癌症蛋白质基因组学主要研究driver性质的突变,该突变有可能是转化为癌基因的突变、抑癌基因突变、药物位点突变和蛋白突变,可以使用mutation assessor 预测突变
突变导致疾病,修饰仅影响生物学功能
将序列库、图谱库、公共突变数据库和RNAseq组合起来构成组合数据库找突变。比如:
dbSNP:数据库收录的基因组变异数据
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/
n SwissVar:基于UniProt的突变和疾病数据库
http://swissvar.expasy.org/
n CanProVar:人类癌特异性突变数据库
http://bioinfo.vanderbilt.edu/canprovar/
CHPP 人类染色体蛋白质组计划是整合所有已知蛋白质信息,分析染色体上蛋白编码情况
Eg:1号染色体中未鉴定出的蛋白质:
大规模蛋白质组学具有未饱和性特点
蛋白质组与其他组学的关系图: