随笔分类 -  bioinformatics

• match|align|identify|cover_rate
  摘要：align是仅仅是存在而已，比如在第一个位置上，query是A,而subject上是T，也是align上了 而没有align是指并不存在，比如在第一个位置上，query是A,而subject上是没有，这就是没有align上 可见下图中粉色部分，粉色区域就是align上的部分 与align相对应的ra 阅读全文
  posted @ 2020-03-14 16:05 YUANya 阅读(280) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Hairpin|Bulge|Loop|假结|共变化（进化）|单序列预测|snRNA|snoRNA|siRNA|microRNA|piRNA|LncRNA|antisense RNAs|cis-NATs|trans-NATs|假基因|环形RNA
  摘要：生物信息学 GU也可以配对，即“wobble” pairing GU。 Hairpin发夹结构，最少不能少于3个碱基。没有配对 Bulge 单侧配对 Loop双侧配对 假结，游离的leading edge与hairpin相结合。大部分软件不考虑此结构。 表示RNA5种结构： 如果有假结，则环形图会有 阅读全文
  posted @ 2019-12-25 15:36 YUANya 阅读(961) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 生物信息学的研究过程
  摘要：生物信息学的研究过程 数字化是指将生物信息提取为数据，并积累和整合。信息化是指经过数字化之后的数据放入算法模型当中进行计算和整合，智能化是指通过算法模型得到的信息之后，再经过信息挖掘能反馈出相应的应用信息并转化到应用层面。 生物信息三巨头： NCBI、EBI和BIG data center 国家生物 阅读全文
  posted @ 2019-12-19 16:12 YUANya 阅读(698) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 药物动力学|肿瘤药物基因组研究的策略|OMIM database|PharmGKB
  摘要：生命组学 同义突变虽然不改变蛋白质种类，但是影响量，修饰的稳定性。 SNP vs mutation SNV单核苷酸变化，mutation，SNP是从群体角度思考的，约有1%，mutation比SNP还低。 Alleles and genotype 多种效应叠加比孟德尔遗传出现的概率高。 依据SNP将 阅读全文
  posted @ 2019-12-03 18:03 YUANya 阅读(722) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• HGP|VCG|UK10K|中科院职业人群队列研究计划|药物基因组学
  摘要：全球性计划：表观组计划；肝计划 测1000人的变异level HGP计划三个阶段，范围逐步扩大和深化。 Pilot：deep sequence low coverage Phase 1 Phase 2 data分析： discovered SNP Y chromosome不稳定不准，所以测X chr 阅读全文
  posted @ 2019-11-29 14:52 YUANya 阅读(538) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• CAR-T|Single cell plan|Extracellular RNA|
  摘要：生物医疗大数据 安吉丽娜朱莉发现抑癌基因事件，BRCA突变与乳腺癌关联。 个体化测序商品23 and me 多组学数据研究：eg：太空和地球双胞胎发现生化指标差不多。 研究模式和工业模式相结合。 研究模式： 工业模式： 热点：量子计算其实没有研究成果。 未来方向： 传染病预警的技术，eg：flu t 阅读全文
  posted @ 2019-11-27 14:16 YUANya 阅读(265) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• IUBS|CODATA|Open Data in a Big Data World|National Genomics Data Center
  摘要：生命组学： National Genomics Data Center中的section： LncRNA知识库+non-code加入RNA central GWAS Atlas基因组关联分析数据库 EWAS表观组关联分析数据库，大部分是人。Tissue/cell单细胞测序 Idog Rice gen 阅读全文
  posted @ 2019-11-21 21:38 YUANya 阅读(254) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 精准医疗|研发药物|Encode|roadmap|
  摘要：生物医学大数据 精准医疗 研发药物：特异性靶点&过表达靶点 Encode &roadmap找组织特异性的表观遗传学标记、TF、DNA甲基化的动态变化等信息。 生物大数据的标准化与整合 降维分析 聚类和功能分析 多组学 结合临床病理分型 生物信息学可视化分析（描述&预测） Regulation net 阅读全文
  posted @ 2019-11-21 21:29 YUANya 阅读(223) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Est数据库
  摘要：Est--编码序列，gene 片段且具有标签 其中，est数据库中是类似测序1、测序2、测序3这样的序列。实验室测得的序列是cDNA，通过上图方法拼接，电脑克隆（dbest）。如果有overlap则认为两个序列来自于同一个gene，overlap的碱基数目是40（不建议低于30，不建议高于40），过 阅读全文
  posted @ 2019-11-20 11:34 YUANya 阅读(4459) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 基于序列数据的生物进化研究
  摘要：四、基于序列数据的生物进化研究的挑战 解密后由表象进化到分子进化。 构建进化树的步骤： 序列相似性比较 序列同源性比较 构建系统进化树 稳定性检验,因为必须是保守序列。 序列相似性比较。就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。 阅读全文
  posted @ 2019-11-20 11:29 YUANya 阅读(374) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 完整基因组的比较研究
  摘要：三、完整基因组的比较研究 研究所有基因的排列，元件之间的相互关系。 人类的HOX gene是果蝇的HOX gene的4倍，说明演化过程中进行2次加倍。 阅读全文
  posted @ 2019-11-20 11:28 YUANya 阅读(282) 评论(0) 推荐(0) 编辑