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一、蛋白的信号肽预测软件：
1、预测有无信号肽：
www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
www.stepc.gr/~synaptic/sigfind.html
www.bioinformatics.leeds.ac.uk/prot_analysis/Signal.html
http://psort.nibb.ac.jp/
http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/
http://www.mbb.ki.se/tmap/index.html
2、一些有关信号肽的链接：
http://plantst.sdsc.edu/plantst/html/links.shtml#analysis
http://www.itb.unistuttgart.de/t ... ssions/Sessio4.html
http://bioresearch.ac.uk/browse/mesh/detail/C0887827L1772874.html
http://bioinfo.hku.hk/emboss/sigcleave.html
http://helios.bto.ed.ac.uk/bto/glossary/s.htm#signal hypothesis
4、含信号肽的载体：
http://www.med.umich.edu/vcore/Plasmids/pUMVC6a.htm
http://www.med.umich.edu/vcore/Plasmids/pUMVC7.htm
可以检测序列中又无信号肽的软件:
下载地址:
http://www.bio-soft.net/
蛋白质分析-----AnthePro 5.0
介绍:
1.9兆，蛋白序列分析软件包ANTHEPROT
5.0，包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测,包括：进行蛋白序列二级结构预测；在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线；在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序列；计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成；计算蛋白序列滴定曲线与等电点；选定一个片段后，绘制Helical
Wheel图；进行点阵图（Dot Plot）分析；计算信号肽潜在的断裂位点等功能。
二、分子生物学数据库综合目录
1. SRS序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器) http://www.embl-heidelberg.ed/srs5/
2. 分子生物学数据库及服务器概览 http://www.ai.sri.com/people/pkarp/mimbd/rsmith.html
3. BioMedNet图书馆 http://biomednet.com
4. DBGET数据库链接 http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html
5. 哈佛基因组研究数据库与精选服务器 http://golgi.harvard.edu
6. 约翰. 霍普金斯大学(Johns Hopkins University) OWL网络服器 http://www.gdb.org/Dan/proteins/owl.html
7. 生物网络服务器索引，USCS http://info.er.usgs.gov/network/science/biology/index.html
8. 分子生物学数据库列表(LiMB) gopher://gopher.nih.gov/11/molbio/other
9. 病毒学的WWW服务器，UW-Madison http://www.bocklabs.wisc.edu/Welcome.html
10. UK MRC 人类基组图谱计划研究中心 http://www.hgmp.mrc.ac.uk/
11. 生物学家和生物化学家的WWW资源 http://www.yk.rim.pr.jp/~aisoai/index.html
12. 其他生物网络服务器的链接 http://www.gdb.org/biolinks.html
13. 分子模型服务器与数据库 http://www.rsc.org/lap/rsccom/dab/ind006links.html
14. EMBO实际结构数据库 http://xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html
15. 蛋白质科学家的网络资源 http://www.faseb.org/protein/ProSciDocs/WWWResources.html
16. ExPASy分子生物学服务器 http://expasy.hcuge.ch/cgi-bin/listdoc
17. 抗体研究网页 http://www.antibodyresource.com
18. 生物信息网址 http://biochem.kaist.ac.kr/bioinformatics.html
19. 乔治.梅森大学(George Mason University)的生物信息学与计算分子生物学专业 http://www.science.gmu.edu/~michaels/Bioinformatics/
20. INFOBIOGEN数据库目录 http://www.infobiogen.fr/services/dbcat/
21. 国家生物技术信息研究室 http://www.nbif.org/data/data.html
22. 人类基因组计划情报 http://www.ornl.gov/TechResources/Human_Genome
23. 生物学软件及数据库档案 http://www.gdb.org/Dan/software/biol-links.html
24. 蛋白质组研究：功能基因组学的新前沿(著作目录) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/LivreTOC.html
三、序列与结构数据库
主要的公共序列数据库
1. EMBL WWW服务器 http://www.EMBL-heidelberg.ed/Services/index.html
2. Genbank 数据库查询形式(得到Genbank的一个记录) http://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/query_form.html
3. 蛋白质结构数据库WWW服务器(得到一PDB结构) http://www.rcsb.org
4. 欧洲生物信息学研究中心(EBI) http://www.ebi.ac.uk/
5. EBI产业支持 http://industry.ebi.ac.uk/
