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随笔分类 -  转录组

摘要:RNA Sequencing Methods Low-Level RNA Detection CEL-Seq CirSeq CLaP CytoSeq Digital RNA Sequencing DP-Seq Drop-Seq Hi-SCL InDrop MARS-Seq Nuc-Seq PAIR 阅读全文
posted @ 2019-04-19 00:19 青蛙快飞 阅读(8077) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:MicroRNA (miRNA) 是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达。据推测,miRNA 调节着人类三分之一的基因。 miRNA命名 1、物种 hsa、mmu 阅读全文
posted @ 2018-12-24 21:28 青蛙快飞 阅读(1746) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional ne 阅读全文
posted @ 2018-12-10 01:10 青蛙快飞 阅读(24104) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据。 除数据存储外,还提供一系列基于Web的界面和应用程序,以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式。 GEO的数据储存方式 G 阅读全文
posted @ 2018-09-21 22:02 青蛙快飞 阅读(23682) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:如何计算每个基因的覆盖度与深度,有多种方法可以完成。如下演示使用samtools depth命令方法 1. 数据下载 1.1 Fastq文件下载 从NCBI下载Illumina Hiseq X Ten平台的RNA-Seq数据SRR7751429信息如上图所示。 1.1.1 使用wget命令(sra- 阅读全文
posted @ 2018-08-26 09:57 青蛙快飞 阅读(10034) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS),是基于二代测序技术研究转录组学的方法,可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量。 RNA-Seq有助于查 阅读全文
posted @ 2018-08-23 12:49 青蛙快飞 阅读(11257) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要:DNA微阵列 DNA微阵列(DNA microarray)又称DNA阵列、DNA芯片和基因芯片(gene chip),是一块数平方公分面积布放数千或数万个核酸探针的特殊玻璃片或硅芯片。 检体中的DNA、cDNA或RNA与探针结合后,借由荧光或电流等方式侦测,即可提供大量基因序列信息。研究人员应用基因 阅读全文
posted @ 2018-08-18 22:08 青蛙快飞 阅读(1069) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:转录组 转录组(Transcriptome),广义上指在相同环境(或生理条件)下的一个细胞、或一群细胞中所能转录出的所有RNA的总和,包括 信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)以及非编码RNA(ncRNA);狭义上则指转录出的信使RNA(mRNA)。 转录组学 转 阅读全文
posted @ 2018-08-18 21:57 青蛙快飞 阅读(553) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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