/bin/perl 2 3 use strict; 4 use warnings; 5 6 $_ = 'oireqo````'; 7 8 unless($_ =~ /^a/m){print "no match to a\n"} 9 10 #no match to a 11 12 if(!($_ =~ /^a/m)){print ...
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摘要：1 #!/usr/bin/perl 2 3 use strict; 4 use warnings; 5 6 my $input = $ARGV[0];my $name = $ARGV[1];my $start = $ARGV[2];my $cut_start=$ARGV[3];my $cut_end=$ARGV[4]; 7 8 my $all_start=$ARGV[5]...
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摘要：1 #!/usr/bin/perl 2 3 use strict; 4 use warnings; 5 6 my $number = 1;$number =~/(\w*)/;print "$1"; 7 $number++;print "$number\n";
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摘要：Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-online 因为基因组不是独一无二的，同时人类基因组可以组为参考数据，所以最近这些年涌现了脊椎动物的基因数据，所以我们可以利用比较基因组学获得生物学各方面的
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摘要：Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-The sequencing revolution short-read sequencing (SRS) (因大规模基因组数据需要，采用Illumina p
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摘要：1 #!/usr/bin/perl 2 3 use strict; 4 use warnings; 5 ########input######## 6 7 my $gff = $ARGV[0];my $cut = &cut($gff);my %cut = %$cut; 8 9 my ($gene_number,$gene_id,$gene_name) = ($ARGV[...
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摘要：（Panda has a high heterozygosity rate） 通过对mtDNA（为了预测SNP的密度）的分析，可知panda的多样性，当前全基因组数据才能完全建立模型。 mitochondrial control region DNA:卫星DNA：微衛星（英语：Microsatell
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摘要：（Gene prediction and comparison） 使用基于基因组序列的从头预测方法（Ab initio methods）（同时分别使用头预测软件（ GENSCAN和 AUGUSTUS）和预测exon和intron的剪切位点。）和基于证据支持的基因预测（Evidence-based m
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摘要：1 cat 1.txt 2 11111111111111111111111111111111111 3 kllk 4 nciuwbufcbew``````//.]];s[[..; 5 klklkl 6 7 x,dsncdk,;l,ex 8 xw,eocxmcmck 9 11111111111111111111111111111111111 10 11 perl -p -i....
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摘要：问题： 1 cat 1.txt |perl test.pl 后并无备份文件1.txt.bak？
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摘要：1 #!/usr/bin/perl 2 3 use strict; 4 use warnings; 5 6 $_=' 7 8 $$ oinn &&& 9 ninq kdownc 10 aninp 11 kkkk'; 12 13 if (/(.*)k\Z/){print "$1\n";}else{print "no match\n";} 14 ...
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摘要：1 #!/usr/bin/perl 2 3 use strict; 4 use warnings; 5 6 foreach() 7 { 8 if (/(\w*)/a){print "$1\n";}else{print "no match\n";} 9 } 10 11 #11111111111111111111111111111111111 12 #nciuwbuf...
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摘要：5.11线粒体和叶绿体是通过内共生进化而来的 初始细胞俘获有功能的真细菌（eubacteria）进入细胞内，该细菌逐渐演化为细胞器，这种现象称为内共生（endosymbiosis），所以该细胞器携带细菌的所有基因。依据基因序列比对，可知线粒体与叶绿体来源于不同世系（lineage）的不同真细菌。因为
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摘要：5.10叶绿体基因组编码多种蛋白质和RNA 叶绿体和线粒体的共同点：叶绿体和线粒体的大小，功能（编码区）大体一致，但叶绿体拥有更多基因，所以在编码tRNA时，也有内含子作为被剪切片段。 因为在原核生物仅拥有非断裂基因的时候，那时候没有叶绿体，此时发生共生事件（endosymbiosis），即一个有叶
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摘要：5.9细胞器基因组是编码细胞器蛋白质的环状DNA分子 细胞器中除真核细胞线粒体DNA（mtDNA）是线性的外，都是环状分子，比如叶绿体DNA（ctDNA，cpDNA）。因为单个细胞器有几套不同拷贝的细胞器基因组，同一个细胞内有许多不同细胞器。所以，细胞器基因组可以认为是重复序列。 叶绿体基因组大，线
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摘要：5.8某些细胞器含有DNA 因为除细胞核内的染色体外，细胞质中的细胞器上也有遗传物质（这类遗传物质被称为核外基因（extranuclear gene），比如线粒体上的rRNA，这是因为细胞器基因组是独立于细胞核内遗传物质进行遗传的，拥有自身的一套规则，有如下区别：无论细胞器上的遗传物质是杂合（有来自
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摘要：基因 （鉴定DNA：可以直接利用DNA序列鉴别基因，但存在3个问题） 1.intron太长（使用用来连接的算法不可及） 2.因为通常功能基因的第一个oxen中有非编码区和启动子最后一个oxen中有终止子和非编码区，但是有些功能基因的第一个oxen或最后一个oxen只有非编码区，这样就很难识别 3.假
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摘要：5.6基于外显子的保守性鉴定真核生物编码蛋白质的基因 鉴定功能性基因的流程是：1.连锁分析找到该基因的染色体的特定区域；2.在这段序列中选择一条短序列，寻找满足两个条件的基因（条件一：因为功能性基因是可以编码出蛋白质的基因，所以它必须有可读框；条件二：因为功能性基因是保守的，所以它必须是种间同源的。
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摘要：5.5 真核生物基因组包含非重复DNA序列和重复DNA序列 依据重复序列的频数，可将真核生物DNA做如下分类： 1次即非重复DNA（nonrepetitive DNA，相应的也会更长，随着基因组扩大（进化？），会变得更加长，因为序列长代表着它的稳定性好，所以该种DNA作为编码mRNA的序列，所以外显
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摘要：5.4利用RFLP和SNP绘制遗传图 因为限制性标记可以确定那个分子水平上的突变（即已知基因座），但是无法和蛋白质功能相联系。所以我们采用限制性标记的多态性，即该限制酶识别的位点若发生突变，则大概率在该基因座附近，所以可以将这些位点和表型相联系。所以可以据此判断遗传病的突变位点（因为突变在靶基因附近