6. SWISS-PROT(蛋白质序列库) http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html
7. 大分子结构数据库 http://BioMedNet.com/cgi-bin/membersl/shwtoc.pl?J:mms
8. Molecules R Us(搜索及观察一蛋白质分子) http://cmm.info.nih.gov/modeling/net_services.html
9. PIR国际蛋白质序列数据库 http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html
10. SCOP(蛋白质的结构分类)，MRC http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.l.html
11. 洛斯阿拉莫斯的HIV分子免疫数据库 http://hiv-web.lanl.gov/immuno/index.html
12. TIGR数据库 http://www.tigr.org/tdb/tdb.html
13. NCBI WWW Entrez浏览器 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/index.html
14. 剑桥结构数据库(小分子有机的及有机金属的结晶结构) http://www.ccdc.cam.ac.uk
15. 基因本体论坛 http://genome-www.stanford.edu/GO/
专业数据库
1. ANU生物信息学超媒体服务(病毒数据库、分类及病毒的命名法) http://life.anu.edu.au/
2. O-GLYCBASE(O联糖基化蛋白质的修订数据库) http://www.cbs.dtu.dk/OGLYCBASE/cbsoglycbase.html
3. 基因组序列数据序(GSDB)(已注释的DNA序列的关系数据序) http://www.ncgr.org
4. EBI蛋白质拓扑图 http://www3.ebi.ac.uk/tops/Serverintermed.html
5. 酶及新陈代谢途径数据库(EMP) http://www.empproject.com/
6. 大肠杆菌数据库收集(ECDC)(大肠杆菌K12的DNA序列汇编) http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html
7. EcoCyc(大肠杆菌基因及其新陈代谢的百科全书) http://www.ai.sri.com/ecocyc/ecocyc.html
8. Eddy实验室的snoRNA数据库 http://rna.wustl.edu/snoRNAdb/
9. GenproEc(大肠杆菌基因及蛋白质) http://www.mbl.edu/html/ecoli.html
10. NRSub(枯草芽胞杆菌的非冗余数据库) http://pbil.univ-lyonl.fr/nrsub/nrsub.html
11. YPD(酿酒酵母蛋白质) http://www.proteome.com/YPDhome.html
12. 酵母基因组数据库 http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces/
13. LISTA、LISTA-HOP及LISTA-HON(酵母同源数据库汇编) http://www.ch.embnet.org/
14. MPDB(分子探针数据库) http://www.biotech.est.unige.it/interlab/mpdb.html
15. tRNA序列及tRNA基因序列汇编 http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/index/html
16. 贝勒医学院(Baylor College of Medicine)的小RNA数据库 http://mbcr.bcm.tmc.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html
17. SRPDB(信号识别粒子数据库) http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html
18. RDP(核糖体数据库计划) http://rdpwww.life.uiuc.edu/
19. 小核糖体亚蛋白RNA结构 http://rrna.uia.ac.be/ssu/index.html
20. 大核糖体亚蛋白RNA结构 http://rrna.uia.ac.be/lsu/index.html
21. RNA修饰数据库 http://medlib.med.utah.edu/RNAmods/
22. 16S MDB及23S MDB(16S和23S核糖体RNA突变数据库) http://www.fandm.edu/Departments/Biology/Databases/RNA.html
23. SWISS-2DPAGE(二维凝胶电泳数据库) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/ch2d-top.html
24. PRINTS[蛋白质印迹(protein fingerprint)数据库] http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/PRINTS/PRINTS.html
25. KabatMan(抗体结构及序列信息数据库) http://www.bioinf.org.uk/abs
26. ALIGN(蛋白质序列比对一览) http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/ALIGN/ALIGN.html
27. CATH(蛋白质结构分类系统) http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath
28. ProDom(蛋白质域数据库) http://protein.toulouse.inra.fr/
29. Blocks数据库(蛋白质分类系统) http://blocks.fhcrc.org/
30. HSSP(按同源性导出的蛋白质二级结构数据库) http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/
31. FSSP(基于结构比对的蛋白质折叠分类) http://www2.ebi.ac.uk/dali/fssp/fssp.html
32. SBASE蛋白质域(已注释的蛋白质序列片断) http://www.icgeb.trieste.it/~sbasessrv/
33. TransTerm(翻译控制信号数据库) http://uther.otago.ac.nz/Transterm.html
34. GRBase(参与基因调控的蛋白质的相关信息数据库) http://www.access.digex.net/~regulate/trevgrb.html
35. REBASE(限制性内切酶和甲基化酶数据库) http://www.neb.com/rebase/
