庐州月光

摘要： 随机森林是机器学习中的一种分类算法，在介绍随机森林之前，非常有必要了解决策树这种分类器。 决策树是一种分类器，通过训练集构建一颗决策树，从而可以对新的数据预测其分类。一颗构建好的决策树如下： 图片来源于百度百科，可以看到这颗决策树的目标是将数据分成 "使用" 和 "不使用" 两类，分类的条件有树中的 阅读全文

摘要： 在下载软件的时候，需要知道操作系统对应的版本，通过 可以查看对应信息 运行的结果如下： 从而确定当前操作系统为centos 6.7 版本 阅读全文

摘要： GATK处理DNA 水平的snp 经验比较成熟，而RNA 水平较少，所以可能会存在错误 目前的流程兼顾了假阳性（不是真的snp位点）和假阴性（该位点是snp,却没有检测到）；后续会不断改善 GATK SNP calling pipeline 分成3个部分： 1）DATA CLEANUP 2) VAR 阅读全文

摘要： 用bioperl 解析blast的默认输出结果， 整理成-m8格式的输出 阅读全文

摘要： 1） perl 模块的创建 perl 模块的后缀名为.pm, 其中的内容和一般的perl脚本相同， perl模块中通常放置可重用的函数以及变量， 比如创建一个fasta.pm,里面包含一个统计fasta序列中gc碱基个数的方法： 然后写一个脚本检测一下该模块是否起作用： 运行该脚本，输出结果为7， 阅读全文

摘要： 代码示例： 效果图如下： 阅读全文

摘要： 代码示例： 效果图如下： 阅读全文

摘要： 在介绍summary.seqs的用法之前，我们首先需要搞清楚两个概念： 1）ambiguous bases 中文叫做模糊碱基，对于DNA序列来说，只有ATCG 4种碱基，在IUPAC定义的碱基标准中，出了上述4种碱基之外，还包括其他的碱基，可以代表不同类型的碱基 模糊碱基实际上就是除了A T C G 阅读全文

摘要： reverse.seqs 命令可以得到输入序列的反向互补序列 用法： input.fasta 的内容如下： 运行成功后，会输出一个 input.rc.fasta 文件，该文件中就是input.fasta 的反向互补序列 input.rc.fasta 的内容如下： 阅读全文

摘要： 群体感应的定义： 细菌能自发产生、释放一些特定的信号分子，并能感知其浓度变化，调节微生物的群体行为， 这一调控系统称为群体感应。细菌群体感应参与包括人类、动植物病原菌致病力在内的多种生物学功能的调节。 近年来的研究证明细菌之间存在信息交流，许多细菌都能合成并释放一种被称为自诱导物质(autoindu 阅读全文