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摘要： 原文地址：http://javajiao.iteye.com/blog/1506741 R的下载、安转R有很多的版本，支持目前主流的操作系统MAC、Linux和WINDOWS系列。因为我个人是在WINDOWS下用R的，所以在这里将只介绍WINDOWS下R的下载&安装。下载R：你可以从世界各地很多网站上下载到R，官方的中国下载点是：http://www.lmbe.seu.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/在我写这篇文章的时候，最新的版本是R-2.2.1版。在网络上有一篇被翻译过来的R入门教材，可以在这里找到 ：R 導論（入門）安装R：1，双击R-2.2.1-win 阅读全文

摘要： SAM是一种序列比对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。不同的软件，不同的时期，不同的研究方向，都会创建一种或者多种格式标准，当然根据当时的需要，创建符合需求的标准，也是最容易的事情，而反过来想要真正的理解标准，也必须理解为什么要创建这样的标准，解决什么样的需要。我前面的有篇文章已经对于现有的多重比对的格式进行总结，但其更多的站在比较基因组学的角度。当我们去了解sam标准格式是什么的时候，就要思考既然以及有了这么多得标准，为什么还要定义SAM标准，当然拿所有的格式进行比较也并非易事 阅读全文

摘要： 原文链接：http://blog.csdn.net/bangemantou/article/details/7726585Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即“基于局部比对算法的搜索工具”，由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查序列（query）在database中搜索，每一条que 阅读全文

摘要： 本文摘自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_4b5039210100ie6a.htmlMatplotlib.pyplot是用来画图的方法，类似于matlab中plot命令，用法基本相同。一.最基本的：例如：In [1]: import matplotlib.pyplot as pltIn [2]: plt.plot([1,2,3])Out[2]: [<matplotlib.lines.Line2D object at 0x06518A10>]In [3]: plt.ylabel('some numbers')Out[3]: <mat 阅读全文

摘要： 字符串的格式化在python中也有类似于c中的printf()的格式输出标记。在python中格式化输出字符串使用的是%运算符，通用的形式为格式标记字符串 % 要输出的值组其中，左边部分的”格式标记字符串“可以完全和c中的一致。右边的'值组'如果有两个及以上的值则需要用小括号括起来，中间用短号隔开。重点来看左边的部分。左边部分的最简单形式为：%cdoe其中的code有多种，不过由于在python中，所有东西都可以转换成string类型，因此，如果没有什么特殊需求完全可以全部使用’%s‘来标记。比如：'%s %s %s' % (1, 2.3, ['one& 阅读全文

摘要： python3.0以上，print函数应为print（），不存在dict.iteritems()这个函数。在python中写中文注释会报错，这时只要在头部加上# coding=gbk即可#字典的添加、删除、修改操作dict = {"a" : "apple", "b" : "banana", "g" : "grape", "o" : "orange"}dict["w"] = "watermelon" 阅读全文

摘要： 函数splice的用法格式splice（@array，offset，length，list） #在数组@array的offset的位置插入list，同时删除从 offset开始长度为length个元素 。list上下文返回操作 后的数组，scalar上下文返回操作后的数组最后一个元 素。1、缺省list，即splice（@array，offset，length） #删除数组@array从offset开始长度为length个元素2、缺省list和length，即splice（@array，offset） #删除数组@array从offstage开始到最后3、缺省list、length和offse 阅读全文

摘要： 一、delete函数1.作用：从数组中删除指定的元素2.格式：delete $array[index]3.实例：#delete@fruits=("apple","banana","berry","orange");print "1:@fruits"."\n";delete $fruits[1];print "2:@fruits"."\n";print "3:$fruits[1]"."\n";del 阅读全文

摘要： qsubqsub命令用来向SGE提交批处理作业，SGE支持单或多节点作业。qsub [ options ] [ command | -- [ command_args ]]1.-@ optionfile (contains all valid options) 就是把qsub命令的可选项组合成一定功能的语句，保存在一个文件中。 qsub -a optionfilename jobfilename 2.-a date_time 设置作业什么时候可以执行。 格式：CC YY MMDDHHMM.SS 如 201109272213.21 qsub -a 201109272213.21 ../simpl 阅读全文

摘要： How the Mann-Whitney test worksMann-Whitney检验又叫做秩和检验，是比较没有配对的两个独立样本的非参数检验。思想是这样的：假定要检验两组数据之间有没有差异。首先，不管 分组把所有数据排序。按照数值大小给定一个值叫做秩。最小的值秩为1，最大的为N（假定两个样本总共有N个观察值）。如果有相同的值，就得到相同的秩。相 同的值的秩是他们的秩的平均值。如果两组的秩的和差距比较大，就会得出较小的p值，认为这两组间有显著差异。软件：spss软件，只要输入数据，选择合适的参数，就可以很快得到结果。How to think about the results of a M 阅读全文