随笔分类 - Begining Python for Bioinformatics
根据图灵丛书Begining Perl for Bioinformatics内容改编的python代码实现
摘要:到目前为止,我们已经使用Python搜索模体、模拟DNA突变、生成随机序列、将DNA转录为RNA,这些都是重要的活动,它们可以很好地介绍你可以用来研究生物系统的计算技术。 在本章中,我们将编写Python程序来模拟遗传密码如何指导DNA转化为蛋白质。我们将首先介绍字典数据类型,然后在简要讨论了不同的
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摘要:DNA突变是生物学中一个基本的现象,大多数的DNA突变是良性的,并不影响蛋白质的作用,少数突变会导致癌症等疾病。DAN中的突变可能来自辐射、化学试剂、复制错误和其他原因,我们将使用Python的随机数生成器模拟突变。 随机化是一种计算机技术,在日常程序中经常出现,最常见的是加密,例如,当你想生成一个
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摘要:在本章中,你将学习以下两方面的基本知识: 函数 使用Python调试包pdb 函数 使用Python调试包pdb 函数是程序重要的组成部分,你将在第七章中使用它们,并学习如何使用随机化来模拟DNA突变。Python调试包pdb可以将程序放缓,按步执行找到出错的地方。 1.函数 函数是组织好的代码块,
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摘要:本章将在第 4 章的基础上进一步介绍 Python 语言的基础知识。到本章结束的时候,你将学会: 在 DNA 或蛋白质中查找基序 通过键盘与用户进行交互 把数据写入文件 使用循环 使用基本的正则表达式 根据条件测试的结果采取不同的行动 通过字符串和列表的操作对序列数据进行细致的处理所有这些主题,加上
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摘要:目录 4.1序列数据的表征 4.2 存储 DNA 序列的程序 4.3 连接DNA片段 4.4 转录:从 DNA 到 RNA 4.5 使用Python文档 4.6 在Python中计算反向互补 4.7 蛋白质、文件和数组 4.8 从文件中读取蛋白质序列数据 4.9 列表 4.10 练习题 在本章中,我
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摘要:目录 3.1学习编程的不同方法 3.2编辑-运行-修正(还有保存) 3.3编程文化 3.4编程策略 3.5编程过程 本章将概述程序员是如何完成他们的任务的。如果你已经安装了Python,而且想立即编写生物信息学中的实用程序,可以跳过本章直接阅读第4章。 初进生物学实验室的人对各种试管仪器会有一种莫名
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摘要:目录 2.1低而长的学习曲线 2.2Python的优势 2.3在你的计算机中安装Python 2.4如何运行Python程序 2.5文本编辑器 2.6寻求帮助 Python语言是一种流行的编程语言,在生物信息学和网络编程中广泛应用。Python之所以能被生物学家广泛使用,是因为它特别适合用来解决生物
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摘要:目录 1.1DNA的组成 1.2蛋白质的组成 1.3In Silico 1.4计算的局限 涉足计算机程序设计和生物学领域,总会发现有许多激动人心的事情,随处可⻅的新技术和新成果便是其中之一。 当然,生物学是一⻔古老的学科,但其中许多有趣的研究方向都源于新技术和新想法。现代科学中的遗传学起源于广受赞誉
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摘要:什么是生物信息学? 生物学数据正在⻜速增⻓。一段时间一来,GenBank和PDB(Protein Data Bank)等公共数据库都在以指数级别增⻓。随着万维网(World Wide Web)的到来,以及快速的网络连接,在世界上的任意一个地方,都可以快速、简便且廉价地获取到这些数据库中的数据和大量具
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