12 2019 档案

GO分析-GOseq的使用教程
摘要：GOseq的介绍 GOseq是一个R包，用于寻找GO terms，即基因富集分析。此方法基于 Wallenius non-central hyper-geometric distribution。相对于普通的超几何分布(Hyper-geometric distribution)，此分布的特点是从某个 阅读全文
posted @ 2019-12-30 22:11 sryjm 阅读(6226) 评论(0) 推荐(0)
转录因子预测-oPOSSUM 3.0的使用教程
摘要：oPOSSUM 3.0的介绍 oPOSSUM是一个网页工具，用来检测检测基因或序列中over-presented的保守转录因子结合位点和结合位点组合。 网址：http://opossum.cisreg.ca/oPOSSUM3/ oPOSSUM3.0的使用 这里由于我们使用的是RNA-seq中差异分析 阅读全文
posted @ 2019-12-30 16:53 sryjm 阅读(2413) 评论(1) 推荐(0)
miRNA结合位点预测软件RNAhybrid的使用教程
摘要：RNAhybrid的介绍 RNAhybrid是Behmsmeier M等基于miRNA和靶基因二聚体二级结构开发的miRNA靶基因预测软件。RNAhybrid预测算法禁止分子内、miRNA分子间及靶基因间形成二聚体，根据miRNA和靶基因间结合能探测最佳的靶位点。尽管随着靶基因序列长度增加，运算复杂 阅读全文
posted @ 2019-12-29 16:25 sryjm 阅读(17498) 评论(1) 推荐(0)
关于win10用户名设置为中文导致Rstudio画图报错的解决方法
摘要：看了网上很多关于这个问题的解决方法， 有的人选择了重装系统， 有的人选择了添加新用户， 也有的人选择在Rstudio里加上window()然后继续画图， 但这些都不是很好的方法 想要解决这个问题，首先得找到是什么原因导致的 原因很简单：Rstudio在运行的时候会创建一些临时文件，这些临时文件默认是 阅读全文
posted @ 2019-12-18 22:16 sryjm 阅读(1897) 评论(1) 推荐(0)
edgeR之配对检验分析差异基因的使用教程
摘要：edgeR的介绍 背景 RNA-seq表达谱与生物复制的差异表达分析。 实现一系列基于负二项分布的统计方法，包括经验贝叶斯估计，精确检验，广义线性模型和准似然检验。 与RNA-seq一样，它可用于产生计数的其他类型基因组数据的差异信号分析，包括ChIP-seq，Bisulfite-seq，SAGE和 阅读全文
posted @ 2019-12-18 13:50 sryjm 阅读(7135) 评论(0) 推荐(0)
miRNA结合位点预测软件miRanda的使用教程
摘要：miRanda的介绍 miRanda 是由著名的 Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的，用于预测 miRNA 与其靶基因互作的结合位点。 miRanda 主要强调 miRNA 与靶基因连接位点的进化保守性，亦偏重于以 miRNA 的5′ 端序列搜索靶基因，并 阅读全文
posted @ 2019-12-17 22:45 sryjm 阅读(29184) 评论(3) 推荐(0)
bioMart进行基因id的转换
摘要：1.bioMart包的介绍 bioMart包是一个连接bioMart数据库的R语言接口，能通过这个软件包自由连接到bioMart数据库，这个包可以做以下几个工作： 1.查找某个基因在染色体上的位置。反之，给定染色体每一区间，返回该区间的基因； 2.通过EntrezGene的ID查找到相关序列的GO注 阅读全文
posted @ 2019-12-17 15:40 sryjm 阅读(17900) 评论(0) 推荐(0)
liftover-基因坐标的转换
摘要：liftover的介绍 人类基因组有不同的版本，目前用的最多的是hg38和hg19，为了将不同版本的染色体上的位置一一对应，UCSC出了这款工具liftOver，官方的定义是： This tool converts genome coordinates and genome annotation f 阅读全文
posted @ 2019-12-10 21:51 sryjm 阅读(8094) 评论(1) 推荐(0)