36. RNaseP数据库 http://jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNaseP/home.html
37. REGULONDB(大肠杆菌转录调控数据库) http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/
38. TRANSFAC(转录因子及其DNA结合位点数据库) http://transfac.gbf.de/
39. MHCPEP(MHC结合肽数据库) http://wehih.wehi.edu.au/mhcpep/
40. ATCC(美国菌种保藏中心) http://www.atcc.org/
41. 高度保守的核蛋白序列的组蛋白序列数据库 http://www.nvbi.nlm.nih.gov/Baxevani/HISTONES
42. 3Dee(蛋白质结构域定义数据库) http://barton.ebi.ac.uk/servers/3Dee.html
43. InterPro(蛋白质域以及功能位点的完整资源) http://www.ebi.ac.uk/interpro/
序列相似性搜索
1. EBI序列相似性研究网页 http://www.ebi.ac.uk/searches/searches.html
2. NCBI: BLAST注释 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST
3. EMBL的BLITZ ULTRA快速搜索 http://www.ebi.ac.uk/searches/blitz_input.html
4. EMBL WWW服务器 http://www.embl-heidelberg.de/Services/index.html#5
5. 蛋白质或核苷酸的模式浏览 http://www.mcs.anl.gov/compbio/PatScan/HTML/patscan.html
6. MEME(蛋白质超二级结构模体发现与研究) http://meme.sdsc.edu/meme/website
7. CoreSearch(DNA序列保守元件的识别) http://www.gsf.de/biodv/coresearch.html
8. PRINTS/PROSIT浏览(搜索motif数据库) http://www.biochem.ucl.ac.uk/cgi-bin/attwood/SearchprintsForm.pl
9. 苏黎世ETH服务器的DARWIN系统 http://cbrg.inf.ethz.ch/
10. 利用动态规划找出序列相似性的Pima II http://bmerc-www.bu.ede/protein-seq/pimaII-new.html
11. 利用与模式库进行哈希码(hashcode)比较找到序列相似性的DashPat http://bmerc-www.bu.edu/protein-seq/dashPat-new.html
12. PROPSEARCH(基于氨基酸组成的搜索) http://www.embl-heidelberg.de/aaa.html
13. 序列搜索协议(集成模式搜索) http://www.bochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/protocol.html
14. ProtoMap(SEISS-PROT中所有蛋白质的自动层次分类) http://www.protomap.cs.huji.ac.il/
15. GenQuest(利用Fasta、Blast、Smith-Waterman方法在任意数据库中搜索) http://www.gdb.rog/Dan/gq/gq.form.html
16. SSearch(对特定数据库的搜索) http://watson.genes.nig.ac.jp/homology/ssearch-e_help.html
17. Peer Bork搜索列表(motif/模式序列谱搜索) http://www.embl-heidelberg.de/~bork/pattern.html
18. PROSITE数据库搜索(搜索序列的功能位点) http://www.ebi.ac.uk/searches/prosite.html
19. PROWL(Skirball研究中心的蛋白质信息检索) http://mcphar04.med.nyu.edu/index.html
序列和结构的两两比对
1. 蛋白质两两比对(SIM) http://expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html
2. LALNVIEW比对可视化观察程序 ftp://expasy.hcuge.ch/pub/lalnview
3. BCM搜索装置(两两序列比对) http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-search/alignment.html
4. DALI蛋白质三维结构比较 http://www2.ebi.ac.uk/dali/
5. DIALIGN(无间隙罚分的比对程序) http://www.gsf.de/biodv/dialign/html
多重序列比对及系统进行树
1. ClustalW(BCM的多重序列比对) http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/multi-align/multi-align.html
2. PHYLIP(推测系统进行树的程序) http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
3. 其它系统进行树程序，PHYLIP文档的汇编 http://expasy.hcuge.ch/info/phylogeny.html
4. 系统进行树分析程序(生命树列表) http://phylogeny.arizona.edu/tree/programs/programs.html
5. 遗传分类学软件(Willi hennig协会提供的列表) http://www.cladistics.org/education.html
6. 用于多重序列比对的BCM搜索装置 http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/multi-align/multi-align.html
7. AMAS(分析多重序列比对中的序列) http://barton.ebi.ac.uk/servers/amas_server.html
8. 维也纳RNA二级结构软件包 http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/
四. 其他预测服务器
1. SignalP (革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真核生物蛋白质的信号肽及剪切位点) http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
2. PEDANT(蛋白质提取、描述及分析工具) http://pedant.mips.biochem.mpg.de/
