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Genome Coverage and the OR Subgenome

因为:

爬行类动物的的gene numbers比较大,而birds 的 gene numbers 处于(182-688)

其中:

(1)gene 扩张和缩小(之后会详细说明)

(2)chicken and zebra finch (long insert sanger)were significantly larger than those in other birds(short insert NGS),

所以认为测序方法对 identity gene 有影响,但不知道影响大不大,所以,

evaluate:

(1)测序深度对data的影响:

1.整体考查所有物种及其depth的关系: 

scatter plot between the number of identified OR genes and sequencing depth

发现并不是正相关,所以认为测序方法对identity gene number的影响不大。

 2.考查碱基平均depth和测序深度的关系:

其中,斑马雀和鸡的sequence depth 差不多,但是 normalized mapping depth 不同(如果normalized mapping depth 一致,则认为normalized mapping depth与测序深度有关系,整体看sequencing depth 与normalized mapping depth呈正相关),但是没有呈正相关,所以认为该图反应了真正的生物学特点。

normalized mapping depth:

(2)其他error对ORs gene number的影响:

虽然,短序列测序(低估size)和ORs相似序列的损失对gene numbers 都有影响,但是影响不大。(后续会证明)

posted on 2019-07-24 18:33  YUANya  阅读(177)  评论(0编辑  收藏  举报