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yangyzh
使用conda 对gcc进行升级 (sonicparanoid)
摘要: 由于要是用python 3.6版本的一个包sonicparanoid,但是系统的gcc比较老,所以先用conda创建python环境,在该环境下尽心gcc的安装和升级 conda create --name py3.6 python=3.6 source activate py3.6 conda i
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posted @ 2018-07-28 13:02 yangyzh
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在N个元素的数组中获取K个元素的所有组合问题
摘要: 可以写循环,也可以用模块。 百度许久找到一个博客 http://blog.sina.com.cn/s/blog_4a0824490101f1kc.html 详细介绍了Algorithm::Combinatorics 受此启发,又找到了 Math::Combinatorics 由于前面的博客介绍了Al
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posted @ 2018-04-19 10:51 yangyzh
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利用BioPerl将DNA序列翻译成蛋白序列
摘要: 转自 https://www.plob.org/article/4603.html 具体请去上面的网页查看。 my $DNA="ATGCCCGGT";my $pep=&TranslateDNASeq($DNA);sub TranslateDNASeq{ use Bio::Seq; (my $dna)
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posted @ 2017-07-02 11:36 yangyzh
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perl模块安装——cpanm
摘要: 下载 wget http://xrl.us/cpanm mv cpanm.1 cpanm 配置 在bashrc或zshrc里面加入下面的几句话 最好把相对路径改成绝度路径(将~换成你根目录的绝对路径) export PERL_LOCAL_LIB_ROOT=$PERL_LOCAL_LIB_ROOT:~
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posted @ 2017-04-12 14:32 yangyzh
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Augustus安装问题 (3.0 以上都适用)
摘要: augustus 3.2 (3.3) 编译失败 原因是依赖boost库,而且需要bamtools,从而导致编译失败 报错1: $ make mkdir -p bincd src && makemake[1]: Entering directory '/home/bio/augustus/august
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posted @ 2017-04-06 15:31 yangyzh
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R 画structure图
摘要: id percent k1_B04_WL-1.fs_1 0.021 k31_B04_WL-1.fs_1 0.624 k21_B04_WL-1.fs_1 0.355 k1 K=3 数据输入如上面所示: library(ggplot2) ggplot(b,aes(id,percent,fill=k))+
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posted @ 2017-03-29 16:27 yangyzh
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perl ExtUtils::Manifest
摘要: Can't locate ExtUtils/Manifest.pm in @INC (you may need to install the ExtUtils::Manifest module) yum install perl-devel
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posted @ 2017-03-27 12:58 yangyzh
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解决libstdc++.so.5问题
摘要: ./bowtie2-buildbowtie2-build: error while loading shared libraries: libtinfo.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory 系统为 fedor
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posted @ 2017-03-23 12:05 yangyzh
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R ggplot2 线性回归
摘要: 摘自 http://f.dataguru.cn/thread-278300-1-1.html library(ggplot2) x=1:10y=rnorm(10)a=data.frame(x= x, y= y) # plot(y~x,data=a) lm_eqn = function(df){m =
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posted @ 2017-03-09 19:19 yangyzh
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perl 计算方差中值平均数 Statistics::Descriptive;
摘要: http://search.cpan.org/~shlomif/Statistics-Descriptive-3.0612/lib/Statistics/Descriptive.pmuse Statistics::Descriptive;my @a=(100,88,77,18,79,96,57,88
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posted @ 2017-03-09 16:14 yangyzh
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