calypso学习笔记

calypso运行中问题

1. 集群提交节点运行出错，生成很多results

错误原因：将运行命令./calipso.x写在了submit.sh文件中，跑calypso.x的时候会调用提交submit.sh，这么写相当于多次提交了calypso.x；把calypso这个命令写进脚本跑的意思是把这个命令单独写进一个脚本里提交

2.本地运行./calypso.x出错

错误原因：calypso.x版本与python不符合，这个版本要用python2跑，用python3无法运行

3.pso_opt,pso_sor文件生成失败：可检查pso_ini结构，随机抽取ini中的一个结构，进行VASP优化，观察结构是否生成合理，导致后续opt,sor文件不成功

4.运行cak.py： cak.py是在results中运行，运行时会自动找上一目录中的input.dat文件

红框表示原始产生时结构的编号，可以看最低能量的结构是第几代

5.运行cak.py提示

错误原因：找不到点群，试图降低容忍度，用来确定空间群，对能量排序没影响，之后还会精细优化，空间群会发生细微变化

6.calypso.log中VASP任务被calypso.x杀掉：

错误原因：不能说明VASP没跑起来，观察opt文件中是否有正常提取能量

input.dat参数意义

Popsize: 每代跑的代数
Maxstep: 迭代次数，决定跑多少代，一般设置大一点，时根据结果停的
Distance of Ion: 元素截断半径和*0.7；POTCAR中截断半径RCORE(cutoff radius)单位为波尔(Bohr),calypso中单位为埃，需进行单位换算，1波尔 * 0.529 = 1埃
PSTRESS： INCAR中压强(kpar)参数必须设置，常压可设置0.001，高压可根据计算情况设置

INCAR参数

calypso运行过程中，INCAR_123会被反复复制成INCAR进行优化

ENCUT,KSPACING,NSW:只有最后一个INCAR中设置了ENCUT/KSPACING、NSW值较大切逐个变小 -- 为了节省计算资源，逐级优化，先粗糙再精细优化；calypso不一定会收敛，只是先粗糙的往稳定结构靠，预测出结果还需进一步优化 -- 选出能量最低的几个结构(焓最小的每个空间群取一个)，再用VASP做精细优化，最后确定稳定结构

ENCUT：若INCAR中没有设置截断能，会读取POTCAR中推荐的阶段能(精度就低)，一般文章计算精度多少就设多少