conda R pip 日常使用（生物信息）

参考：https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/index.html

本文为平常使用查询手册，不作为入门！！

conda 常用

一、安装

下载地址：https://www.anaconda.com/products/individual

二、 命令

版本

显示版本

conda --version

更新conda

conda update conda

环境管理

1. 创建新环境

   conda create --name bunnies python=3.7 astroid babel

2. 从其他环境拷贝

conda create --name flowers --clone snowflakes

3. 激活环境

   conda activate snowflakes

4. 列出当前环境

   conda info --envs

5. 失效环境

   conda deactivate

6. 删除环境

   conda remove --name flowers --all

包管理

1. 查询可用包

   conda search beautifulsoup4

在线查询
https://anaconda.org/

2. 当前环境中包列表

conda list

3. 安装包

   指定环境
   conda install --name [环境名称] beautifulsoup4

   指定版本
   conda install package=version

   指定源
   conda install --channel https://conda.anaconda.org/menpo opencv3

4. 删除包

conda remove --name [环境名称] iopro

三、配置

恢复默认源

conda config --remove-key channels

文件配置

windows 使用
conda config --set show_channel_urls yes
生成
文件：~/.condarc

清华源：

https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

从一个站点切换到另一个站点的时候记得运行 conda clean -i 清除索引缓存,

如果你想做个更彻底的清理的话，可以运行: conda clean -a

这个命令会清除掉：

1. 下载的安装包
2. 解压开但是当前未安装的软件包
3. 为镜像建立的index

现在可用的 conda 镜像站点

1. 阿里云

conda clean -i

conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes # 设置搜索时显示通道地址

2. 北京外国语大学

conda clean -i

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes # 设置搜索时显示通道地址

3. 清华大学

conda clean -i

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes # 设置搜索时显示通道地址

4. 北京大学

conda clean -i

conda config --add channels conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes # 设置搜索时显示通道地址

5. 南方科技大学

conda clean -i

conda config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes # 设置搜索时显示通道地址
```shell

6. 重庆邮电大学
```shell

conda clean -i

conda config --add channels https://mirrors.cqupt.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.cqupt.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.cqupt.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes # 设置搜索时显示通道地址

7. 西安交通大学

conda config --add channels https://mirrors.xjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.xjtu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.xjtu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes # 设置搜索时显示通道地址

命令配置

添加清华源：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/

conda config --set show_channel_urls yes # 设置搜索时显示通道地址

说明：

conda config --get 显示所有的配置
conda config --get [key1] [key2] 显示指定配置
conda config --add [key] [value] 添加新配置
conda config --set [key] [value] 设置配置
conda config --remove [key] [value] 删除一个配置
conda config --remove-key [key] 删除一个key

# 查看命令列表
conda config --help

部分 key 值说明

channels:
  - <anaconda_dot_org_username>
  - http://some.custom/channel
  - file:///some/local/directory
  - defaults

可以指定多个仓库地址，其中default别名特指 https://conda.anaconda.org/ 仓库，搜索时会按照顺序搜索

R 常用

bioconductor的清华镜像

options(BioC_mirror="https://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2")

基本包清华镜像

options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))  

生物信息常用的R包安装

install.packages("flexdashboard")
install.packages("DT")
install.packages("ggplot2")
install.packages("reshape2")
install.packages("rjson")
install.packages("rJava")
install.packages("dplyr")
install.packages("plotly")
install.packages("ggthemes")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("ggrepel")
install.packages("grid")
install.packages("stringr")
install.packages("tidyr")
install.packages("pheatmap")
install.packages("factoextra")
install.packages("FactoMineR")
install.packages("ggpubr")
install.packages("officer")
install.packages("rvg")
install.packages("leaflet")
install.packages("leaflet.extras")
install.packages("zip")
install.packages("biomformat")
install.packages("venn")
install.packages("ape")
install.packages("ggtree")
install.packages("httr")
install.packages("stringr")
install.packages("rvest")
install.packages("xml2")
install.packages("bioseq")
install.packages("xlsx")
install.packages("openxlsx")
install.packages("getopt")
install.packages("ggvenn")
install.packages("optparse")
install.packages("ggVennDiagram")

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("limma")
BiocManager::install("edgeR")
BiocManager::install("tximport")
BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("org.Hs.eg.db")
BiocManager::install("org.Mm.eg.db")
BiocManager::install("org.Rn.eg.db")
BiocManager::install("org.Dm.eg.db")   # 果蝇
BiocManager::install("org.Sc.sgd.db")   # 酵母
BiocManager::install("org.Dr.eg.db")   # 斑马鱼
BiocManager::install("org.Ce.eg.db")   # 线虫
BiocManager::install("org.Bt.eg.db")   # 牛
BiocManager::install("org.Mmu.eg.db")   #
BiocManager::install("org.Gg.eg.db")   # 鸡
BiocManager::install("org.Ss.eg.db")   # 猪
BiocManager::install("org.Cf.eg.db")   # 狗
BiocManager::install("KEGG.db")
BiocManager::install("pathview")
# devtools::install_github("datapplab/pathview")

Python 常用

日常命令

# 安装指定库
pip install 库名
 
# 卸载指定库
pip uninstall 库名
 
# 查看指定库信息
pip show 库名
 
# 列出所有安装的库
pip list
 
# 列出所有过期的库
pip list --outdated
 
# 更新指定的库
pip install --upgrade 库名
 
# pip升级到最新版本
python -m pip install --upgrade pip

# 批量升级
## 安装 pip-review 库
pip install pip-review
 
## 升级所有库，对需要升级的库依次按'Y'进行确认后继续
pip-review --local --interactive

pip 国内源

临时国内源

pip3 install numpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
pip3 install numpy -i https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple
pip3 install numpy -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/

Linux 全局修改

mkdir ~/.pip

echo "
[global] 
index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 
[install] 
trusted-host = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn
" > ~/.pip/pip.conf

Windows 全局修改

mkdir C:\Users\UserDir\pip
touch C:\Users\UserDir\pip\pip.ini

echo `[global]
index-url=https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
[install]
trusted-host=pypi.tuna.tsinghua.edu.cn
disable-pip-version-check = true
timeout = 6000 ` > C:\Users\UserDir\pip\pip.ini

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