随笔分类 -  software

• GO
  摘要：Whereas gene nomenclature focuses on gene and gene products, the Gene Ontology focuses on the function of the genes and gene products The Gene Ontolog 阅读全文
  posted @ 2020-03-16 10:14 YUANya 阅读(94) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• InterProScan
  摘要：InterProScan是一个蛋白质功能数据库，输入蛋白质结构和位点可以预测蛋白质功能。 interproscan回答的问题是：I have a new protein sequence, and I don’t know anything about it. Is there some known 阅读全文
  posted @ 2020-03-13 09:50 YUANya 阅读(4750) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• GeneWise
  摘要：Predicts gene structure using similar protein sequences. GeneWise is heavily used by the Ensembl annotation system. It was developed from a principled 阅读全文
  posted @ 2020-03-09 17:51 YUANya 阅读(267) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• gapped alignment
  摘要：gapped alignment是考虑insertion和deletion情况的alignment 阅读全文
  posted @ 2020-03-06 13:50 YUANya 阅读(243) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 用blastall进行序列比对
  摘要：用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一，其功能非常强大，其下面有非常多的参数，但是一般使用的参数如：-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File) -e:(数学)期望值 阅读全文
  posted @ 2020-03-06 10:38 YUANya 阅读(1292) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• formatdb
  摘要：-i 输入需要格式化的源数据库名称 Optional -p 文件类型，是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库 T – protein F - nucleotide [T/F] Optional default = T -a 输入数据库的格式是ASN.1（否则是FASTA） T - True, F 阅读全文
  posted @ 2020-03-06 09:58 YUANya 阅读(176) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• TBLASTN
  摘要：TBLASTN search translated nucleotide databases using a protein query 阅读全文
  posted @ 2020-02-27 23:09 YUANya 阅读(321) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• GeneWise
  摘要：GeneWise是用于将蛋白质序列进行同源预测的软件 阅读全文
  posted @ 2020-02-27 23:04 YUANya 阅读(263) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• lastz
  摘要：lastz sequence1.fasta sequence2.fasta 其中，sequence1.fasta是reference genome ；sequence2.fasta是需要比对的genom 阅读全文
  posted @ 2020-02-06 16:56 YUANya 阅读(468) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• PSI-BLAST|PHI-BLAST|UniProt|IGV|Galaxy|clustalx
  摘要：生物信息学软件： NCBI：BLAST，设定k-mer 默认是全局比对，Blastn是局部比对。 PSI-BLAST最灵敏的BLAST，选中部分矩阵后在数据库中查找相应蛋白。 PHI-BLAST找氨基酸motif ，参数有-db 数据库，-query 输入文件，-cut输出文件 Ensembl模式生 阅读全文
  posted @ 2019-12-25 15:29 YUANya 阅读(898) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• SaaS|PaaS|iaas|
  摘要：生物医疗大数据：云物移大智 云计算的三种模式：SaaS|PaaS|iaas 互联网：计算机之间的网络 物联网：物品之间的网络 移动：5G的三个特点：快；密；稳 大数据：4v:volume数据量大；velocity速度大；variety种类多；veracity价值大 智慧医疗使用人工智能服务。 阅读全文
  posted @ 2019-11-04 01:10 YUANya 阅读(107) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Contig|scaffold|N50|L50|NG50|贪心算法|de bruiji graph|
