加载中......

08 2018 档案

摘要:NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源。NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed Centra 阅读全文
posted @ 2018-08-30 20:31 青蛙快飞 阅读(28334) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:isPCR是用一对PCR引物搜索序列数据库。它使用索引策略来快速完成此操作。当搜索成功时,输出是fasta格式序列文件,其包含数据库中位于引物对之间的所有区域。 Linux系统下安装 1. 使用二进制文件 isPCR提供linux二进制执行文件,执行时报错缺少"lib.so.6"库文件。 安装ope 阅读全文
posted @ 2018-08-29 11:56 青蛙快飞 阅读(766) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:生物数据库 生物数据库是收集自科学实验、出版文献、高通量实验技术和计算分析等生命科学信息库,它包含来自基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微阵列基因表达和系统发育学等领域的信息。 生物数据库大致可分为序列、结构和功能数据库。序列数据库储存核酸和蛋白质序列;结构数据库储存RNA和蛋白质的结构信息;功能数据 阅读全文
posted @ 2018-08-26 20:22 青蛙快飞 阅读(5377) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:如何计算每个基因的覆盖度与深度,有多种方法可以完成。如下演示使用samtools depth命令方法 1. 数据下载 1.1 Fastq文件下载 从NCBI下载Illumina Hiseq X Ten平台的RNA-Seq数据SRR7751429信息如上图所示。 1.1.1 使用wget命令(sra- 阅读全文
posted @ 2018-08-26 09:57 青蛙快飞 阅读(10033) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS),是基于二代测序技术研究转录组学的方法,可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量。 RNA-Seq有助于查 阅读全文
posted @ 2018-08-23 12:49 青蛙快飞 阅读(11256) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要:DNA微阵列 DNA微阵列(DNA microarray)又称DNA阵列、DNA芯片和基因芯片(gene chip),是一块数平方公分面积布放数千或数万个核酸探针的特殊玻璃片或硅芯片。 检体中的DNA、cDNA或RNA与探针结合后,借由荧光或电流等方式侦测,即可提供大量基因序列信息。研究人员应用基因 阅读全文
posted @ 2018-08-18 22:08 青蛙快飞 阅读(1069) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:转录组 转录组(Transcriptome),广义上指在相同环境(或生理条件)下的一个细胞、或一群细胞中所能转录出的所有RNA的总和,包括 信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)以及非编码RNA(ncRNA);狭义上则指转录出的信使RNA(mRNA)。 转录组学 转 阅读全文
posted @ 2018-08-18 21:57 青蛙快飞 阅读(553) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在本章中,你将学习以下两方面的基本知识: 函数 使用Python调试包pdb 函数 使用Python调试包pdb 函数是程序重要的组成部分,你将在第七章中使用它们,并学习如何使用随机化来模拟DNA突变。Python调试包pdb可以将程序放缓,按步执行找到出错的地方。 1.函数 函数是组织好的代码块, 阅读全文
posted @ 2018-08-17 22:39 青蛙快飞 阅读(436) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:本章将在第 4 章的基础上进一步介绍 Python 语言的基础知识。到本章结束的时候,你将学会: 在 DNA 或蛋白质中查找基序 通过键盘与用户进行交互 把数据写入文件 使用循环 使用基本的正则表达式 根据条件测试的结果采取不同的行动 通过字符串和列表的操作对序列数据进行细致的处理所有这些主题,加上 阅读全文
posted @ 2018-08-12 20:37 青蛙快飞 阅读(540) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录 4.1序列数据的表征 4.2 存储 DNA 序列的程序 4.3 连接DNA片段 4.4 转录:从 DNA 到 RNA 4.5 使用Python文档 4.6 在Python中计算反向互补 4.7 蛋白质、文件和数组 4.8 从文件中读取蛋白质序列数据 4.9 列表 4.10 练习题 在本章中,我 阅读全文
posted @ 2018-08-06 21:12 青蛙快飞 阅读(1278) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:简介 NCBI除了提供在线的Web BLAST序列比对服务外,还提供FTP方式下载序列比对工具。这允许在本地平台上针对从NCBI下载或本地创建的数据库执行BLAST搜索。这些实用程序没有图形用户界面,通过类似DOS的命令窗口运行,并通过基于文本的命令行开关接受输入。 以下内容介绍了在运行Window 阅读全文
posted @ 2018-08-05 20:57 青蛙快飞 阅读(8546) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:最近接手了公司官网跟新的任务,需要编写HTML页面。页面中存在大量重复内容(导航条、页脚、侧边栏等),每次复制粘贴也不是个事,网上搜了相关的HTML模板创建问题,还找到了。楼主使用的是Sublime text3,相关创建HTML模板的方法如下: 1. 使用相关的包,如SublimeTmpl,安装步骤 阅读全文
posted @ 2018-08-01 19:47 青蛙快飞 阅读(1748) 评论(0) 推荐(0) 编辑

点击右上角即可分享
微信分享提示