转录因子预测-oPOSSUM 3.0的使用教程
oPOSSUM 3.0的介绍
oPOSSUM是一个网页工具，用来检测检测基因或序列中over-presented的保守转录因子结合位点和结合位点组合。
网址：http://opossum.cisreg.ca/oPOSSUM3/
oPOSSUM3.0的使用
这里由于我们使用的是RNA-seq中差异分析的mRNA,所以这里选择Single-Site Analysis (SSA) 中的Human。
oPOSSUM的分析过程一共分为4步：
1.输入你要分析的gene set
输入的gene set支持的格式如下：
- Ensembl Gene ID
- EntrezGene ID
- RefSeq DNA/Protein ID
- EMBL (GenBank) ID
- Protein (GenBank) ID
- Uniprot/TrEMBL Acc.
- Uniprot/SwissProt Acc.
- Unigene ID
一般输入我们常用的Ensembl Gene ID或者gene symbol即可
2.输入背景基因，这里一般选择默认即可
3.选择转录因子结合位点的profiles,这里选择默认即可
4.选择转录因子结合位点的筛选参数
这里一般选择默认即可
选择完之后直接submit,然后等待大约10分钟就可以得到结果，结果如下：
最后得到的文件用Z-score>=10并且Fisher score >=7来筛选。
