随笔分类 -  genome

• Hairpin|Bulge|Loop|假结|共变化（进化）|单序列预测|snRNA|snoRNA|siRNA|microRNA|piRNA|LncRNA|antisense RNAs|cis-NATs|trans-NATs|假基因|环形RNA
  摘要：生物信息学 GU也可以配对，即“wobble” pairing GU。 Hairpin发夹结构，最少不能少于3个碱基。没有配对 Bulge 单侧配对 Loop双侧配对 假结，游离的leading edge与hairpin相结合。大部分软件不考虑此结构。 表示RNA5种结构： 如果有假结，则环形图会有 阅读全文
  posted @ 2019-12-25 15:36 YUANya 阅读(961) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 泛基因组学|密码子假说
  摘要： 阅读全文
  posted @ 2019-12-19 16:10 YUANya 阅读(256) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• CP
  摘要：关键期是指动物在发育过程中经历的一种神经可塑性变化时期，神经开始发育时可塑性较强，随着年龄和经验的增长可塑性逐步降低。 可以从五流的角度来证明关键期的存在。 从信息流来说，与唱歌感知有关的基因，对于幼年有唱歌训练的斑马雀来说，从幼年到成年的过程中该基因表达由高到低，即该基因表达与年龄有关，对于幼年没 阅读全文
  posted @ 2019-12-19 16:07 YUANya 阅读(347) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 基因组大小控制因素
  摘要：简述影响多细胞生物基因组大小的各种因素，并尽力解释可能的原因和验证方案。 1.因素一：从操作流来说，剪切过程决定基因组大小。 1.1可能的解释：比如动物的剪切子比植物的更复杂也更为保守，其中动物剪切子上的增强子在exon中，而植物在intron中，所以动物剪切的内含子比植物多，即动物允许重复序列插入 阅读全文
  posted @ 2019-12-19 16:04 YUANya 阅读(1220) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 动物基因组与植物基因组基本差异
  摘要：植物vs动物总结版： 简述高等植物基因组（可以以拟南芥和水稻基因组为例）与高等动物基因组（可以以人类、果蝇等基因组为例）在基因结构层面展示出来的基本差异。 高等植物基因组与高等动物基因组在基因结构上的基本差异主要是生命组学的第一困境，即复制-转录负载困境。 机制： 1.从平衡流看， 1.1高等植物基 阅读全文
  posted @ 2019-12-19 16:01 YUANya 阅读(2327) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Ka/ Ks|同义替换的三种路径|kaks_Calculator|
  摘要：生命组学 研究old gene 和 young gene CAI选择信号；CGmutation信号 Neutrality plot：CG3与GC1、GC2的关系：平：mutation；正相关：selection signal Ks Ka Ka/ Ks代表选择压力，Core gene Ka/ Ks比较 阅读全文
  posted @ 2019-12-12 22:46 YUANya 阅读(1167) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Necroptosis|Apoptosis|CTC|
  摘要：大数据-外周血研究 Necroptosis与Apoptosis...区别：肿瘤导致和自身凋亡。 CTC，肿瘤细胞脱落进入外周血，CTC（循环肿瘤细胞，CirculatingTumorCell）是存在于外周血中的各类肿瘤细胞的统称，通过检测CTC来判断预后。可通过荧光检测single CTC和CTC 阅读全文
  posted @ 2019-12-12 01:13 YUANya 阅读(849) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• reference-based measure|Distribution-based measure|密码子使用偏向性
  摘要：生命组学 密码子使用偏向性是指同义密码子使用频率不同。 影响因素：1.GC2.横向基因转移3.selection 转录偏好于多的tRNA。 同种氨基酸但有密码子使用偏向。 发现密码子偏性的方法： 参考序列方法reference-based measure CAI：从0到1，0就是偏向性最小，1就是偏 阅读全文
  posted @ 2019-12-12 01:07 YUANya 阅读(474) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 感染|免疫|微生物组
  摘要：感染、免疫和微生物组 最易细菌感染的是婴儿。 Evolution of resistence有三类：1.自身突变2.人类导致等。 Viral family，未找到的1000个中有一半都致病。 有的疫苗时间长（HPV）有的时间短（流感疫苗）。 以前这位点后根据位点找pathway。 Eg：现在根据位点 阅读全文
  posted @ 2019-12-06 21:16 YUANya 阅读(187) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 可塑性|Exosomes
  摘要：五流解释 肿瘤发源于不同组织如果不从各种组织出发，则不能有正确的解决方法。 Hallmarks of cancer LncRNAs操作流 Exosomes ，它的基本故事是平衡流，但是具体内涵是操作流。 Warburg effect，与能量转化有关，在不同末端现象中的体现。 Replication或 阅读全文
  posted @ 2019-12-06 21:15 YUANya 阅读(294) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 药物动力学|肿瘤药物基因组研究的策略|OMIM database|PharmGKB
  摘要：生命组学 同义突变虽然不改变蛋白质种类，但是影响量，修饰的稳定性。 SNP vs mutation SNV单核苷酸变化，mutation，SNP是从群体角度思考的，约有1%，mutation比SNP还低。 Alleles and genotype 多种效应叠加比孟德尔遗传出现的概率高。 依据SNP将 阅读全文
