poj1080 Human Gene Functions

题目：
链 AGTGATG
GTTAG
可变形成
AGTGAT-G
-GT--TAG
从而得到和最大
分析：
dp问题，属于最长公共子序列的变形题，用二维dp[i][j]存储当前
串一的i位置和串二j位置上的和最大值，答案为dp[len1][len2]，
用地图map[i][j]存储AGCT的匹配程度，把输入的字符串用数组表示，
并且a[i][j],b[i][j]与地图的对应更容易计算
状态转移方程为
dp[i][j]=max{dp[i][j],dp[i][j-1]+map[a[i]][5],dp[i-1][j]+map[5][b[j]],dp[i-1][j-1]+map[a[i]][b[j]]}

#include <iostream>
#include <cstring>
#include <string>
using namespace std;
#define X 105
#define INF -10001//表示无穷大
int dp[X][X];//储存当前串一的i位置和串二j位置上的最优解
int map[6][6];//储存字符匹配程度
int a[X],b[X];//串一串二的表示数组
string target,match;//输入的两个字符串
int main()
{
freopen("sum.in","r",stdin);
freopen("sum.out","w",stdout);

int test;
cin>>test;
//以下为匹配程度，1表示A，2表示G，3表示C,4表示T
for(int i=1;i<5;i++)
map[i][i] = 5;
map[1][2]=map[2][1]=-2;
map[1][3]=map[3][1]=-1;
map[1][4]=map[4][1]=-1;
map[1][5]=map[5][1]=-3;
map[2][3]=map[3][2]=-3;
map[2][4]=map[4][2]=-2;
map[2][5]=map[5][2]=-2;
map[3][4]=map[4][3]=-2;
map[3][5]=map[5][3]=-4;
map[4][5]=map[5][4]=-1;
while(test--)
{
int len1,len2;
cin>>len1>>match>>len2>>target;
memset(dp,INF,sizeof(dp));//初始化
//以下把字符串化为数组，1表示A，2表示G，3表示C,4表示T
for(int i=0;i<len1;i++)
{
if(match[i]=='A')
a[i+1]=1;
else if(match[i]=='G')
a[i+1]=2;
else if(match[i]=='C')
a[i+1]=3;
else if(match[i]=='T')
a[i+1]=4;
}
for(int i=0;i<len2;i++)
{
if(target[i]=='A')
b[i+1]=1;
else if(target[i]=='G')
b[i+1]=2;
else if(target[i]=='C')
b[i+1]=3;
else if(target[i]=='T')
b[i+1]=4;
}
//////////////////初始化dp
dp[0][0]=0;
for(int i=1;i<=len1;i++)//当串二为空串时(尽管不可能)
dp[i][0]=dp[i-1][0]+map[a[i]][5];
for(int i=1;i<=len2;i++)//当串一为空串时(尽管不可能)
dp[0][i]=dp[0][i-1]+map[5][b[i]];
/////////////////核心程序，实现状态转移
for(int i=1;i<=len1;i++)
for(int j=1;j<=len2;j++)
{
dp[i][j]=max(dp[i][j],dp[i-1][j-1]+map[a[i]][b[j]]);
dp[i][j]=max(dp[i][j],dp[i][j-1]+map[5][b[j]]);
dp[i][j]=max(dp[i][j],dp[i-1][j]+map[a[i]][5]);
}
cout<<dp[len1][len2]<<endl;
}

return 0;
}