AutoDock 的安装及 virtual screening 的配置
AutoDock 的安装:
(1)下载ADT工具包和AutoDock4;
ADT下载地址:http://mgltools.scripps.edu/downloads mgltools_x86_64Linux2_latest.tar.gz
AutoDock 4.2.3下载:linux for intel 32-bit http://autodock.scripps.edu/downloads/previous-releases/autodock-4-2.3-1
(2)安装MGLTtools
直接双击MGLTools-1.5.0-Linux-x86-Install 文件就开始安装,安装中会出现安装界面,一步一步往下做,很方便的,安装完后会出现AutoDockTools的界面. 并且在桌面会出现快捷方式。
然后将你的安装路径:/home/username/MGLTools-1.5.0/share/bin 添加到 .bashrc 文件中去
export PATH=export PATH="/home/yangcao/MGLTools-1.5.0/bin:"$PATH
在执行 source .bsharc 就OK了。
然后打开终端,输入 adt 并回车,就出现了AutoDockTools的界面。
注意:你把安装好了出现的界面关掉后,然后再次出双击左面快捷图标,是否会发现不了图形界面了,或者在终端输入adt也没有界面出现,并出现一大堆错误,不要慌,你只需在终端执行下面的语句就OK了。
chcon -t textrel_shlib_t /home/username/MGLTools-1.5.0/lib/python2.5/site-packages/PIL/_imaging.so、
(3)安装AutoDock
将下载到的文件解压,得到i86Linux2文件夹,里面含有autogrid4和autodock4文件
只需把它们添加到/usr/bin中去就可以了
cp /home/download/i86Linux2/autogrid4 /usr/bin/autogrid4
cp /home/download/i86Linux2/autodock4 /usr/bin/autodock4
这样你就可以在终端运行了。当然不添加到/usr/bin中去也可以用,只是在终端用起来每次都要进入到该目录中去。
Virtual Screening 的配置:
(1)从http://autodock.scripps.edu/faqs-help/tutorial/using-autodock4-for-virtual-screening 下载VSTutorial files from CVS。并进行解压
然后把AutoDockTools下MGLToolsPckgs的所有文件都拷贝到VSTutorial files下。之后就可以进行多个文件的对接了。具体命令看Using AutoDock 4 for Virtual Screening。
在运行脚本之前,要安装numpy (1.6.0)这个python脚本。否则会发生错误。安装:python setup.py
http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.6.0/numpy-1.6.0.tar.gz/download