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全球性计划:表观组计划;肝计划

1000人的变异level

HGP计划三个阶段,范围逐步扩大和深化。

Pilotdeep sequence---low coverage

Phase 1

Phase 2

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data分析:

discovered SNP

Y chromosome不稳定不准,所以测X chromosome

SV complexity at different scales复杂结构变异,短序列比对不准,取所有软件结果的交集。

Data analyze workflow:人为切分后并行,基于群体信息熵的方法确定变异位点。

Consensus Chinese genome群体基因组的一致性结果构建虚拟人的基因组。

Dynamic genome:纯合杂合对群体分类。

Dynamic Genome browserVCG

不是队列分析,因为HGP1.没有表型2.没有跟踪表型变化。

队列分析:

Eg1UK10K

前瞻队列是正常队列,遗传的background。专病队列针对某种疾病。

研究点:1.地理区域2突变率,高频或者低频,低频与疾病相关,找到显著关联的表型。

Eg2:中科院职业人群队列研究计划

变异数据库相重叠,dbsnp&HGP&中科院职业人群队列研究计划。

腰围相关位点,结合组蛋白修饰数据等分析。

南北方人群差异。

疾病预测的位点源于遗传性疾病数据库。

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药物基因组学源于药物遗传学。

目前研究多在于基因组,因为基因组比较稳定。

药物靶点取决于人类基因组&微生物基因组。

Targeted therapies/dosing,受到多组学(多gene&环境)影响。精准医学中最容易落地的方向。

 

 

 

posted on 2019-11-29 14:52  YUANya  阅读(510)  评论(0编辑  收藏  举报