庐州月光

摘要： 使用JSON 模块中的 decode_json 函数，将json文件中的数据解码为perl 中的对象，然后进行处理 代码如下： 转换成perl 中的对象之后，就可以处理了，obj 有两种可能的数据结构，一种是数组的引用，另外一种是哈希的引用 会熟练操作这两种数据结构，后面的事情就简单多了！ 阅读全文

摘要： FUNGulid = Fungi + Functional + Guild , 是一个真菌的功能注释的数据库，目前数据库中涵盖了超过12000个真菌的功能注释信息； 网址如下： http://www.stbates.org/guilds/app.php 对于数据库而言，最直接的就是看一下数据库中存储 阅读全文

摘要： cuffquant 定量的过程中，当所有基因或者转录本的表达量都为0时，定量的结果就回全部是-nan , 而不是0； 出现这种情况有两种原因: 1) 参考基因组搞错了，比对和定量的不是同一个参考基因组，或者gtf 文件和fasta 文件中染色体标识符对应不上，最常见的情况就是，一个以chr开头，一个 阅读全文

摘要： Iso-seq , 全称叫做 Isoform-sequencing, 是 Pacbio 公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名；是利用三代测序长读长的特点，不打断转录本，直接测序，从而得到全长转录本的一种测序技术。 对于iso-seq 的分析而言，必须掌握以下几个基本概念： 1）ROI 了解过三 阅读全文

摘要： 在html中，通过<p>来展现段落 效果如下： 可以看到，在段落的前后，自动加入了空行。 阅读全文

摘要： 在html 语言中，通过h1-h6 共6个标签来展现标题，每个标题占一行; 效果如下： 从h1到h6, 文字的大小逐渐变小； 在网页上呈现的时候，会自动在标题的前面和后面加上空行 代码如下： 效果如下： 阅读全文

摘要： html 叫做超文本标记语言，其中“超文本”，指的是不仅包含文字，还包括了视频，音频，图片，超链接等非文字元素。html 语言是网页编程的基础。 在html 中，定义了各种标签（tag), 通过将各种元素放置在对应的标签中，从而实现特殊的展现形式。 html 最新的标准是html5, 增加了网页上展 阅读全文

摘要： 背景： mitoMaker是一款线粒体/叶绿体组装的pipeline软件，可以从原始的下机数据开始，自动化的组装基因组，注释基因结构，最终生成genebank, fasta 等文件。 整个pipeline 可以分成6个主要步骤： 1）基于不同大小的kmer 值进行denovo 组装 2）查找对应的结 阅读全文

摘要： 使用ggplot2 绘图时，我们只需要提供原始数据就可以了，ggplot2 内置了许多的计算函数，来帮助我们计算对应的数值。 最典型的的，当使用geom_boxplot 绘制箱线图时，我们只提供原始数据，用来绘图的最大值，最小值，中位数，上下四分位数都由ggplot2 自动计算。 那么我们如何提取这 阅读全文

摘要： randomForest 包提供了利用随机森林算法解决分类和回归问题的功能；我们这里只关注随机森林算法在分类问题中的应用 首先安装这个R包 安装成功后，首先运行一下example 通过查看函数的帮助文档，可以看到对应的example 代码很简单，全部的功能都封装在 randomForest 这个R包 阅读全文