  posted @ 2019-12-03 18:03 YUANya 阅读(722) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• OA|DOAJ|Highwire press|Springeropen|Plos journal|电子印本|中国科技论文在线|arxiv|chinaxiv|MIT机构知识库|中科院机构知识库|Email alert|Citeseer|RSS|F1000 prime
  摘要：信息检索 OA：open access开放获取 金色OA：出版社主导， 开放出版，全部都可以下载。 开放论文：只有部分可以下载。 绿色OA：作者主导，发表后放在机构知识库中，排版不同，但是内容一致。Eg：仅对中科院内部开放获取。 公共经费支付的研究开放获取，比如自然基金委支持的研究开放获取。 期刊论 阅读全文
  posted @ 2019-11-27 22:19 YUANya 阅读(348) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Physicoochemical|CG content|
  摘要：NCBI存在的问题： 数据用户的增长 软件开发受限 数据分析缺乏 有些传统束缚，仅用底层语言书写 Pangenome Open gene是随菌株数量增大而增大的gene，Closed gene是随菌株数量增大而趋于平滑的gene。 Mategenomics and longevity，例子：年轻人的 阅读全文
  posted @ 2019-11-27 13:56 YUANya 阅读(229) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 痢疾杆菌|SARS
  摘要：病原微生物分析： Eg：痢疾杆菌 测序 比对（K12vs治病菌1vs治病菌2），发现： “毒力岛”：K12没有，两个治病菌有，缩小搜寻范围。 “黑洞”：K12有，但两个治病菌没有。 SARS： 构建系统发育树，发现由冠状病毒进化而来。 不同地区的SARS基因组比较，可溯源病毒传播 根据各SARS冠状 阅读全文
  posted @ 2019-11-20 11:32 YUANya 阅读(247) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• NGDC|BIGD
  摘要：生命组学 生命起源经过复杂演化诞生了大量生物体及其基因组。 现今NCBI最大的基因组： 植物：糖松27.6G 动物：墨西哥蝾螈32.4G 大数据能做什么? 大数据时代如同大航海时代一样，需要具有与时代对应的能力。 用于应对人类挑战：eg：环境暴露组数据 现在的研究模式：知识挖掘 算法模型 数据整合 阅读全文
  posted @ 2019-11-20 02:32 YUANya 阅读(373) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• polyA|ribo-minus|differentiated cell|Genetic heterogeneity
  摘要：转录组 测量单cell，可以认为是一种细胞。细胞株也认为来自同一个细胞。 使用两种方法，找mRNA（polyA）及rmRNA（ribo-minus），然后取交集。 转录组受实验影响，比如小片段没得到。 干细胞与诱导的干细胞序列相似的原因尚不清楚。 转录因子参与的转录过程，相同转录因子，老鼠可以转向干 阅读全文
  posted @ 2019-11-15 00:42 YUANya 阅读(429) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Fractal Dimension|Relative Complexity|CG含量|重复序列|
  摘要：生物信息学-序列拼接方法 物理学方法 Fractal Dimension of Exon and Intron Sequences CGCGGCGTGTGTTATA 数学方法：Relative Complexity in Exon, Intron and Flanks 序列复杂度依据不同组合出现的次 阅读全文
  posted @ 2019-11-13 18:34 YUANya 阅读(308) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Promoter complex|转录组水平RNA的复杂度|
  摘要：生命组学 Promoter complex Tata box识别位点 Enhancer加入之后增强转录 不确定性与确定性之间的关系，原因中存在这不确定性，但是结果表达又是确定的。因为promoter的突变率很高，所以人工不容易找到其位点。 神经细胞是平衡流，神经细胞认为不具有细胞周期。周期问题是可塑 阅读全文
  posted @ 2019-11-12 21:54 YUANya 阅读(226) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Methyl-SeqDNA的甲基化图谱|DNase I-Seq|ChIP-Seq|3C-Seq|
  摘要：生物医学大数据 Methyl-SeqDNA的甲基化图谱 DNase I-Seq全基因组染色质DNA的开放程度、非基因编码区的调控元件的分布 DNase I高敏感位点：基因处于转录活性状态时，其染色质结构处于相对松散的状态，DNaseⅠ易于接触到染色体DNA，这个区域的DNA对DNase I敏感性就比 阅读全文
  posted @ 2019-11-12 13:00 YUANya 阅读(1622) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• DNA methylation|Transcription factors|PTM|Chromosome conformation|表观遗传学测序技术
  摘要：生物医疗大数据-DNA element functions and identification Genetic vs epigenetic GENETICS 遗传学 DNA Code: 64 triplets of nucleotides encode for 20 amino acids and 阅读全文
  posted @ 2019-11-08 01:21 YUANya 阅读(464) 评论(0) 推荐(0) 编辑