DNA repair HDU - 2457（ac自动机）

DNA repair

 HDU - 2457

题意：有些DNA序列是致病的，给你以个长DNA序列，问最少需要修改多少次使得其不含致病序列。

好多题解说的不清不楚的。。。最关键的地方往往没说清楚。。。

首先是进行了一步转换，将其理解为在建好的Trie图上走len(序列长度)步，走的路不能包含致病序列。

然后就变成了一个dp，d[i][j]表示第i步走到j节点最少需要修改几次。那么要看所有能走到j节点的点，如果和s[i-1]相同，就不用修改，如果不同，修改次数加一，取较小的。

#include <bits/stdc++.h>
using namespace std;
#define CLR(m,a) memset(m,a,sizeof(m))
const int inf=0x3f3f3f3f;
const int maxnode=50*20+10;
const int sigma=4;

struct AC{
    int ch[maxnode][sigma],f[maxnode];
    int match[maxnode];
    int sz;
    int mp[128];

    void init(){
        CLR(match,0);
        mp['A']=0;mp['G']=1;mp['C']=2;mp['T']=3;
        CLR(ch[0],0);
        sz=1;
    }
    void inser(char *s){
        int u=0,n=strlen(s);
        for(int i=0;i<n;i++){
            int c=mp[s[i]];
            if(!ch[u][c]){
                CLR(ch[sz],0);
                ch[u][c]=sz++;
            }
            u=ch[u][c];
        }
        match[u]=1;
    }
    void getfail(){
        queue<int> q;
        f[0]=0;
        match[0]=0;
        for(int c=0;c<sigma;c++){
            int u=ch[0][c];
            if(u){
                q.push(u);
                f[u]=0;
            }
        }
        while(!q.empty()){
            int r=q.front();
            q.pop();
            for(int c=0;c<sigma;c++){
                int u=ch[r][c];
                if(!u){
                    ch[r][c]=ch[f[r]][c];
                    continue;
                }
                q.push(u);
                int v=f[r];
                while(v&&!ch[v][c]) v=f[v];
                f[u]=ch[v][c];
                match[u]|=match[f[u]];
            }
        }
    }
};
AC ac;
char s[maxnode];
int len;
int dp[maxnode][maxnode];

void DP(){
    CLR(dp,inf);
    dp[0][0]=0;
    for(int i=1;i<=len;i++){
        for(int j=0;j<ac.sz;j++){
            if(ac.match[j]) continue;
            for(int c=0;c<sigma;c++){
                if(ac.match[ac.ch[j][c]]) continue;
                dp[i][ac.ch[j][c]]=min(dp[i][ac.ch[j][c]],dp[i-1][j]+(ac.mp[s[i-1]]!=c));
            }
        }
    }
}
int main(){
    int n;
    int kase=0;
    while(scanf("%d",&n)!=EOF&&n){
        ac.init();
        for(int i=0;i<n;i++){
            scanf("%s",s);
            ac.inser(s);
        }
        ac.getfail();
        scanf("%s",s);
        len=strlen(s);
        DP();
        int ans=inf;
        for(int i=0;i<ac.sz;i++)if(!ac.match[i]){
            ans=min(dp[len][i],ans);
        }
        if(ans==inf) ans=-1;
        printf("Case %d: %d\n",++kase,ans);
    }
    return 0;
}