随笔分类 -  RNA

• Hairpin|Bulge|Loop|假结|共变化（进化）|单序列预测|snRNA|snoRNA|siRNA|microRNA|piRNA|LncRNA|antisense RNAs|cis-NATs|trans-NATs|假基因|环形RNA
  摘要：生物信息学 GU也可以配对，即“wobble” pairing GU。 Hairpin发夹结构，最少不能少于3个碱基。没有配对 Bulge 单侧配对 Loop双侧配对 假结，游离的leading edge与hairpin相结合。大部分软件不考虑此结构。 表示RNA5种结构： 如果有假结，则环形图会有 阅读全文
  posted @ 2019-12-25 15:36 YUANya 阅读(961) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• RNA组研究困难
  摘要：RNA组研究的困难何在？如果开发新技术来解决这些困难，您最想解决的科学问题是什么？ RNA研究的困难在于研究技术落后 (1)从信息流来说，我们需要直接测定RNA的序列，但是我们只能DNA测序仪间接测得。 (2)从操作流来说，我们需要直接测定修饰核苷酸在序列中的位置，但是逆转录成cDNA后就失去了修饰 阅读全文
  posted @ 2019-12-19 16:03 YUANya 阅读(379) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• RNA分类|技术策略|终极目标
  摘要：如何在转录水平分类所有RNA分子？可以罗列所有的可能性、技术策略和终极目标。 可能性：见纸 技术策略：RNA单细胞直测技术 终极目标：单细胞水平RNA直测技术决定新的人类RNA组和人类表观组学两个核心计划的启动 具体而言是建立细胞RNA组（实现免扩增和全部RNA的定量）、建立单细胞RNA组（逾两百种 阅读全文
  posted @ 2019-12-19 16:02 YUANya 阅读(295) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Insulator|enhancer|LCR|EKLF|CTCF|调控基因印记| A-USF|HATs|ChIP|Chip-seq|PAGE|
  摘要：表观遗传学 转录因子 基本转录因子：TFIID、A、B、F、E、H、 Pol II… 基转录因子具有稳定作用 组织特异性转录因子：GATA、EKLF、Bcl11A… 特异性是在特定组织中的细胞中时与细胞发育有关，组织特异性可用于制药 其它：FOG、CTCF、USF、Actin… TATA box：A 阅读全文
  posted @ 2019-11-15 00:52 YUANya 阅读(952) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• miRNA|housekeeping|RNAi|siRNA|Oncomirs|miRBase|PMRD|TargetScan|miRDeep|miRNA target|seed regions|
  摘要：生物信息学-miRNA 转录组的分类： Noncoding RNA可分为负责Regulatory和housekeeping，housekeeping就是组织日常功能miRNA便是Regulatory RNA中的一种，长度18-22bp，具有短序列特异性，数量少于lncRNA，在相关物种中保守，20% 阅读全文
  posted @ 2019-10-13 00:42 YUANya 阅读(855) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• RNA sequence单分子直测技术
  摘要：生命组学 按照功能分类遗传物质，可能的分类有系统流、操作流、平衡流等等。下面是使用该理论解释DNA与RNA的关系： DNA和RNA有很大不同，DNA存储遗传信息，作为生命活动的最内核物质，如同操作系统内核一样，因而被称为系统流。依据中心法则得到的翻译得到RNA，RNA再翻译成蛋白质，蛋白质用于生命活 阅读全文
  posted @ 2019-09-05 19:08 YUANya 阅读(1613) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• SAGE|DNA微阵列|RNA-seq|lncRNA|scripture|tophat|cufflinks|NONCODE|MA|LOWESS|qualitile归一化|permutation test|SAM|FDR|The Bonferroni|Tukey's|BH|FWER|Holm's step-down|q-value|
  摘要：生物信息学-基因表达分析 为了丰富中心法则，研究人员使用不断更新的技术研究lncRNA的方方面面，其中技术主要是生物学上的微阵列芯片技术和表达数据分析方法，方方面面是指lncRNA的位置特征。 Background：根据中心法则，发现DNA与RNA与protein之间的关系，此时认为找到的RNA全部 阅读全文
  posted @ 2019-09-04 19:03 YUANya 阅读(818) 评论(0) 推荐(0) 编辑