ubuntu apt-get update的作用
摘要：
问题： 测试docker ubuntu镜像，无法直接通过apt-get install安装常用的包。 输入apt-get update命令之后，可以正常安装。 记录： apt-get updateGet:1 http://archive.ubuntu.com/ubuntu bionic InRele 阅读全文
R par yaxp xaxp 显示x轴和y轴的刻度线
摘要：
R语言会自动根据数据的范围，在X轴和Y轴上标记合适的刻度 生成的图片如下 通过par("yaxp")和par("xaxp")这两个可读属性，可以显示出X轴和Y轴刻度的范围 返回值是长度为3的向量，前两个数字对应起始和终止刻度的数字，第三个数字代表区间个数。 阅读全文
R options scipen 控制科学计数法的显示
摘要：
当数字过长，R语言会自动采用科学计数法显示，测试如下 可以看到，默认情况下，当超过了10万时，自动采用科学计数法。 在画图时，刻度线采用科学计数法标记并不美观，想要解决这个问题，可以设置options(scipen) 取值为1时，10万的数字依然用传统的显示方式，只有100万时，采用科学计数法 取值 阅读全文
linux java 安装
摘要：
对于java的开发，有openJDK 和 orcale jdk两种，大多数的linux 系统都会内置openjdk的安装包，但是大多数java项目的开发都是基于orcale jdk的，所以安装orcale jdk 更能保证程序的顺利执行； 对于orcale jdk 来说，直接到官网下载是最直接的方式 阅读全文
pathway-pathway network 网络分析
摘要：
对于pathway 数据库而言，我们最常见的就是利用KEGG 富集分析挖掘其中的信息，得到显著富集的几条通路； 对于代谢通路而言，不同的通路之间是会有相互关系的，比如在上游的通路中产生的代谢产物，进入下游的通路继续发挥作用。 pathway和pathway 之间存在一个上下游的关系，所有的pathw 阅读全文
Gephi 网络图可视化工具
摘要：
官网： https://gephi.org/ 背景： Gephi 是一款开源，免费， 跨平台的的graph 和 network 可视化工具，同时也提供了数据挖掘的相关功能。 安装： # windows 平台，最新版本 0.9.2 # 依赖java 1.8 以上版本 测试： # 启动界面 # 新建工程 阅读全文
Deseq2 的可视化策略汇总
摘要：
1） MA图 对于MA图而言， 横坐标为该基因在所有样本中的均值，basemean = （basemean_A + basemean_B ） / 2， 纵坐标为 log2Fold change 其中，pvalue < 0.1 以下的点被认为是差异基因，标记为红色 2) count 图 （单个基因在不 阅读全文
R包的小技巧
摘要：
通常我们都是直接使用library(pkg_name) 的形式加载R包，在同一台机器上面，对于我们而言，这个包所在的路径一定是在.libPaths() 路面的，但是对于其他用户而言，这个路径可能不存在.libPaths() 里面，此时，就无法正确的加载该R包，为了解决这一问题，可以通过添加 lib. 阅读全文
perl 里面如何写出阅读友好的代码提示
摘要：
在我们使用别人写好的程序时，经常会使用-h 之类的东西查看一下简单的帮助手册或者说明信息； 对于perl 语言而言，写起来简单，经常随手一写，解决了当时的问题，但是过几天去看，你都不知道这个脚本该怎么调用，是用来做什么的； 为了避免这样的情况，对于常用的脚本，有必要提供较为清晰的帮助文档。 在per 阅读全文
和TransDecoder 学习perl 自定义模块的路径问题
摘要：
TransDecoder 软件是用perl 原因写的，其中包含了一些自定义的模块，通过一个脚本来进行调用，为了能够正常访问自定义的perl 模块， 在其源代码中利用了FindBin 这个模块 FindBin 模块可以有几个内置的变量，其中RealBin 就是当前执行脚本的所在目录，然后把自定义的pe 阅读全文
