输入分隔符
摘要:$ awk -F ',' '{print $2, $3}' employee.txt
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get middle lines
摘要:cat all-opsin.pep|head -7|tail -6|wc 6 6 368
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formatdb
摘要:-i 输入需要格式化的源数据库名称 Optional -p 文件类型,是核苷酸序列数据库,还是蛋白质序列数据库 T – protein F - nucleotide [T/F] Optional default = T -a 输入数据库的格式是ASN.1(否则是FASTA) T - True, F
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download文件转为可执行格式
摘要:chmod 755 software_name
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如果需要使用download一些东西需要上网
摘要:如果需要使用download一些东西需要上网: 快捷方式:ssh.soft
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文件压缩|MD5码
摘要:MD5中的MD代表Message Digest,就是信息摘要的意思,不过这个信息摘要不是信息内容的缩写,而是根据公开的MD5算法对原信息进行数学变换后得到的一个128位(bit)的特征码。 所以一般认为MD5码可以唯一地代表原信息的特征,通常用于密码的加密存储,数字签名,文件完整性验证等。 ##mo
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sed -i添加到第一行
摘要:用sed的i\命令在第一行前面插入即可,加上 -i 选项直接操作文件。 sed -i '1i\要添加的内容' yourfile 查看插入第一行是否成功 sed -n '1,1p' yourfile
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ls 查看文件
摘要:1.按文件大小查看文件 a.降序:ls -lsh moudaen@morton:~$ ls -lshtotal 20M 20M -rw-r--r-- 1 moudaen 65536 20M Nov 11 17:44 Gender.war4.0K drwxr-xr-x 2 moudaen 65536
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md5sum|zip|
摘要:##move## for((i=1;i<=22;i++));do cp combine_all.split_$i split_$i;done ##gzip## mkdir gzip/workshell for((i=1;i<=22;i++));do echo "gzip split_$i"> spl
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打包|zip
摘要:原始:gzip zip -r ./gzip.zip ./gzip/* adding: gzip/split_10.gz (deflated 2%) adding: gzip/split_11.gz (deflated 3%) adding: gzip/split_12.gz (deflated 3%
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用cat写入
摘要:$ cat >> gzip_work.sh <<EOF > mkdir gzip/workshell > EOF
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check Linux文件夹个数
摘要:(ls -l|grep "^-"| wc -l)查看某个文件夹下文件的个数。(ls -lR|grep "^-"| wc -l)查看某个文件夹下文件的个数,包括子文件夹下的文件个数。(ls -l|grep "^d"| wc -l)查看某个文件夹下文件夹的个数。(ls -lR|grep "^d"| wc
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lastz
摘要:lastz sequence1.fasta sequence2.fasta 其中,sequence1.fasta是reference genome ;sequence2.fasta是需要比对的genom
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Ctrl + c 强制退出
摘要:linux 使用cat 命令进入一个很大的文件,一直在不停地显示内容,让它停止的方法,可以用Ctrl + c 强制退出
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jobs|ps|杀死nohup
摘要:方法1:如果没有退出客户端界面,可以先通过 “jobs” 命令查看程序是否在运行,此时只有序号没有PID号;输入命令 “jobs -l” 会显示程序的PID号,然后通过 “kill -9 PID”杀死程序;输入命令 “jobs” 查看程序是否被杀死。方法2:如果退出过客户端界面,输入 “jobs”
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uname|mv|tar -xzvf|
摘要:$ ls CAFE-4.2.1.tar.gz mcl-latest.tar.gz mysql-5.4.3-beta-linux-i686-glibc23.tar.gz.1 orthomclSoftware-v2.0.9.tar.gz r8s1.81.tar.gz $ uname -a Linux software-install.cngb.sz.hpc 2.6.32-696.30.1....
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zcat|subprocess.check_all|subprocess.Popen|gzip|readline()
摘要:#!/usr/bin/python from subprocess import check_call import subprocess import gzip ''' $ zcat 160121_I133_FCH5LL5BBXX_L8_RSZADPI007179-107_2.fq.gz |head -4 >o3 $ cat o3 @K00133:143:H5LL5BBXX:8:1101:1...
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qsub|pasta|
摘要:cd /xxx/genome_stat/Annotation ln -s /xxx/02.annotation/gff_v2/*.homolog.v2.gff /xxx/genome_stat/Annotation ls *.gff | while read l;do echo "perl /xxx/02.annotation/build_pipeline/bin/stat_gff.pl $l"...
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定义变量|dirname|basename|printf
摘要:$ basename /xxxx/test test $ dirname /xxxx/test /xxx $ dirname /xxx/test|while read p;do sp=$p"222";echo $sp;done /xxx222 $ ls /xxx/*.txt|while read p;do sp=$p"22222";printf "%s\n%s\n" \ $p\ $sp...
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