摘要：大家应该对通路富集分析都很熟悉，如DAVID、超几何富集分析等。都是在大量文章中常见的通路富集方法，给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA（gene set variation analysis）与gsea选择。GSVA是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片核转录组的基 阅读全文

摘要：由于蛋白质组学的发展，使得蛋白质数据库也日益丰富，数据库的专一性及综合性均增强，而且，通过超文本的链接，可以使多个数据库进行相互的衔接。目前，关于蛋白质的结构，蛋白质质谱等数据库均较多，今天就来讲讲使用频率最高且冗余度最低的uniprot数据库。 拿到蛋白质组学鉴定结果后，看懂数据库当然是第一步的。 阅读全文

摘要：1. 外泌体研究背景： 胞外囊泡是从细胞膜上脱落或者由细胞分泌的具有双层膜结构的囊泡状小体，主要由微囊泡、凋亡小体、外泌体组成。而外泌体是其中一类小囊泡，直径为30~150nm，密度1.10~1.18 g/ml，可携带核酸、蛋白质质和脂质等，存在于血液、唾液、尿液等多种体液中。 越来越多的研究证实， 阅读全文

摘要：1. Maxquant的iBAQ和LFQ，该用哪个？我们使用Maxquant做Label Free蛋白质组学定量分析的时候，在Maxquant的参数设置时，会遇到两个参数，LFQ和iBAQ，那么，选择哪个好呢？如果你都选上，在最终的proteingroups.txt中，会出现三列：Intensity 阅读全文

摘要：实验设计中，一般会做三个生物学重复来确保结果的准确性，尤其在下游分析中。但有时会遇到没有生物学重复，而又需要进行差异分析的情况，这时一般建议考虑foldchange即可，因为根本无法进行T-test等统计学方法嘛。但是如果必须要算一个P值（个人觉得没啥必要。。。），那么不同组学有各自处理的方法（虽然 阅读全文