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2018年7月20日
（转自精通Python设计模式）Python设计模式之创建型模式——2.建造者模式
摘要： 建造者模式将一个复杂对象的构造过程与其表现分离，这样，同一个构造过程可用于创建多个不同的表现。 我们来看个实际的例子，假设我们想要创建一个HMTL页面生成器，HTML页面的基本结构（构造组件）通常是一样的：以<html>开始</html>结束，在HTML部分中有<head>和</head>元素，在h 阅读全文
posted @ 2018-07-20 20:32 青蛙快飞 阅读(255) 评论(0) 推荐(0) 编辑
（转自精通Python设计模式）Python设计模式之创建型模式——1.工厂模式
摘要： 在工厂设计模式中，客户端可以请求一个对象，而无需知道这个对象来自哪里；也就是，使用哪个类类生成这个对象。工厂背后的思想是简化对象的创建。与客户端自己基于类实例化直接创建对象相比，基于一个中心化函数来实现，更易于追踪创建了哪些对象。通过将创建对象的代码和使用对象的代码解耦，工厂能够降低应用维护的复杂度 阅读全文
posted @ 2018-07-20 08:52 青蛙快飞 阅读(302) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2018年7月18日
ANNOVAR工具
摘要： annovar软件组件介绍之一——table_annovar.pl（译） 对于初学者，使用ANNOVAr的最简单方法是使用table_annovar.pl程序，该程序采用输入突变文件（例如，VCF文件）并生成带有多个制表符分隔的输出文件，每个列表示一组注释。另外，如果输入是VCF文件，则程序还生成新 阅读全文
posted @ 2018-07-18 21:07 青蛙快飞 阅读(3174) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Ensembl突变数据描述之（一）——突变物种数据库及预测工具
摘要： 以下是对Ensembl突变数据库中储存的数据的描述，对于Ensembl数据库中不同的物种，我们从各种来源（例如，dbSNP数据库）导入突变数据（SNP、CNV、等位基因频率、基因型等），导入的突变数据和等位基因经过质量控制过程来标记可疑数据。 我们将突变分成几个不同的类，并计算突变的预测结果，并且我 阅读全文
posted @ 2018-07-18 21:04 青蛙快飞 阅读(1867) 评论(0) 推荐(0) 编辑
geneid/genesymbol/ensemblid等之间的转换
摘要： 在基因注释时，难免碰到各种GENE在不同数据库之间的ID转换（例如，Ensembl ID 转Entrez ID，或者Entrez ID与GENE Symbol之间的转换）。这里介绍一下常用的三个在线网站， DAVID、bioDBnet、Ensembl Biomart， DAVID访问太慢，Ensem 阅读全文
posted @ 2018-07-18 21:03 青蛙快飞 阅读(6201) 评论(0) 推荐(0) 编辑
使用python ftplib包递归下载文件夹及文件
摘要： #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # @Date : 2018-06-11 09:35:49 # @Author : Yaheng Wang (m13262578991@163.com) # @Link : http://www.wy2160640.github.io # @Version : $Id$ import... 阅读全文
posted @ 2018-07-18 21:02 青蛙快飞 阅读(860) 评论(0) 推荐(0) 编辑
使用python内置模块os和openpyxl搜索指定文件夹下Excel中的内容
摘要： 在指定路径下，搜索Excel文件中包含的指定内容，首先需要遍历指定路径，得到该路径下所有Excel文件的绝对/相对路径；然后读取Excel中内容，将文件中的每个单元格的值与要搜索的内容进行判断（正则比较，等值比较）。因此，实现该功能需要完成两部分内容，路径遍历和Excel文件内容读取。 使用os模块 阅读全文
posted @ 2018-07-18 21:00 青蛙快飞 阅读(3907) 评论(0) 推荐(0) 编辑
python实现DNA序列字符串转换，互补链，反向链，反向互补链
摘要： 在生物信息学分析中，经常对DNA序列进行一系列操作，包括子序列截取，互补序列获取，反向序列获取，反向互补序列获取。在python语言中，可编写如下函数完成这些简单功能。 子序列截取 python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成，例如： 注意，切片操作是“0-base”的，包左不包右。 互补序 阅读全文
posted @ 2018-07-18 20:59 青蛙快飞 阅读(6947) 评论(0) 推荐(0) 编辑
PandaSeq安装报错ltld required, install libtool library
摘要： PandaSeq安装 $ ./autogen.sh && ./configure && make && sudo make install PandaSeq安装报错 PandaSeq install error: ltld required, install libtool library解决方法 阅读全文
posted @ 2018-07-18 20:55 青蛙快飞 阅读(676) 评论(0) 推荐(0) 编辑
使用MySQL客户端登录Ensemble数据库查询相关信息
摘要： Ensemble公共MySQL数据库 对于大量数据和更详细的分析，Ensemble的MySQL服务器ensembldb.ensembl.org，useastdb.ensembl.org或asiadb.ensembl.org，可以以匿名方式访问。 第三台服务器martdb.ensembl.org提供对 阅读全文
posted @ 2018-07-18 20:54 青蛙快飞 阅读(659) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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