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摘要：5.3个体基因组呈现广泛变化 遗传多态性：一个基因座上存在多个等位基因（因为野生型不止一种基因）的现象，但是只有这多种等位基因满足：1.多个基因稳定存在2.基因在种群中数目大于1%时，认为该基因座多态，否则只认为该位置多态，不能够作为基因座（太少了，不具有研究意义）。 对于突变型来说，因为了比较不同
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摘要：（Panda, dog and human repeat comparison）：与其他动物比较重复序列 我们使用Repbase 库（重复序列库）+已知的转录原件序列+识别软件，评估出转录原件占比，并且与狗和人相比。用Repbase数据库（扩张度来自repeat base）分析熊猫基因中的转录原件的
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摘要：k-mer是指将reads分成包含k个碱基的字符串，一般长短为m的reads可以分成m-k+1个k-mers.举个例子吧，为了简化，有这么个reads（当然实际比这个长）：AACTGACTGA.如果k-mer的k为3的话，我们可以将其切割为AAC ACT CTG TGA GAC ACT CTG TG
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摘要：（Evaluate）：检查reads，可使用比对软件：使用SOAPaligner重新排列；采用massively parallel next-generation sequencing technology，效果很好（因为覆盖率高，精度高） 重新做有何意义：此时不需要过高的测序深度，因为用原来的re
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摘要：（测序方面）：测三只大熊猫；得到的insert size有150bp，500bp，2kb，5kb和10kb这四种，可测得序列长度和平均reads长度。 为什么average reads这么短？ 因为insert size是打断前的长度，打断之后便是reads，这里计算average reads长度。
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摘要：（组装方面）：SOAPdenovo ，因为采用de Bruijn graph algorithm算法和stepwise strategy ，所以排错能力高，所以我们获得高质量数据。 de Bruijn graph algorithm算法？？？？ reads到contig ：多个reads比对，比对后
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摘要：Needleman_Wunsch算法思路：1.建立二维数组2.建立评分模式load1：向右；-2load2：向下；-2load3：对角线；依据是否配得到匹配：+1不匹配：-13...
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摘要：1 小骆驼 第八章 用正则表达式进行匹配 2 3 #!/usr/bin/envperl 4 5 use strict; 6 use warnings; 7 8 $_ ="#adchbehnyhme3534f\nvdh5ejbnv _+IHG\n"; 9 10 if(m%(a)%){print "$1\n";}else{print "no m...
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摘要：#!/bin/shles species_latinName_abbr.txt|grep -E 'Aptenodytes|Gavia|Phoenicopterus|Chlamy...
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摘要：小骆驼 第七章 漫游正则表达式王国#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;$_ = 'ab \ cde f ghijk10.x12ln'...
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摘要：#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;my %fruit;$fruit{'ap'.'ple'} = 1;$fruit{'banana'}...
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摘要：输入文件句柄#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;# cat 1.txt# ssssssssssss# ssssssssss# dddd...
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摘要：输出到标准输出ssssssssssssssssssssssdddddddddddd2222222222sssssssssssssssss#!/usr/bin/perluse s...
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摘要：读取标准输入#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;my $line=;my $err = defined($line);print "$...
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摘要：#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;use 5.010;&print_hello;sub print_hello{ my $he...
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摘要：比对两个文件并纠错#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;########################################...
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摘要：环境上下文#!/usr/bin/envperluse strict;use warnings;$_ = "ABCDEFG";print;print"\n";##ABCDEFG$...
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摘要：数组到foreach#!/usr/bin/envperluse strict;use warnings;foreach (qw( a b c )) { print "$_";...
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摘要：列表#!/usr/bin/envperluse strict;use warnings;if( ( 1 , 2 , 3 ) eq ( 1 , 2 , 3 , ) ) {prin...
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摘要：数组#!/usr/bin/envperluse strict;use warnings;my @arr; $arr[2] ="apple" ;print "$arr[3.14-...
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摘要：控制结构#!/usr/bin/envperluse strict;use warnings;my $word = chr (0x05D0);print "$word\n";my...
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摘要：$val部分#!/usr/bin/envperluse strict;use warnings;my $number = 3;$number **= 3;print "$num...
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摘要：数字与字符串#!/usr/bin/envperluse strict;use warnings;##加斜表示同一个数字my $number = 124567890;my $ne...
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摘要：小骆驼 第一章 简介 1. 尝试去写与上面print相同功能的代码段,失败了,不知道怎么修改
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