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摘要： 散点图是 KEGG 富集分析结果的图形化展示方式。在此图中，KEGG 富集程度通过 rich factor, qvalue 和富集到此通路上的基因个数来衡量。其中 rich factor 指差异表达的基因中位于该 pathway 条目的基因数目与所有有注释基因中位于该 pathway 条目的基因总数 阅读全文

摘要： KOBAS的介绍 KOBAS是北大生物信息中心研发的一个网页工具，用来基因/蛋白功能注释(注释模块)和功能基因集富集(富集模块)。以下是KOBAS的英文介绍： KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation (Anno 阅读全文

摘要： Novel LncRNA的选择 novel LncRNA选择的原则： 1.不能选与其他基因exon重叠的lncRNA，否则，RT-qPCR结果就混合了两个基因的表达量。 2.最好选择基因间的lncRNA，即lincRNA，跟其他基因没有重叠。 3.其次选择位于其他基因intron区域的lncRNA。 阅读全文

摘要： LncRNA设计原则 LncRNA的引物设计跟mRNA的引物设计类似，都遵循以下规则： 1.引物应在核酸系列保守区内设计并具有特异性。2.扩增产物长度在 80-150bp。最长不要超过 300bp。3.产物不能形成二级结构(自由能小于 58.61KJ/mol)。4.引物长度:一般在 17-25 碱基 阅读全文

摘要： GOseq的介绍 GOseq是一个R包，用于寻找GO terms，即基因富集分析。此方法基于 Wallenius non-central hyper-geometric distribution。相对于普通的超几何分布(Hyper-geometric distribution)，此分布的特点是从某个 阅读全文

摘要： oPOSSUM 3.0的介绍 oPOSSUM是一个网页工具，用来检测检测基因或序列中over-presented的保守转录因子结合位点和结合位点组合。 网址：http://opossum.cisreg.ca/oPOSSUM3/ oPOSSUM3.0的使用 这里由于我们使用的是RNA-seq中差异分析 阅读全文

摘要： RNAhybrid的介绍 RNAhybrid是Behmsmeier M等基于miRNA和靶基因二聚体二级结构开发的miRNA靶基因预测软件。RNAhybrid预测算法禁止分子内、miRNA分子间及靶基因间形成二聚体，根据miRNA和靶基因间结合能探测最佳的靶位点。尽管随着靶基因序列长度增加，运算复杂 阅读全文

摘要： 看了网上很多关于这个问题的解决方法， 有的人选择了重装系统， 有的人选择了添加新用户， 也有的人选择在Rstudio里加上window()然后继续画图， 但这些都不是很好的方法 想要解决这个问题，首先得找到是什么原因导致的 原因很简单：Rstudio在运行的时候会创建一些临时文件，这些临时文件默认是 阅读全文

摘要： edgeR的介绍 背景 RNA-seq表达谱与生物复制的差异表达分析。 实现一系列基于负二项分布的统计方法，包括经验贝叶斯估计，精确检验，广义线性模型和准似然检验。 与RNA-seq一样，它可用于产生计数的其他类型基因组数据的差异信号分析，包括ChIP-seq，Bisulfite-seq，SAGE和 阅读全文

摘要： miRanda的介绍 miRanda 是由著名的 Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的，用于预测 miRNA 与其靶基因互作的结合位点。 miRanda 主要强调 miRNA 与靶基因连接位点的进化保守性，亦偏重于以 miRNA 的5′ 端序列搜索靶基因，并 阅读全文