  摘要：生物信息学 Contig是reads拼成的连续的DNA片段，连续表达一个gene。通过双端测序的contig可确定contig之间的关系得到scaffold，Scaffold是reads拼成的有gap的DNA片段。理想情况下，一条染色体用同一个scaffold的表达。整个genome存在很多零碎片段 阅读全文
  posted @ 2019-10-23 11:55 YUANya 阅读(6522) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• maxquant|
  摘要：使用maxquant 设定修饰： 设定打分值： 设定有标定量方法：iBAQ，虽然是无标定量方法，但是设定该值后也会有相应有标定量方法的iBAQ值。 根据计算机性能设定线程数： 设定酶切位点 最后生成文件wps不能打开，需要将肽段定量和蛋白定量修改为xls文件 不足：没有中间数据 阅读全文
  posted @ 2019-10-17 23:33 YUANya 阅读(698) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• SPSS|Data|Transfer|Analysis|Label|One sample test|Testval|Criables|
  摘要：生物统计与实验设计-使用SPSS Data用于整合；Transfer用于预处理；Analysis用于数据的二维呈现；Label是在报表中呈现的名字； 给离散值编码： 对于离散值做数学计算： 均值比较用于假设检验，可以使用描述统计找原始数据的问题。可以通过以下指标：看均值，方差，min，max，来检查 阅读全文
  posted @ 2019-10-01 23:02 YUANya 阅读(270) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• PEAKS|NovoHMM|Nover|DeepNovo|MAYUPercolator|UniprotKB|Swiss-prot|Mascot|SEQUEST|X!Tandem|pFind|MaxQuant|Msconvert|PEPMASS|LC|
  摘要：质谱仪： 质谱分析法是先将大分子电离为带电粒子，按质核比分离，由质谱仪识别电信号得到质谱图。 Top-down直接得到结果是蛋白。 Bottom down使用shutgun方法得到结果是肽段。 由蛋白质混合物打断为肽段混合物，按特定时间分离为LC， 初次得到的谱图为一级谱，一级谱是串联质谱，其中一个 阅读全文
  posted @ 2019-10-01 21:07 YUANya 阅读(1447) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• MIAME|Highwire press
  摘要：生物信息学 GEO可存储基因芯片数据，支持MIAME。MIAME是minimum information about a microarry experiment。这之中存储研究原始数据+标准化之后的数据+样本注释信息+实验设计信息+芯片注释信息+样本制备和数据处理信息，即所有证明研究流程可信度的信 阅读全文
  posted @ 2019-09-25 12:07 YUANya 阅读(512) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• reduced penetrance|COPE-PCG
  摘要：生物医学大数据 Case study 由Human genome project提出之后，提出的精准医学。它的初衷是将数据standard后easy应用，我国重要重在疾病预警和疗效评价。 在疾病预警上的案例包括新生儿筛查和致癌基因检测，安杰利娜朱莉做了一个乳腺癌早期诊断并去除风险的推动者。但是因为早 阅读全文
  posted @ 2019-09-23 00:39 YUANya 阅读(275) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 快速进入课题研究|最新进展|期刊情况|
  摘要：应用 如何了解关于XXX研究方面的总体发展趋势？ 找到引文分析，得到： 如何快速进入关于XXX的课题研究？ 查询综述 如何快速定位关于XXX研究方面的研究论文？Web of science 类别 如何查找“Data Mining”（Pieter Adriaans and Dolf Zantinge, 阅读全文
  posted @ 2019-09-20 00:14 YUANya 阅读(209) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 链终止法|边合成边测序|Bowtie|TopHat|Cufflinks|RPKM|FASTX-Toolkit|fastaQC|基因芯片|桥式扩增|
  摘要：生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中，例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A、T、C、G放入同一个培养皿，以此类推，存在4种不同类型碱基的识别机制，同时，该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止。 高通量测 阅读全文
  posted @ 2019-09-15 17:57 YUANya 阅读(1444) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• CPU|MICGPU|FPGA|超算|Meta-data|
  摘要：生物医学大数据： 收集数据后对数据的分析，如同看相，而对数据信息的挖掘可以看作是算命。这两个过程是基于算法和软件这类工具之上的。 在存储方面：在硬件上，为了Parallel computing的目的，刚开始选择的处理器是multiple core，之后选择many integrated core a 阅读全文
  posted @ 2019-09-15 14:53 YUANya 阅读(336) 评论(0) 推荐(0) 编辑