庐州月光

摘要： curve 函数常用于绘制函数对应的曲线，确定函数的表达式，以及对应的需要展示的起始坐标和终止坐标，curve函数就会自动化的绘制在该区间内的函数图像 基本用法，代码示例： 效果图如下： 第一个参数为函数的名称，这里我们选择的是sin 三角函数，后两个参数为对应的起始和终止区间 下面详细解释一下每个 阅读全文

摘要： boxplot 用于绘制箱线图，我们都知道boxplot 用于展示一组数据的总体分布，在R语言中，支持两种输入数据的方式 第一种：x ， 这个参数指定用于绘制箱线图所用的数据，是一个向量 代码示例： 效果图如下： 第二种， 通多formala 和 data 两个参数指定，适合展示多组数据的分布 代码 阅读全文

摘要： hist 用于绘制直方图，下面介绍每个参数的作用； 1）x: 用于绘制直方图的数据，该参数的值为一个向量 代码示例： 效果图如下： 从图中可以看出，横坐标为不同的区间，纵坐标为落入该区间内的频数； 2） break : 该参数的指定格式有很多种 第一种： 指定一个向量，给出不同的断点 代码示例： 效 阅读全文

摘要： barplot 函数用于绘制柱状图，下面对其常用的参数进行一个详细的解释： 1）height ： 高度，通过这个参数可以指定要画多少个柱子以及每个柱子的高度，其值有两种格式， 第一种 ：向量 vector， 此时会根据向量的长度确定图中有多少个柱子，向量中的每个值就是柱子的高度 代码示例： 效果图如 阅读全文

摘要： pacbio 公司把三代测序常用软件整合起来，做成了一个在线的分析软件，类似于galaxy; 安装过程如下，参考官网给的指导手册 http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2 阅读全文

摘要： pacbio 采用hdf5文件格式保存原始的下机数据，对于RS 测序系统而言，会产生一个 bas.h5 的文件; 以bas.h5 文件为例，看一下有下机数据中保存了那些信息 h5dump 工具可以用来查看h5 文件的内容： 我从HGAP的wiki 页面下载了一个测试用的h5文件，文件名为 m1207 阅读全文

摘要： 三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了，而是换成了hdf5 格式，在做三代数据的分析之前，有必要先搞清楚hdf5 这种文件格式; 官网的链接如下：https://support.hdfgroup.org/HDF5/ HDF5 是一种灵活的文件储存格式，它相对其他的文件格式，肯定是有很多的优点， 阅读全文

摘要： 在perl中，定义一个函数的时候，不需要在圆括号内指定具体的参数，所有的参数都从@_ 这个列表中得到 代码示例： 这样写当然没有问题，但是有一点不足之处在于，缺少了圆括号内的形参列表，没法直观的一眼看出这个函数需要几个参数 所以perl 中函数定义的时候支持下面这种写法 圆括号内的$$不是内置变量的 阅读全文

摘要： 在perl 中，通过代码动态的给哈希赋值，是最常见的应用场景，但是有些情况下，我们事先知道一些信息，当需要把这些信息存放进一个哈希的时候，直接给哈希赋值就好； 哈希的key不用说，就是一个字符串，关键是value, 大概有下面3种： 1）一个值 就是一个普通的一维哈希，直接赋值即可 代码示例： 2） 阅读全文

摘要： readlink 函数专门用于处理链接，可以返回该链接指向的文件的路径 代码示例： 阅读全文