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随笔分类 -  Python

Python资源、技巧
摘要:1 logging模块简介 logging模块是Python内置的标准模块,主要用于输出运行日志,可以设置输出日志的等级、日志保存路径、日志文件回滚等;相比print,具备如下优点: Logger从来不直接实例化,经常通过logging模块级方法(Module-Level Function)logg 阅读全文
posted @ 2019-08-07 13:13 青蛙快飞 阅读(346) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:R包查询 查询已安装的所有的包:library() 或installed.packages()(括号内为空,区别以上两项) 查询具体包的信息: help(package="pheatmap") 或者加载包之后 ?`pheatmap-package`(注意反引号)以及 ?pheatmap 查询包的版本 阅读全文
posted @ 2019-06-12 20:45 青蛙快飞 阅读(3807) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:数据的标准化(normalization)是将数据按比例缩放,使之落入一个小的特定区间。目前数据标准化方法有多种,归结起来可以分为直线型方法(如极值法、标准差法)、折线型方法(如三折线法)、曲线型方法(如半正态性分布)。不同的标准化方法,对系统的评价结果会产生不同的影响,然而不幸的是,在数据标准化方 阅读全文
posted @ 2019-03-31 23:35 青蛙快飞 阅读(21252) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:163邮箱SMTP授权 使用Python SMTP发送邮件 参考资料 https://www.cnblogs.com/xiaowuyi/archive/2012/03/17/2404015.html 阅读全文
posted @ 2019-02-11 19:13 青蛙快飞 阅读(143) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:from __future__ import print_function # 均值计算 data = [3.53, 3.47, 3.51, 3.72, 3.43] average = float(sum(data))/len(data) print(average) #方差计算 total = 0 for value in data: total += (value - aver... 阅读全文
posted @ 2019-01-02 13:46 青蛙快飞 阅读(11346) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1、通过C语言编写一个简单max函数,生成一个max.so链接库 2、使用Python语言调用libmax.so链接库中的max函数 阅读全文
posted @ 2018-09-28 19:59 青蛙快飞 阅读(21961) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要:如何计算每个基因的覆盖度与深度,有多种方法可以完成。如下演示使用samtools depth命令方法 1. 数据下载 1.1 Fastq文件下载 从NCBI下载Illumina Hiseq X Ten平台的RNA-Seq数据SRR7751429信息如上图所示。 1.1.1 使用wget命令(sra- 阅读全文
posted @ 2018-08-26 09:57 青蛙快飞 阅读(10034) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:建造者模式将一个复杂对象的构造过程与其表现分离,这样,同一个构造过程可用于创建多个不同的表现。 我们来看个实际的例子,假设我们想要创建一个HMTL页面生成器,HTML页面的基本结构(构造组件)通常是一样的:以<html>开始</html>结束,在HTML部分中有<head>和</head>元素,在h 阅读全文
posted @ 2018-07-20 20:32 青蛙快飞 阅读(255) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在工厂设计模式中,客户端可以请求一个对象,而无需知道这个对象来自哪里;也就是,使用哪个类类生成这个对象。工厂背后的思想是简化对象的创建。与客户端自己基于类实例化直接创建对象相比,基于一个中心化函数来实现,更易于追踪创建了哪些对象。通过将创建对象的代码和使用对象的代码解耦,工厂能够降低应用维护的复杂度 阅读全文
posted @ 2018-07-20 08:52 青蛙快飞 阅读(302) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在生物信息学分析中,经常对DNA序列进行一系列操作,包括子序列截取,互补序列获取,反向序列获取,反向互补序列获取。在python语言中,可编写如下函数完成这些简单功能。 子序列截取 python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: 注意,切片操作是“0-base”的,包左不包右。 互补序 阅读全文
posted @ 2018-07-18 20:59 青蛙快飞 阅读(6954) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的,该站点包含有人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信息,并提供一系列的网页分析工具。 1.MySQL安装 本人使用的是Centos6.8系统,推荐使用y 阅读全文
posted @ 2018-07-18 20:41 青蛙快飞 阅读(399) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Biopython项目是旨在减少计算生物学中代码重复的开源项目之一,由国际开发人员协会创建。 它包含表示生物序列和序列注释的类,并且能够读取和写入各种文件格式(FASTA,FASTQ,GenBank和Clustal等), 支持以程序化方式访问生物信息的在线数据库(例如,NCBI)。 独立的模块扩展了 阅读全文
posted @ 2018-05-09 22:22 青蛙快飞 阅读(8160) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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