websphere 应用服务器是一个J2EE服务器，上面可以运行java程序，IIS是一个Web 服务器，本身不能运行应用程序（如访问其他数据库的程序），也不能运行JAVA程序，它只能通过调用其他外部程序来完成访问数据库的功能。
例如，有些系统把IIS和websphere结合起来使用，前台浏览器的请求发到IIS，里面要访问数据库的功能就转发到后台的websphere上，由websphere上的应用程序来处理。由于websphere设计了特别的数据库连接池机制和其他事务处理机制，所以能够较好地做大量联机用户访问数据的应用。