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geneid/genesymbol/ensemblid等之间的转换

 

在基因注释时,难免碰到各种GENE在不同数据库之间的ID转换(例如,Ensembl ID 转Entrez ID,或者Entrez ID与GENE Symbol之间的转换)。这里介绍一下常用的三个在线网站, DAVIDbioDBnetEnsembl BiomartDAVID访问太慢,Ensembl Biomart参数配置太麻烦,推荐使用bioDBnet

bioDBnet RESET API

bioDBnet除支持web在线转换外,还提供了RESET API接口,允许程序语言(python、perl、R等)进行访问。

参考资料

DAVID

bioDBnet

Ensembl Biomart

posted @ 2018-07-18 21:03  青蛙快飞  阅读(6204)  评论(0编辑  收藏  举报