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庐州月光
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ubuntu apt-get update的作用
摘要: 问题: 测试docker ubuntu镜像,无法直接通过apt-get install安装常用的包。 输入apt-get update命令之后,可以正常安装。 记录: apt-get updateGet:1 http://archive.ubuntu.com/ubuntu bionic InRele
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posted @ 2019-12-26 17:09 庐州月光
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R par yaxp xaxp 显示x轴和y轴的刻度线
摘要: R语言会自动根据数据的范围,在X轴和Y轴上标记合适的刻度 生成的图片如下 通过par("yaxp")和par("xaxp")这两个可读属性,可以显示出X轴和Y轴刻度的范围 返回值是长度为3的向量,前两个数字对应起始和终止刻度的数字,第三个数字代表区间个数。
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posted @ 2018-08-15 11:12 庐州月光
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R options scipen 控制科学计数法的显示
摘要: 当数字过长,R语言会自动采用科学计数法显示,测试如下 可以看到,默认情况下,当超过了10万时,自动采用科学计数法。 在画图时,刻度线采用科学计数法标记并不美观,想要解决这个问题,可以设置options(scipen) 取值为1时,10万的数字依然用传统的显示方式,只有100万时,采用科学计数法 取值
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posted @ 2018-08-15 11:07 庐州月光
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linux java 安装
摘要: 对于java的开发,有openJDK 和 orcale jdk两种,大多数的linux 系统都会内置openjdk的安装包,但是大多数java项目的开发都是基于orcale jdk的,所以安装orcale jdk 更能保证程序的顺利执行; 对于orcale jdk 来说,直接到官网下载是最直接的方式
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posted @ 2018-03-08 13:11 庐州月光
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pathway-pathway network 网络分析
摘要: 对于pathway 数据库而言,我们最常见的就是利用KEGG 富集分析挖掘其中的信息,得到显著富集的几条通路; 对于代谢通路而言,不同的通路之间是会有相互关系的,比如在上游的通路中产生的代谢产物,进入下游的通路继续发挥作用。 pathway和pathway 之间存在一个上下游的关系,所有的pathw
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posted @ 2018-02-23 15:17 庐州月光
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Gephi 网络图可视化工具
摘要: 官网: https://gephi.org/ 背景: Gephi 是一款开源,免费, 跨平台的的graph 和 network 可视化工具,同时也提供了数据挖掘的相关功能。 安装: # windows 平台,最新版本 0.9.2 # 依赖java 1.8 以上版本 测试: # 启动界面 # 新建工程
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posted @ 2018-02-23 10:11 庐州月光
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Deseq2 的可视化策略汇总
摘要: 1) MA图 对于MA图而言, 横坐标为该基因在所有样本中的均值,basemean = (basemean_A + basemean_B ) / 2, 纵坐标为 log2Fold change 其中,pvalue < 0.1 以下的点被认为是差异基因,标记为红色 2) count 图 (单个基因在不
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posted @ 2018-02-22 11:21 庐州月光
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R包的小技巧
摘要: 通常我们都是直接使用library(pkg_name) 的形式加载R包,在同一台机器上面,对于我们而言,这个包所在的路径一定是在.libPaths() 路面的,但是对于其他用户而言,这个路径可能不存在.libPaths() 里面,此时,就无法正确的加载该R包,为了解决这一问题,可以通过添加 lib.
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posted @ 2018-02-22 09:58 庐州月光
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perl 里面如何写出阅读友好的代码提示
摘要: 在我们使用别人写好的程序时,经常会使用-h 之类的东西查看一下简单的帮助手册或者说明信息; 对于perl 语言而言,写起来简单,经常随手一写,解决了当时的问题,但是过几天去看,你都不知道这个脚本该怎么调用,是用来做什么的; 为了避免这样的情况,对于常用的脚本,有必要提供较为清晰的帮助文档。 在per
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posted @ 2018-02-08 15:11 庐州月光
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和TransDecoder 学习perl 自定义模块的路径问题
摘要: TransDecoder 软件是用perl 原因写的,其中包含了一些自定义的模块,通过一个脚本来进行调用,为了能够正常访问自定义的perl 模块, 在其源代码中利用了FindBin 这个模块 FindBin 模块可以有几个内置的变量,其中RealBin 就是当前执行脚本的所在目录,然后把自定义的pe
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posted @ 2018-02-08 15:00 庐州月光
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